PDB-9dt5: Crystal structure of the engineered sulfonylurea repressor CsR (L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dt5

タイトル

Crystal structure of the engineered sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20), bound to chlorsulfuron

要素

Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / engineered / ligand / repressor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Schreiter, E.R. / Leija, C. / Kakani, N.K. / McBride, K.E. / Looger, L.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design and evolution of agrochemical-responsive gene switches for field crops
著者: McBride, K.E. / Kakani, N.K. / Fang, J. / Leija, C. / Hermanson, F. / Chan, M. / Cho, H.-J. / Richey, C. / Madrigal, A. / Gordon-Kamm, B. / Lowe, K. / Lenderts, B. / Arling, M. / Anand, A. / ...

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dt5.cif.gz	186.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dt5.ent.gz	143.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dt5_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dt5_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9dt5_validation.xml.gz	42.2 KB	表示
CIF形式データ	9dt5_validation.cif.gz	55.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dt2C 9dt3C 9dt4C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

B: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

C: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

D: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

ヘテロ分子

95.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

B: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

D: Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.014, 109.089, 129.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Sulfonylurea repressor CsR (L4.2-20) / Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10 分子量: 23509.846 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04483
#2: 化合物	ChemComp-1CS / 1-(2-CHLOROPHENYLSULFONYL)-3-(4-METHOXY-6-METHYL-L,3,5-TRIAZIN-2-YL)UREA 分子量: 357.773 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₂ClN₅O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 M Ammonium sulfate 0.05 M BIS-TRIS pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→19.983 Å / Num. obs: 60720 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.7 % / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 2→2.051 Å / Num. unique obs: 4206 / R_sym value: 0.616

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→19.983 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 3.884 / SU ML: 0.109 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.175 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.228	3048	5.02 %
R_work	0.1776	57672	-
all	0.18	-	-
obs	-	60720	99.601 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.57 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.063 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.959 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.104 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.983 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6471	0	92	423	6986

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6696
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6464
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.695	1.876	9064
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.603	1.776	14804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.462	5	804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.455	5	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.593	10	1212
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.519	10	320
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	7891
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	1580
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	5561
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	3308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.074	0.2	3588
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	348
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.028	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.201	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.218	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.348	2.539	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.347	2.539	3222
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.203	4.548	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.203	4.549	4022
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.971	3.159	3474
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.948	3.159	3473
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.334	5.541	5042
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.32	5.54	5041
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.534	26.556	7905
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.515	26.183	7824

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.051	0.269	185	0.214	4206	0.216	4409	0.95	0.968	99.5917	0.196
2.051-2.107	0.264	224	0.199	4064	0.202	4304	0.954	0.973	99.6283	0.178
2.107-2.167	0.252	232	0.194	3950	0.197	4186	0.958	0.975	99.9044	0.176
2.167-2.233	0.227	176	0.174	3867	0.176	4045	0.966	0.981	99.9506	0.155
2.233-2.305	0.218	218	0.171	3697	0.173	3916	0.97	0.982	99.9745	0.155
2.305-2.385	0.213	201	0.167	3643	0.17	3844	0.972	0.983	100	0.154
2.385-2.474	0.211	205	0.161	3490	0.164	3696	0.972	0.984	99.9729	0.15
2.474-2.573	0.243	177	0.173	3392	0.176	3569	0.961	0.982	100	0.161
2.573-2.686	0.242	172	0.179	3244	0.182	3416	0.964	0.98	100	0.17
2.686-2.814	0.246	173	0.182	3111	0.185	3284	0.962	0.98	100	0.176
2.814-2.963	0.232	157	0.187	2972	0.189	3129	0.967	0.979	100	0.184
2.963-3.139	0.253	155	0.193	2828	0.196	2983	0.958	0.976	100	0.194
3.139-3.349	0.233	143	0.192	2657	0.194	2800	0.968	0.977	100	0.198
3.349-3.609	0.242	137	0.183	2491	0.186	2628	0.964	0.98	100	0.194
3.609-3.941	0.219	127	0.162	2302	0.165	2433	0.972	0.984	99.8356	0.177
3.941-4.385	0.193	103	0.161	2097	0.162	2200	0.98	0.985	100	0.184
4.385-5.023	0.221	91	0.148	1898	0.151	1992	0.976	0.989	99.8494	0.177
5.023-6.057	0.194	66	0.172	1653	0.173	1720	0.98	0.985	99.9419	0.199
6.057-8.198	0.2	72	0.178	1307	0.179	1383	0.975	0.981	99.7108	0.208
8.198-19.983	0.219	34	0.217	803	0.217	922	0.959	0.968	90.7809	0.301

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