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- PDB-9dtf: Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dtf
タイトルCrystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with cognate precursor tRNA and fragment DDD01008876
要素
  • (Phenylalanine--tRNA ligase ...) x 2
  • tRNA(Phe)
キーワードLIGASE/RNA / AMINOACYLATION / PHENYLALANYL TRNA SYNTHETASE / STRUCTURAL GENOMICS / LIGASE-TRNA COMPLEX / CENTER FOR STRUCTURAL BIOLOGY OF INFECTIOUS DISEASES / CSBID / LIGASE / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain ...Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/4 domain / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / : / RNA / RNA (> 10) / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Chang, C. / Michalska, K. / Forte, B. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Wower, J. / Joachimiak, A.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Different chemical scaffolds bind to L-phe site in Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase.
著者: Gade, P. / Chang, C. / Pryde, D.S. / Fletcher, D. / Niven, S. / Magalhaes, L.G. / Robinson, D. / Saini, J. / Ibrahim, P.E.G.F. / Forte, B. / Wower, J. / Bodkin, M.J. / Baragana, B. / Gilbert, ...著者: Gade, P. / Chang, C. / Pryde, D.S. / Fletcher, D. / Niven, S. / Magalhaes, L.G. / Robinson, D. / Saini, J. / Ibrahim, P.E.G.F. / Forte, B. / Wower, J. / Bodkin, M.J. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Michalska, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2024年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: tRNA(Phe)
D: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
E: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
F: tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)305,83845
ポリマ－302,3936
非ポリマー3,44539
水17,366964
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40500 Å2
ΔGint-234 kcal/mol
Surface area110630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.686, 64.065, 187.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS


分子量: 37486.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS


分子量: 88867.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 CF

#3: RNA鎖 tRNA(Phe)


分子量: 24842.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
参照: GenBank: 1251771558

-
非ポリマー , 9種, 1003分子

#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-A1BCA / (5S)-7-benzyl-1,3,7-triazaspiro[4.4]nonane-2,4-dione


分子量: 245.277 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H15N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#11: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate HEPES pH 7.5 PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 124143 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.156 / Χ2: 1.161 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 1259678
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.45-2.499.21.35461400.5790.8570.4581.4340.70199.5
2.49-2.549.31.1661520.6480.8870.391.2280.71799.6
2.54-2.599.30.9862050.7430.9230.3311.0370.71899.3
2.59-2.649.40.80161260.8090.9460.270.8480.7499.4
2.64-2.79.20.70361670.8440.9570.2390.7440.75799.6
2.7-2.769.20.62161270.8650.9630.2110.6580.77399.4
2.76-2.838.40.54461800.8780.9670.1960.580.83498.8
2.83-2.99.40.44361190.9090.9760.150.4690.88999.5
2.9-2.9910.30.36662240.9450.9860.1170.3850.90599.9
2.99-3.0910.40.30962010.9520.9880.0990.3250.98999.8
3.09-3.210.50.25961770.9640.9910.0820.2731.09199.8
3.2-3.3210.60.22962050.9630.9910.0720.2411.23299.9
3.32-3.4810.70.19762030.9750.9940.0620.2071.35899.2
3.48-3.669.90.18162230.9680.9920.0590.1911.51599.4
3.66-3.8910.50.1661840.9770.9940.050.1681.67199.2
3.89-4.1911.60.1562350.9790.9950.0450.1571.744100
4.19-4.6111.40.14162840.9750.9940.0430.1481.79699.8
4.61-5.28110.12962270.9790.9950.040.1361.63599.1
5.28-6.6511.20.12162900.9790.9950.0370.1271.45499.2
6.65-5011.30.09664740.9770.9940.030.1011.07899

