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Yorodumi- PDB-9drt: Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with co... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9drt | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with cognate precursor tRNA and fragment DDD00805735 | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | LIGASE/RNA / AMINOACYLATION / PHENYLALANYL TRNA SYNTHETASE / STRUCTURAL GENOMICS / LIGASE-TRNA COMPLEX / CENTER FOR STRUCTURAL BIOLOGY OF INFECTIOUS DISEASES / CSBID / LIGASE / LIGASE-RNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationphenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / phenylalanine-tRNA ligase activity / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.51 Å | ||||||
Authors | Chang, C. / Michalska, K. / Forte, B. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Wower, J. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID) | ||||||
| Funding support | 1items
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Citation | Journal: Eur.J.Med.Chem. / Year: 2025Title: Different chemical scaffolds bind to L-phe site in Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase. Authors: Gade, P. / Chang, C. / Pryde, D.S. / Fletcher, D. / Niven, S. / Magalhaes, L.G. / Robinson, D. / Saini, J. / Ibrahim, P.E.G.F. / Forte, B. / Wower, J. / Bodkin, M.J. / Baragana, B. / ...Authors: Gade, P. / Chang, C. / Pryde, D.S. / Fletcher, D. / Niven, S. / Magalhaes, L.G. / Robinson, D. / Saini, J. / Ibrahim, P.E.G.F. / Forte, B. / Wower, J. / Bodkin, M.J. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Michalska, K. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9drt.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9drt.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 9drt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9drt_validation.pdf.gz | 984.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9drt_full_validation.pdf.gz | 987.7 KB | Display | |
| Data in XML | 9drt_validation.xml.gz | 109.5 KB | Display | |
| Data in CIF | 9drt_validation.cif.gz | 146.3 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9drt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/9drt | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9drsC ![]() 9drvC ![]() 9dsxC ![]() 9dtfC C: citing same article ( |
|---|---|
| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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| Unit cell |
|
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Components
-Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2 types, 4 molecules ADBE
| #1: Protein | Mass: 37486.344 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 88867.234 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria)Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / Production host: ![]() |
|---|
-RNA chain , 1 types, 2 molecules CF
| #3: RNA chain | Mass: 24842.811 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (bacteria)References: GenBank: 1251771558 |
|---|
-Non-polymers , 9 types, 1029 molecules 














| #4: Chemical | Mass: 214.285 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C9H14N2O2S / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #5: Chemical | ChemComp-GOL / #6: Chemical | ChemComp-PGE / | #7: Chemical | ChemComp-MG / #8: Chemical | ChemComp-NA / | #9: Chemical | #10: Chemical | ChemComp-ACT / #11: Chemical | ChemComp-DMS / | #12: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has ligand of interest | Y |
|---|---|
| Has protein modification | N |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.28 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: ammonium acetate HEPES pH 7.5 PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97937 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 9, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Si(111) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97937 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.51→50 Å / Num. obs: 117034 / % possible obs: 98.4 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.1 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 775199 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.51→48.42 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 26.1042 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 55.56 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.51→48.42 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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