PDB-9dsx: Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dsx

タイトル

Crystal structure of the complex of M. tuberculosis PheRS with cognate precursor tRNA and fragment DDD00107555

要素

(Phenylalanine--tRNA ligase ...) x 2
tRNA(Phe)

キーワード

LIGASE/RNA / AMINOACYLATION / PHENYLALANYL TRNA SYNTHETASE / STRUCTURAL GENOMICS / LIGASE-TRNA COMPLEX / CENTER FOR STRUCTURAL BIOLOGY OF INFECTIOUS DISEASES / CSBID / LIGASE / LIGASE-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Chang, C. / Michalska, K. / Forte, B. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Wower, J. / Joachimiak, A.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Different chemical scaffolds bind to L-phe site in Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase.
著者: Gade, P. / Chang, C. / Pryde, D.S. / Fletcher, D. / Niven, S. / Magalhaes, L.G. / Robinson, D. / Saini, J. / Ibrahim, P.E.G.F. / Forte, B. / Wower, J. / Bodkin, M.J. / Baragana, B. / Gilbert, ...

履歴

登録	2024年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年6月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/9dsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/9dsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

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低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
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セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit

B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit

C: tRNA(Phe)

D: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit

E: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit

F: tRNA(Phe)

ヘテロ分子

306 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	147.364, 65.032, 189.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 110.864, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

-
Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質	Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS 分子量: 37486.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質	Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS 分子量: 88867.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase

#1: タンパク質

Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS

分子量: 37486.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase

#2: タンパク質

Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS

分子量: 88867.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 CF

#3: RNA鎖	tRNA(Phe) 分子量: 24842.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 参照: GenBank: 1251771558

-
非ポリマー , 9種, 1391分子

#4: 化合物	ChemComp-A1BCB / ethyl (2R)-2-(3-oxo-2,3-dihydro-4H-1,4-benzoxazin-4-yl)propanoate 分子量: 249.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#11: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.19 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate HEPES pH 7.5 PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月13日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 208786 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / B_iso Wilson estimate: 24.45 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.026 / R_rim(I) all: 0.069 / Χ²: 0.951 / Net I/σ(I): 9.2 / Num. measured all: 1378418

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.05-2.09	6	0.911	10395	0.704	0.909	0.401	0.998	0.913	99
2.09-2.12	6.5	0.749	10330	0.806	0.945	0.316	0.815	0.916	99.7
2.12-2.16	6.6	0.653	10466	0.842	0.956	0.274	0.709	0.924	99.7
2.16-2.21	6.6	0.543	10319	0.895	0.972	0.228	0.59	0.93	99.6
2.21-2.26	6.6	0.45	10410	0.926	0.981	0.189	0.489	0.961	99.4
2.26-2.31	6.5	0.388	10387	0.937	0.984	0.163	0.421	0.939	99.4
2.31-2.37	6.4	0.326	10346	0.953	0.988	0.139	0.355	0.944	98.9
2.37-2.43	6.1	0.281	10289	0.957	0.989	0.123	0.307	0.95	98.6
2.43-2.5	6.9	0.24	10463	0.973	0.993	0.098	0.26	0.942	99.7
2.5-2.58	6.9	0.192	10431	0.983	0.996	0.079	0.208	0.956	99.8
2.58-2.68	6.8	0.148	10423	0.989	0.997	0.061	0.16	0.956	99.6
2.68-2.78	6.7	0.119	10394	0.992	0.998	0.049	0.129	0.958	99.3
2.78-2.91	6.4	0.091	10362	0.993	0.998	0.039	0.099	0.967	98.9
2.91-3.06	6.6	0.07	10450	0.996	0.999	0.029	0.076	0.958	99.2
3.06-3.25	7	0.056	10492	0.996	0.999	0.023	0.06	0.993	99.7
3.25-3.51	6.9	0.045	10469	0.997	0.999	0.018	0.049	1.027	99.6
3.51-3.86	6.5	0.038	10425	0.997	0.999	0.016	0.042	1.07	98.6
3.86-4.42	7	0.033	10536	0.998	0.999	0.013	0.036	1.059	99.8
4.42-5.56	6.7	0.03	10589	0.998	1	0.012	0.033	0.954	99.1
5.56-50	6.6	0.025	10810	0.998	1	0.011	0.027	0.694	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.21.1_5286	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.05→48.86 Å / SU ML: 0.2371 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5624
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2326	9898	4.99 %
R_work	0.1993	188552	-
obs	0.2009	198450	94.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→48.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17391	3126	209	1356	22082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0022	21710
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5055	30331
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0398	3571
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	3468
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.4607	8947