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000データ削減
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→48.64 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2488 5527 5.08 %
Rwork0.2035 --
obs0.2058 108823 90.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17379 3126 222 964 21691
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221697
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.40330324
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.3168405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0373573
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.480.3547850.28711859X-RAY DIFFRACTION49
2.48-2.510.35671520.2662135X-RAY DIFFRACTION58
2.51-2.540.33791270.25812350X-RAY DIFFRACTION61
2.54-2.570.30381540.25652565X-RAY DIFFRACTION68
2.57-2.60.29571490.25752707X-RAY DIFFRACTION73
2.6-2.640.32311490.25942950X-RAY DIFFRACTION77
2.64-2.680.3131620.25053087X-RAY DIFFRACTION81
2.68-2.720.30931500.26353241X-RAY DIFFRACTION85
2.72-2.760.30381750.25223319X-RAY DIFFRACTION87
2.76-2.80.33881740.25843330X-RAY DIFFRACTION88
2.8-2.850.31741640.25073499X-RAY DIFFRACTION92
2.85-2.90.29172200.23763665X-RAY DIFFRACTION96
2.9-2.960.30081890.23933683X-RAY DIFFRACTION98
2.96-3.020.2691820.23293771X-RAY DIFFRACTION98
3.02-3.090.25951950.22763781X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.160.29261920.22293795X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.240.27122000.22043813X-RAY DIFFRACTION100
3.24-3.320.2842090.21463782X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.420.25672150.21353780X-RAY DIFFRACTION99
3.42-3.530.25292250.20253768X-RAY DIFFRACTION99
3.53-3.660.2321780.20183788X-RAY DIFFRACTION99
3.66-3.810.23881860.18943840X-RAY DIFFRACTION99
3.81-3.980.22882150.18363831X-RAY DIFFRACTION100
3.98-4.190.22232480.17553765X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.450.21991890.173855X-RAY DIFFRACTION100
4.45-4.790.19072040.16233808X-RAY DIFFRACTION100
4.79-5.280.23122000.1713852X-RAY DIFFRACTION99
5.28-6.040.21191940.18323827X-RAY DIFFRACTION99
6.04-7.60.21862330.19033884X-RAY DIFFRACTION100
7.6-48.640.19872120.17483966X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0046-0.0786-0.05090.0870.03230.1465-0.3105-0.0320.03260.1837-0.03730.2951-0.07220.3206-0.87980.47490.15560.293-0.1371-0.29160.4916-12.37517.55793.7971
20.109-0.1450.18420.1534-0.16550.2682-0.02140.1762-0.1803-0.0640.0257-0.1480.23030.38250.00010.39310.02730.01080.3868-0.04470.273727.121-6.444928.7174
30.2332-0.10970.13450.6704-0.11370.2066-0.1703-0.1164-0.03960.26180.134-0.2342-0.37140.0377-0.03720.2966-0.02120.02520.2027-0.00810.142220.44658.291124.1531
40.0838-0.09380.02350.0462-0.07560.2946-0.23610.21320.061-0.1019-0.0352-0.1598-0.30260.1691-0.58750.3765-0.1435-0.07370.2423-0.08330.038724.17682.453832.436
50.60350.2148-0.22080.6916-0.1560.72950.3354-0.23520.28030.4042-0.12170.1364-0.17030.15140.5754-0.0917-0.0203-0.06560.1716-0.02360.031354.11721.71069.8651
60.6183-0.0067-0.33440.1054-0.01110.2836-0.1962-0.045-0.2785-0.0450.0339-0.13780.2344-0.0046-0.34450.14540.0839-0.01560.25890.09550.157250.5026-0.41292.3438
70.35790.0135-0.1981-0.0081-0.0020.05770.01050.1663-0.07610.01890.0575-0.09080.1936-0.08840.00440.2482-0.0226-0.00180.2125-0.00170.210919.54720.989715.8555
80.5507-0.02970.32810.3535-0.46940.7740.09870.2585-0.0087-0.1901-0.0108-0.02690.17690.23860.09520.36320.0425-0.03660.1454-0.04850.166330.6602-12.316249.2513
90.1806-0.0425-0.03940.68610.09870.26070.00960.0263-0.02360.12320.07420.26750.19-0.01420.59320.2625-0.0353-0.04750.06550.03810.270612.7051-21.31270.933
100.11810.213-0.19120.436-0.40780.3528-0.04690.1024-0.1119-0.7310.1256-0.11030.05410.12120.37570.5055-0.1230.38770.4428-0.09170.401858.30735.144543.7553
110.2666-0.03420.1668-0.0129-0.02190.0689-0.0618-0.05280.538-0.21040.1242-0.5023-0.01430.56740.02510.2851-0.02050.18840.4575-0.1020.532661.32619.15159.3488
120.30910.3865-0.02381.14030.22140.5773-0.3448-0.3546-0.17140.11140.4124-0.61540.3220.3235-0.05010.26250.1648-0.06240.3857-0.01670.212146.35510.27674.6256
