[日本語] English
万見
- PDB-9drq: Mumps virus fusion glycoprotein F stabilized in prefusion conformation -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9drq
タイトルMumps virus fusion glycoprotein F stabilized in prefusion conformation
要素Fusion glycoprotein F0
キーワードVIRAL PROTEIN / Mumps virus / fusion protein / prefusion conformation / vaccine
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Mumps orthorubulavirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Lai, Y.T. / Stewart-Jones, G.B.E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2024
タイトル: Structure-based design of glycoprotein subunit vaccines for mumps.
著者: Loomis, R.J. / Lai, Y.T. / Sowers, S.B. / Fisher, B. / Derrien-Colemyn, A. / Ambrozak, D.R. / Tsybovsky, Y. / Crooke, S.N. / Latner, D.R. / Kong, W.P. / Ruckwardt, T.J. / Plotkin, S.A. / ...著者: Loomis, R.J. / Lai, Y.T. / Sowers, S.B. / Fisher, B. / Derrien-Colemyn, A. / Ambrozak, D.R. / Tsybovsky, Y. / Crooke, S.N. / Latner, D.R. / Kong, W.P. / Ruckwardt, T.J. / Plotkin, S.A. / Kwong, P.D. / Mascola, J.R. / Graham, B.S. / Hickman, C.J. / Stewart-Jones, G.B.E.
履歴
登録2024年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2047
ポリマ－48,1461
非ポリマー2,0586
水72140
1
A: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

A: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子

A: Fusion glycoprotein F0
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,61121
ポリマ－144,4383
非ポリマー6,17418
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area24160 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area57150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.823, 74.823, 460.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

-
要素

#1: タンパク質 Fusion glycoprotein F0


分子量: 48145.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mumps orthorubulavirus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O91241
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 40 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M imidazole pH 8.0, 35% PEG1000, 0.2 M calcium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 27169 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル
解像度 (Å)Num. unique obsCC1/2Diffraction-ID
2.16-2.2426870.9961
2.24-2.3326800.8341
2.33-2.4326490.9221
2.43-2.5626990.9471
2.56-2.7226740.9721
2.72-2.9327010.9881
2.93-3.2327290.9931
3.23-3.6927140.9951
3.69-4.6527550.9941
4.65-5028810.9961

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.16→37.41 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2457 1359 5 %
Rwork0.2071 --
obs0.2091 27163 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→37.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3368 0 134 40 3542
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8684829
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.4122192
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005607
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1665-2.24390.40271310.30772499X-RAY DIFFRACTION98
2.2439-2.33380.31481350.28442551X-RAY DIFFRACTION100
2.3338-2.43990.3391340.262530X-RAY DIFFRACTION100
2.4399-2.56860.33331350.24612573X-RAY DIFFRACTION100
2.5686-2.72940.28781330.24382542X-RAY DIFFRACTION100
2.7294-2.94010.35191350.24832562X-RAY DIFFRACTION100
2.9401-3.23580.27791370.23552592X-RAY DIFFRACTION100
3.2358-3.70370.23821360.20732592X-RAY DIFFRACTION100
3.7037-4.66490.20181380.17172619X-RAY DIFFRACTION99
4.6649-37.410.20741450.18812744X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.00110.1523-0.08811.8541-1.03191.8561-0.0176-0.00450.03020.1737-0.0867-0.10570.09910.31810.12450.3230.0605-0.01240.4571-0.00470.3801-21.1259.6751.97
20.31770.2753-0.30230.4721-0.55292.831-0.0180.0063-0.05230.1302-0.0875-0.04610.00610.08690.10750.41920.0477-0.00660.41560.010.4448-25.93215.07255.175
31.25790.1220.58081.0495-0.22641.8981-0.10510.06430.2702-0.0034-0.0399-0.0006-0.32120.0910.15270.35680.0005-0.00150.39560.04810.3932-28.61435.93118.433
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 0:148 )A0 - 148
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 149:271 )A149 - 271
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 272:456 )A272 - 456

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る