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万見
- PDB-9drs: Crystal structure of M. tuberculosis PheRS-tRNA complex bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9drs
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis PheRS-tRNA complex bound to inhibitor D-116
要素
  • (Phenylalanine--tRNA ligase ...) x 2
  • tRNA(Phe)
キーワードLIGASE/RNA / RNA ligase aminoacyl-tRNA synthetase / Structural Genomics / Center for Structural Biology of Infectious Diseases / CSBID / RNA BINDING PROTEIN / LIGASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase complex / phenylalanine-tRNA ligase / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / peptidoglycan-based cell wall / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain ...Phenylalanine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Phenylalanine-tRNA ligase alpha chain 1, bacterial / Aminoacyl tRNA synthetase class II, N-terminal domain / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit, bacterial type / Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, alpha subunit / Phenylalanly tRNA synthetase, tRNA-binding-domain / tRNA synthetase, B5-domain / tRNA synthetase B5 domain / B5 domain profile. / tRNA synthetase B5 domain / B3/4 domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain, core domain / Phenylalanyl tRNA synthetase beta chain CLM domain / B3/B4 tRNA-binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase-like, B3/B4 / Phenylalanine-tRNA ligase, class IIc, beta subunit / B3/4 domain / Class I and II aminoacyl-tRNA synthetase, tRNA-binding arm / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / tRNA-binding domain / Putative tRNA binding domain / tRNA-binding domain profile. / Putative DNA-binding domain superfamily / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 1H-benzimidazol-2-amine / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / : / RNA / RNA (> 10) / Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Gade, P. / Chang, C. / Forte, B. / Wower, J. / Gilbert, I.H. / Baragana, B. / Michalska, K. / Joachimiak, A. / Center for Structural Biology of Infectious Diseases (CSBID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Different chemical scaffolds bind to L-phe site in Mycobacterium tuberculosis Phe-tRNA synthetase.
著者: Gade, P. / Chang, C. / Pryde, D.S. / Fletcher, D. / Niven, S. / Magalhaes, L.G. / Robinson, D. / Saini, J. / Ibrahim, P.E.G.F. / Forte, B. / Wower, J. / Bodkin, M.J. / Baragana, B. / Gilbert, ...著者: Gade, P. / Chang, C. / Pryde, D.S. / Fletcher, D. / Niven, S. / Magalhaes, L.G. / Robinson, D. / Saini, J. / Ibrahim, P.E.G.F. / Forte, B. / Wower, J. / Bodkin, M.J. / Baragana, B. / Gilbert, I.H. / Michalska, K. / Joachimiak, A.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
B: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
C: tRNA(Phe)
D: Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit
E: Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit
F: tRNA(Phe)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)304,86945
ポリマ－302,2516
非ポリマー2,61939
水13,007722
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area40190 Å2
ΔGint-207 kcal/mol
Surface area108730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.676, 64.106, 188.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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Phenylalanine--tRNA ligase ... , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase alpha subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase alpha subunit / PheRS


分子量: 37415.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: pheS, Rv1649, MTCY06H11.14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU3, phenylalanine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase beta subunit / Phenylalanyl-tRNA synthetase beta subunit / PheRS


分子量: 88867.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: pheT, Rv1650, MTCY06H11.15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WFU1, phenylalanine-tRNA ligase

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RNA鎖 , 1種, 2分子 CF

#3: RNA鎖 tRNA(Phe)


分子量: 24842.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
参照: GenBank: 1251771558

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非ポリマー , 8種, 761分子

#4: 化合物 ChemComp-AX7 / 1H-benzimidazol-2-amine / 2-アミノベンゾイミダゾ-ル


分子量: 133.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#9: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Hepes pH 7.5, 25 % PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 135377 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 30.47 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.979 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 6682 / CC1/2: 0.549 / CC star: 0.842 / Rpim(I) all: 0.486 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.35→46.77 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 10245 5.04 %
Rwork0.2006 --
obs0.2031 127062 76.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17318 3045 170 722 21255
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00221258
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4529676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.3844258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0383510
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043399
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.380.38591060.32872176X-RAY DIFFRACTION26
2.38-2.410.3991410.31112609X-RAY DIFFRACTION32
2.41-2.440.31951720.30353152X-RAY DIFFRACTION38
2.44-2.470.32191880.29713701X-RAY DIFFRACTION43
2.47-2.50.32562450.28814056X-RAY DIFFRACTION49
2.5-2.540.31422150.27184368X-RAY DIFFRACTION52
2.54-2.570.31662660.26224709X-RAY DIFFRACTION56
2.57-2.610.2952540.24694783X-RAY DIFFRACTION58
2.61-2.650.28362830.25155039X-RAY DIFFRACTION59
2.65-2.70.28482680.25175317X-RAY DIFFRACTION64
2.7-2.740.28672680.2495681X-RAY DIFFRACTION68
2.74-2.790.29453370.25376009X-RAY DIFFRACTION71
2.79-2.850.29053360.24466365X-RAY DIFFRACTION76
2.85-2.90.31333350.24216675X-RAY DIFFRACTION79
2.9-2.970.29343960.23296867X-RAY DIFFRACTION83
2.97-3.040.29344350.22387181X-RAY DIFFRACTION86
3.04-3.110.25084030.21517455X-RAY DIFFRACTION90
3.11-3.20.2824770.20637766X-RAY DIFFRACTION92
3.2-3.290.25193930.20857608X-RAY DIFFRACTION92
3.29-3.40.25154250.20628302X-RAY DIFFRACTION98
3.4-3.520.23454390.20238241X-RAY DIFFRACTION99
3.52-3.660.25124400.18828321X-RAY DIFFRACTION99
3.66-3.820.20954430.17818360X-RAY DIFFRACTION99
3.82-4.030.22944650.17928336X-RAY DIFFRACTION99
4.03-4.280.21934360.17078238X-RAY DIFFRACTION98
4.28-4.610.22233720.16278402X-RAY DIFFRACTION99
4.61-5.070.21653960.16778386X-RAY DIFFRACTION100
5.07-5.80.22934570.18518367X-RAY DIFFRACTION100
5.8-7.310.23054310.19288248X-RAY DIFFRACTION99
7.31-46.770.22434230.17438306X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.1972 Å / Origin y: 0.0412 Å / Origin z: 45.0665 Å
111213212223313233
T0.1079 Å2-0.032 Å2-0.0073 Å2-0.0761 Å2-0.0167 Å2--0.1117 Å2
L0.0855 °2-0.0472 °2-0.1074 °2-0.0259 °20.0075 °2--0.2256 °2
S-0.013 Å °0.0723 Å °-0.0184 Å °0.0054 Å °0.0048 Å °0.0118 Å °0.0517 Å °-0.0403 Å °-0.0027 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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