130.0221-0.0173-0.01920.0210.02590.02680.0999-0.1383-0.00470.06560.16910.11930.30720.3514-00.50940.10820.15770.7818-0.09560.729269.4431-6.324650.6443
140.00220.0067-0.00080.0167-0.0017-0.0037-0.19910.1496-0.0789-0.16620.08720.0471-0.3603-0.031-01.08290.19830.06510.7787-0.05240.599854.80514.547136.5962
150.7665-0.00030.36560.6813-0.24780.22820.261-0.5443-0.0091-0.1353-0.02760.09380.29560.45030.31930.3613-0.0049-0.03460.6356-0.16820.129163.8203-11.115572.4387
160.2702-0.1648-0.0490.4845-0.03810.7508-0.090.0783-0.09920.1318-0.05230.2272-0.0495-0.357-0.25060.2325-0.0228-0.09810.2632-0.06580.3245-10.25490.875844.5458
170.28460.1777-0.00840.05940.00280.55880.05530.1304-0.2409-0.1076-0.0398-0.03310.3952-0.2132-0.15830.2904-0.0268-0.10910.2282-0.06290.3291-13.3867-7.145140.1732
180.49810.2776-0.02370.63520.15670.11670.4518-0.2801-0.73090.5975-0.14740.13170.86730.10130.55130.382-0.5727-0.26110.51420.32640.5248-46.2573-29.822442.0546
191.25050.34720.42051.0536-0.11180.97380.2426-1.04530.12130.2854-0.01010.32960.0419-0.40272.06060.2215-0.17310.06710.8876-0.09850.2472-48.2503-6.598830.3288
200.24270.0521-0.09720.10640.40610.81580.03940.1014-0.0051-0.082-0.06070.2411-0.1305-0.28220.11920.29020.0218-0.14630.1508-0.00090.4255-5.07839.600759.091
210.3822-0.1344-0.11930.94620.23990.4148-0.070.05430.07190.00530.11780.1174-0.11190.00960.19250.265-0.0067-0.08580.0734-0.02720.130121.367419.222368.7444
220.0503-0.02840.02650.0023-0.01230.0416-0.01520.0420.056-0.46810.00430.0788-0.0812-0.33720.0050.5628-0.03740.05240.5735-0.02491.2683-33.1863-8.201273
230.0811-0.0025-0.13960.02990.07020.2566-0.1299-0.16850.01420.1128-0.19870.3760.0828-0.4342-0.3673-0.12270.02370.44370.5026-0.03521.5758-25.8585-12.42587.1976
240.2128-0.0902-0.19710.14390.17160.2164-0.2581-0.24830.39220.6260.13020.7329-0.1124-0.13840.00030.47830.07070.21390.33640.06750.7199-4.6808-12.522790.8921
250.1453-0.19050.00060.289-0.08030.0915-0.0951-0.05520.0643-0.0444-0.1170.1648-0.1657-0.1736-0.21220.29540.26010.32090.919-0.43241.8409-38.69892.357385.401
260.00660.0029-0.00380.0043-0.00750.0077-0.04020.0309-0.0019-0.0378-0.0038-0.00360.0734-0.023-0.00011.7009-0.0187-0.18961.3972-0.31641.5475-34.6131-7.361364.4138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 110 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 111 through 211 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 212 through 285 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 286 through 341 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid -2 through 270 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 271 through 445 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 446 through 516 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 517 through 684 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 685 through 831 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 10 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 11 through 25 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 26 through 50 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 51 through 65 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 66 through 73 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 0 through 91 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 92 through 242 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 243 through 341 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'E' and (resid -2 through 135 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 138 through 486 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 487 through 690 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 691 through 831 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'F' and (resid 1 through 10 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'F' and (resid 11 through 25 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 26 through 50 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 51 through 65 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 66 through 73 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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