PDB-9dt4: Crystal structure of the engineered sulfonylurea repressor CsR (L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dt4

タイトル

Crystal structure of the engineered sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20), apo form

要素

Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / engineered / ligand / repressor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Schreiter, E.R. / Leija, C. / Kakani, N.K. / McBride, K.E. / Looger, L.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design and evolution of agrochemical-responsive gene switches for field crops
著者: McBride, K.E. / Kakani, N.K. / Fang, J. / Leija, C. / Hermanson, F. / Chan, M. / Cho, H.-J. / Richey, C. / Madrigal, A. / Gordon-Kamm, B. / Lowe, K. / Lenderts, B. / Arling, M. / Anand, A. / ...

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dt4.cif.gz	94.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dt4.ent.gz	68.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dt4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dt4_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dt4_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	9dt4_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	9dt4_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dt2C 9dt3C 9dt5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

B: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.120, 56.840, 106.007
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.320, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20) / Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10 分子量: 23509.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04483
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.28 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Sodium acetate 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5 30% w/v Polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→19.872 Å / Num. obs: 16516 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.12 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / Num. unique obs: 784 / R_sym value: 0.616

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.4→19.872 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 8.473 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.476 / ESU R Free: 0.272 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	840	5.086 %
R_work	0.1785	15676	-
all	0.182	-	-
obs	-	16516	94.42 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.871 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.351 Å²	0 Å²	0.617 Å²
2-	-	0.442 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.799 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.872 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3201	0	0	17	3218

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.012	3263
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3169
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.788	1.858	4415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.594	1.767	7283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.07	5	397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	8.48	5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.687	10	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.987	10	158
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	497
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	747
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	743
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	2735
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	1619
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.051	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.082	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.205	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.024	3.346	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.024	3.346	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.497	6.003	1989
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.496	6.005	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.582	4.003	1669
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.581	4.006	1670
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.106	7.076	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.104	7.078	2427
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.228	31.519	3676
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.228	31.532	3677

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.461	0.351	55	0.233	784	0.241	1293	0.923	0.965	64.8879	0.215
2.461-2.528	0.218	42	0.232	920	0.231	1216	0.969	0.969	79.1118	0.211
2.528-2.6	0.297	59	0.226	1057	0.23	1200	0.948	0.971	93	0.206
2.6-2.678	0.265	57	0.206	1103	0.209	1174	0.968	0.978	98.8075	0.186
2.678-2.765	0.321	52	0.196	1034	0.202	1094	0.948	0.978	99.2687	0.174
2.765-2.86	0.303	65	0.194	1065	0.2	1146	0.932	0.977	98.6038	0.174
2.86-2.965	0.268	47	0.192	975	0.196	1028	0.957	0.977	99.4163	0.173
2.965-3.083	0.225	47	0.198	987	0.199	1048	0.963	0.976	98.6641	0.179
3.083-3.217	0.282	51	0.182	899	0.188	956	0.945	0.98	99.3724	0.17
3.217-3.37	0.214	53	0.171	885	0.174	951	0.971	0.983	98.633	0.162
3.37-3.546	0.209	40	0.174	835	0.176	879	0.981	0.985	99.5449	0.167
3.546-3.754	0.21	36	0.157	824	0.159	869	0.969	0.988	98.9643	0.156
3.754-4.003	0.205	50	0.155	733	0.159	789	0.978	0.987	99.2395	0.16
4.003-4.309	0.216	36	0.152	706	0.155	750	0.974	0.986	98.9333	0.156
4.309-4.698	0.208	31	0.156	671	0.159	711	0.977	0.987	98.7342	0.167
4.698-5.217	0.177	31	0.162	600	0.163	637	0.976	0.988	99.0581	0.176
5.217-5.956	0.319	29	0.208	522	0.213	554	0.947	0.982	99.4585	0.213
5.956-7.136	0.29	20	0.203	468	0.207	492	0.967	0.979	99.187	0.213
7.136-9.498	0.211	27	0.122	369	0.127	402	0.972	0.992	98.5075	0.148
9.498-19.872	0.238	12	0.202	238	0.204	266	0.974	0.976	93.985	0.254

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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