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- PDB-9dsf: Cyanide-ligated Bordetella pertussis globin coupled sensor regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dsf
タイトルCyanide-ligated Bordetella pertussis globin coupled sensor regulatory domain S68A
要素Diguanylate cyclase DosC
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cooperativity / Oxygen-sensing / Cyano ligand / Heme
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / diguanylate cyclase / diguanylate cyclase activity / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / oxygen binding / nucleotide binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Diguanylate cyclase DosC, globin sensor domain / : / DosC CZB-like middle domain / Globin-sensor domain / Protoglobin / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...Diguanylate cyclase DosC, globin sensor domain / : / DosC CZB-like middle domain / Globin-sensor domain / Protoglobin / : / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Globin/Protoglobin / Globin-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Diguanylate cyclase DosC
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella pertussis (百日咳菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Hoque, N.J. / Pope, S.R. / Boal, A.K.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Cooperative ligand binding in a bacterial heme-based oxygen sensor.
著者: Hoque, N.J. / Pope, S.R. / Venkatakrishnan, V. / Olori, D.O. / Brady, N.A. / Patterson, D.C. / Anand, G.S. / Liu, Y. / Boal, A.K. / Weinert, E.E.
履歴
登録2024年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年1月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diguanylate cyclase DosC
B: Diguanylate cyclase DosC
C: Diguanylate cyclase DosC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,45710
ポリマ－57,4383
非ポリマー2,0207
水1,982110
1
A: Diguanylate cyclase DosC
ヘテロ分子

A: Diguanylate cyclase DosC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5776
ポリマ－38,2922
非ポリマー1,2854
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area5100 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area13380 Å2
手法PISA
2
B: Diguanylate cyclase DosC
C: Diguanylate cyclase DosC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6697
ポリマ－38,2922
非ポリマー1,3775
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5360 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.958, 49.702, 67.994
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-349-

HOH

21B-333-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Diguanylate cyclase DosC / Direct oxygen-sensing cyclase


分子量: 19145.934 Da / 分子数: 3 / 変異: S68A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella pertussis (strain Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251) (百日咳菌)
株: Tohama I / ATCC BAA-589 / NCTC 13251 / 遺伝子: BP3507 / プラスミド: pET-20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 Tuner plysS / 参照: UniProt: Q7VTL8, diguanylate cyclase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION


分子量: 26.017 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 % / 解説: Plates, rods
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris, 0.2 M Calcium Acetate, 10% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年10月7日
詳細: Horizontal pre-focus bimorph mirror & KB bimorph mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→46.67 Å / Num. obs: 38802 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 26.73 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.85→1.916 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3885 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.21 / % possible all: 99.64

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
HKL-2000722データ削減
HKL-2000722データスケーリング
PHASER7.1.018位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→46.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 3.304 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.167 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23862 1896 4.9 %RANDOM
Rwork0.20704 ---
obs0.20855 36907 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.359 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å2-0 Å2-0.92 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3---0.47 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→46.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3647 0 141 110 3898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0133891
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153567
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1411.7025331
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1691.6038152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8575464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.2820.909198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.8715588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2631530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2503
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024337
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02875
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8132.8691868
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8132.8681866
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4194.2982326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4184.2992327
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8492.9792023
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8422.9792017
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4484.4123006
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.7433.4314585
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.71133.414577
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 133 -
Rwork0.256 2678 -
obs--99.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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