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.3092	150	0.266	3099	X-RAY DIFFRACTION	46.62
2.08-2.1	0.3003	225	0.2469	4192	X-RAY DIFFRACTION	63.14
2.1-2.13	0.2766	250	0.242	5153	X-RAY DIFFRACTION	77.89
2.13-2.15	0.2918	327	0.2435	5730	X-RAY DIFFRACTION	86.57
2.15-2.18	0.2984	328	0.2419	5952	X-RAY DIFFRACTION	89.93
2.18-2.21	0.2767	323	0.2266	6021	X-RAY DIFFRACTION	91.62
2.21-2.24	0.2611	317	0.2247	6304	X-RAY DIFFRACTION	94.25
2.24-2.28	0.25	307	0.2168	6401	X-RAY DIFFRACTION	97.29
2.28-2.31	0.2571	316	0.225	6590	X-RAY DIFFRACTION	98.35
2.31-2.35	0.2879	335	0.223	6462	X-RAY DIFFRACTION	98.34
2.35-2.39	0.2602	307	0.2153	6560	X-RAY DIFFRACTION	98.4
2.39-2.43	0.2836	361	0.2112	6511	X-RAY DIFFRACTION	98.42
2.43-2.48	0.2597	346	0.215	6629	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.48-2.53	0.2467	367	0.2182	6581	X-RAY DIFFRACTION	99.68
2.53-2.59	0.2578	378	0.2147	6602	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.59-2.65	0.2528	316	0.2152	6621	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.65-2.71	0.2675	364	0.2215	6615	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.71-2.79	0.2625	346	0.2332	6579	X-RAY DIFFRACTION	99.21
2.79-2.87	0.2772	356	0.2199	6561	X-RAY DIFFRACTION	99.04
2.87-2.96	0.2649	380	0.2143	6559	X-RAY DIFFRACTION	98.19
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19	0.00546324934936	0.000906011832022	-0.00693139449281	-0.00034478835702	-0.000456213536685	0.00860358034118	-0.000363089785912	-0.030815085125	0.00864095450617	0.0315305263413	0.00858735296451	0.055323917488	-0.0111812477628	-0.00711994958636	0.000190896858957	0.398816455088	0.0324867319901	0.205254192515	0.185721953465	0.000393042260035	0.290473399929	-40.1978300751	-9.83632647601	4.4491874624
20	0.000823173497699	-0.000425248202029	0.00041077571284	0.000177646975195	-0.000116142990898	0.000112258803504	-0.00559178013919	0.00193152309614	0.00136842916705	-0.00330149990099	-5.65092579772E-5	0.00129554679299	-0.00393571307421	-0.00200197036091	-5.81757792636E-6	0.423481862301	0.026358121797	0.0735091899346	0.430342834585	-0.0160596140823	0.496548660508	-63.1417748955	2.71925145802	-3.2043181477
21	0.000553512935751	-0.000205566462	-0.000463391566546	0.000136438256389	3.24265354075E-5	-5.20629655571E-5	-0.0072341076272	0.00278065710694	-0.0029660304316	-0.00554892478491	-0.00102612059733	0.00478259025468	-0.0116398675962	0.000717045174257	-4.4224781789E-7	0.670866650155	0.049989571564	0.0523222306455	0.728052276435	-0.0502318411972	0.808416321427	-78.7874948651	7.86482049247	-2.64152406308
22	9.03645870416E-5	9.72313932128E-6	-5.78397744267E-5	4.0982570903E-5	-4.38282447577E-5	7.15843165251E-5	0.00174974164631	-0.000744972495548	0.00171814907324	-0.000992956271447	0.0015027300569	-0.00024150713131	5.58837951601E-5	-0.00010306693775	2.60953554736E-6	1.22654821074	0.000704361046068	-0.000137602681821	1.21609503564	-0.0133003195699	1.22335268228	-74.3611703991	-1.90199568994	-23.9934491432

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 0 through 110 )	A	A	0 - 110	1 - 97
2	2	chain 'A' and (resid 111 through 186 )	A	A	111 - 186	98 - 173
3	3	chain 'A' and (resid 187 through 285 )	A	A	187 - 285	174 - 272
4	4	chain 'A' and (resid 286 through 341 )	A	A	286 - 341	273 - 328
5	5	chain 'B' and (resid -2 through 394 )	B	B	-2 - 394	1 - 397
6	6	chain 'B' and (resid 395 through 831 )	B	B	395 - 831	398 - 834
7	7	chain 'C' and (resid 1 through 10 )	C	C	1 - 10
8	8	chain 'C' and (resid 11 through 25 )	C	C	11 - 25
9	9	chain 'C' and (resid 26 through 65 )	C	C	26 - 65
10	10	chain 'C' and (resid 66 through 73 )	C	C	66 - 73
11	11	chain 'D' and (resid 0 through 91 )	D	D	0 - 91	1 - 92
12	12	chain 'D' and (resid 92 through 242 )	D	D	92 - 242	93 - 243
13	13	chain 'D' and (resid 243 through 341 )	D	D	243 - 341	244 - 339
14	14	chain 'E' and (resid -2 through 270 )	E	E	-2 - 270	1 - 243
15	15	chain 'E' and (resid 271 through 445 )	E	E	271 - 445	244 - 418
16	16	chain 'E' and (resid 446 through 831 )	E	E	446 - 831	419 - 804
17	17	chain 'F' and (resid 1 through 10 )	F	F	1 - 10
18	18	chain 'F' and (resid 11 through 25 )	F	F	11 - 25
19	19	chain 'F' and (resid 26 through 45 )	F	F	26 - 45
20	20	chain 'F' and (resid 46 through 50 )	F	F	46 - 50
21	21	chain 'F' and (resid 51 through 65 )	F	F	51 - 65
22	22	chain 'F' and (resid 66 through 73 )	F	F	66 - 73

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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