PDB-9dt3: Crystal structure of the engineered sulfonylurea repressor EsR (L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dt3

タイトル

Crystal structure of the engineered sulfonylurea repressor EsR (L11-C6), bound to ethametsulfuron-methyl

要素

Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / repressor / transcription / TetR

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Schreiter, E.R. / Leija, C. / Kakani, N.K. / McBride, K.E. / Looger, L.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design and evolution of agrochemical-responsive gene switches for field crops
著者: McBride, K.E. / Kakani, N.K. / Fang, J. / Leija, C. / Hermanson, F. / Chan, M. / Cho, H.-J. / Richey, C. / Madrigal, A. / Gordon-Kamm, B. / Lowe, K. / Lenderts, B. / Arling, M. / Anand, A. / ...

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dt3.cif.gz	167.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dt3.ent.gz	129.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dt3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dt3_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dt3_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9dt3_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	9dt3_validation.cif.gz	43.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dt2C 9dt4C 9dt5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

B: Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

C: Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

D: Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

ヘテロ分子

94.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

B: Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

D: Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.819, 71.022, 90.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.185, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Sulfonylurea repressor EsR (L11-C6) / Tetracycline repressor protein class B from transposon Tn10 分子量: 23174.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tetR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04483
#2: 化合物	ChemComp-RXF / methyl 2-[[4-ethoxy-6-(methylamino)-1,3,5-triazin-2-yl]carbamoylsulfamoyl]benzoate / Ethametsulfuron methyl 分子量: 410.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₈N₆O₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.07 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.05 M Magnesium chloride 0.1 M HEPES pH 7.5 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→29.842 Å / Num. obs: 20657 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.6 % / R_sym value: 0.105 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 2.8→2.872 Å / Num. unique obs: 1435 / R_sym value: 0.462

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.8→29.842 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / WR_factor R_free: 0.288 / WR_factor R_work: 0.192 / SU B: 18.409 / SU ML: 0.347 / Average fsc free: 0.9403 / Average fsc work: 0.9754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.445 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2777	1073	5.194 %
R_work	0.1901	19584	-
all	0.195	-	-
obs	-	20657	99.418 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.986 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.937 Å²	0 Å²	-0.655 Å²
2-	-	4.861 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.868 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.842 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6044	0	112	13	6169

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	6251
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	6048
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.779	1.873	8445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.603	1.77	13828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.225	5	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.498	5	35
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.103	10	1132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.99	10	288
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	7333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1375
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.242	0.2	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5126
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	3037
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3435
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.167	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.234	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.24	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.093	5.917	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.093	5.917	3074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.553	10.632	3832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.552	10.633	3833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.094	6.581	3177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.093	6.581	3178
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.459	11.854	4613
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.458	11.854	4614
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.453	58.891	7004
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.453	58.891	7005

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.8-2.872	0.516	77	0.369	1435	0.376	1524	0.905	0.954	99.2126	0.375
2.872-2.95	0.426	76	0.332	1395	0.337	1475	0.902	0.96	99.7288	0.339
2.95-3.035	0.502	82	0.283	1341	0.295	1430	0.895	0.965	99.5105	0.291
3.035-3.127	0.388	63	0.262	1354	0.269	1424	0.932	0.966	99.5084	0.266
3.127-3.229	0.353	65	0.25	1251	0.255	1324	0.941	0.966	99.3958	0.256
3.229-3.341	0.407	70	0.224	1232	0.234	1303	0.893	0.972	99.9233	0.225
3.341-3.465	0.344	76	0.199	1194	0.207	1277	0.93	0.978	99.4518	0.198
3.465-3.604	0.263	64	0.199	1129	0.203	1197	0.959	0.979	99.6658	0.202
3.604-3.762	0.292	65	0.2	1103	0.205	1170	0.953	0.983	99.8291	0.206
3.762-3.943	0.216	59	0.176	1075	0.178	1135	0.976	0.986	99.9119	0.179
3.943-4.152	0.24	66	0.163	996	0.167	1063	0.962	0.988	99.9059	0.168
4.152-4.399	0.222	53	0.15	979	0.154	1033	0.966	0.988	99.9032	0.156
4.399-4.695	0.244	42	0.14	885	0.144	930	0.966	0.988	99.6774	0.141
4.695-5.061	0.189	39	0.14	863	0.142	904	0.976	0.989	99.7788	0.142
5.061-5.528	0.225	42	0.149	773	0.154	818	0.97	0.988	99.6333	0.152
5.528-6.154	0.234	37	0.183	701	0.186	739	0.962	0.983	99.8647	0.182
6.154-7.056	0.304	28	0.208	648	0.212	676	0.963	0.979	100	0.209
7.056-8.524	0.21	32	0.148	540	0.151	575	0.969	0.987	99.4783	0.154
8.524-11.591	0.159	22	0.122	438	0.124	464	0.987	0.989	99.1379	0.123
11.591-29.842	0.37	15	0.342	252	0.343	296	0.925	0.941	90.2027	0.369

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