PDB-9dt2: Crystal structure of the engineered sulfonylurea repressor EsR (L...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dt2

タイトル

Crystal structure of the engineered sulfonylurea repressor EsR (L7-D1), apo form

要素

Sulfonylurea repressor EsR (L7-D1)

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / engineered / ligand / repressor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Schreiter, E.R. / Leija, C. / Kakani, N.K. / McBride, K.E. / Looger, L.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Design and evolution of agrochemical-responsive gene switches for field crops
著者: McBride, K.E. / Kakani, N.K. / Fang, J. / Leija, C. / Hermanson, F. / Chan, M. / Cho, H.-J. / Richey, C. / Madrigal, A. / Gordon-Kamm, B. / Lowe, K. / Lenderts, B. / Arling, M. / Anand, A. / ...

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年10月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dt2.cif.gz	50.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dt2.ent.gz	33.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dt2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dt2_validation.pdf.gz	429.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dt2_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	9dt2_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	9dt2_validation.cif.gz	12 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/9dt2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dt3C 9dt4C 9dt5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sulfonylurea repressor EsR (L7-D1)

23.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sulfonylurea repressor EsR (L7-D1)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.440, 72.440, 95.190
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Sulfonylurea repressor EsR (L7-D1) / TetR / TetR protein / TetR(B) / Tetracycline repressor protein TetR / Tetracycline resistance ...TetR / TetR protein / TetR(B) / Tetracycline repressor protein TetR / Tetracycline resistance operon repressor protein 分子量: 23215.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: TetR, teTR, tetR(B), CQ842_25520, D3G36_22370, D3G36_27460, D9E49_27735, D9E49_28675, E5H86_28100, E5H86_30860, EHD79_25975, EHD79_28355, EIZ93_26115, FJQ40_26740, FPI65_29665, FPS11_ ...遺伝子: TetR, teTR, tetR(B), CQ842_25520, D3G36_22370, D3G36_27460, D9E49_27735, D9E49_28675, E5H86_28100, E5H86_30860, EHD79_25975, EHD79_28355, EIZ93_26115, FJQ40_26740, FPI65_29665, FPS11_29235, FPS11_30125, GAJ12_26625, GP965_14335, GP975_09140, GP979_15410, GQM21_16135, GRW05_13910, HIE29_003744, HIE29_005530, HL601_26020, HL601_27135, IPF_209 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1VCF0
Has protein modification	N

#1: タンパク質

Sulfonylurea repressor EsR (L7-D1) / TetR / TetR protein / TetR(B) / Tetracycline repressor protein TetR / Tetracycline resistance ...

分子量: 23215.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: TetR, teTR, tetR(B), CQ842_25520, D3G36_22370, D3G36_27460, D9E49_27735, D9E49_28675, E5H86_28100, E5H86_30860, EHD79_25975, EHD79_28355, EIZ93_26115, FJQ40_26740, FPI65_29665, FPS11_ ...
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1VCF0

Has protein modification

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.27 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5 2% v/v Polyethylene glycol 400 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→45.147 Å / Num. obs: 4955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / R_sym value: 0.122 / Net I/σ(I): 12.8
反射シェル	解像度: 3.1→3.31 Å / Num. unique obs: 342 / R_sym value: 0.583

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.1→45.147 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 26.253 / SU ML: 0.454 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.507 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2976	261	5.267 %
R_work	0.2336	4694	-
all	0.237	-	-
obs	-	4955	99.899 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.023 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.104 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.104 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-6.208 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.1→45.147 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1365	0	0	0	1365

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.012	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.745	1.847	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.572	1.765	3153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.547	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	11.248	5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.619	10	261
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	14.53	10	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	214
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.279	0.2	415
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.213	0.2	1315
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.195	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.204	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.035	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.206	0.2	108
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.939	6.078	696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.939	6.079	696
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.442	10.872	863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.439	10.871	864
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.9	6.765	687
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.896	6.766	688
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.711	12.208	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.706	12.206	997
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.947	63.511	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	13.943	63.513	1712

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.1-3.181	0.316	18	0.26	342	0.263	360	0.929	0.952	100	0.224
3.181-3.267	0.495	14	0.275	318	0.283	332	0.848	0.94	100	0.241
3.267-3.361	0.365	19	0.288	310	0.293	329	0.908	0.93	100	0.25
3.361-3.464	0.44	14	0.258	322	0.264	336	0.895	0.942	100	0.234
3.464-3.577	0.353	13	0.262	295	0.267	308	0.905	0.947	100	0.234
3.577-3.702	0.319	13	0.268	303	0.271	316	0.942	0.944	100	0.24
3.702-3.841	0.214	11	0.233	288	0.232	299	0.966	0.962	100	0.213
3.841-3.996	0.323	25	0.233	266	0.239	291	0.925	0.959	100	0.207
3.996-4.173	0.334	23	0.223	249	0.234	272	0.942	0.961	100	0.19
4.173-4.374	0.251	10	0.192	258	0.194	268	0.973	0.975	100	0.176
4.374-4.609	0.294	16	0.208	240	0.215	256	0.953	0.968	100	0.186
4.609-4.885	0.305	13	0.199	229	0.205	242	0.921	0.973	100	0.183
4.885-5.218	0.207	16	0.216	220	0.215	236	0.969	0.967	100	0.19
5.218-5.63	0.26	10	0.195	202	0.197	212	0.958	0.973	100	0.169
5.63-6.157	0.197	9	0.269	189	0.266	198	0.975	0.952	100	0.24
6.157-6.868	0.374	10	0.272	173	0.278	183	0.949	0.954	100	0.238
6.868-7.9	0.794	8	0.2	165	0.214	173	0.773	0.973	100	0.189
7.9-9.603	0.17	11	0.192	133	0.189	145	0.975	0.977	99.3103	0.201
9.603-13.283	0.287	7	0.194	113	0.201	121	0.987	0.977	99.1736	0.208
13.283-45.147	0.123	1	0.399	79	0.398	81	0	0.884	98.7654	0.412

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関連情報:EMDBヘッダ

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