[日本語] English
万見
- PDB-9dro: FphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydr... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dro
タイトルFphE, Staphylococcus aureus fluorophosphonate-binding serine hydrolases E, Oxadiazolone-peptide bound
要素Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518
キーワードHYDROLASE / FphE / Staphylococcus aureus / S. aureus / fluorophosphonate-binding / serine hydrolases / lipase / Oxadiazolone
機能・相同性加水分解酵素 / : / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / membrane / : / Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Fellner, M.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
New Zealand Synchrotron Group Ltd ニュージーランド
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2025
タイトル: An mRNA Display Approach for Covalent Targeting of a Staphylococcus aureus Virulence Factor.
著者: Wang, S. / Woods, E.C. / Jo, J. / Zhu, J. / Hansel-Harris, A. / Holcomb, M. / Llanos, M. / Pedowitz, N.J. / Upadhyay, T. / Bennett, J. / Fellner, M. / Park, K.W. / Zhang, A. / Valdez, T.A. / ...著者: Wang, S. / Woods, E.C. / Jo, J. / Zhu, J. / Hansel-Harris, A. / Holcomb, M. / Llanos, M. / Pedowitz, N.J. / Upadhyay, T. / Bennett, J. / Fellner, M. / Park, K.W. / Zhang, A. / Valdez, T.A. / Forli, S. / Chan, A.I. / Cunningham, C.N. / Bogyo, M.
履歴
登録2024年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518
B: Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0368
ポリマ－62,5502
非ポリマー4866
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13620 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area22670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.107, 74.583, 73.555
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Uncharacterized hydrolase SAUSA300_2518


分子量: 31275.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus USA300 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAUSA300_2518 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2FDS6, 加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-A1BA1 / methyl 2-formyl-2-phenylhydrazine-1-carboxylate


分子量: 194.187 Da / 分子数: 2
Fragment: Reacted ligand: The Oxadiazolone ring is opened and a covalent bond is formed with the active site serine (a smilar ligand has been reported in PDB entry 8T88). The actual ligand has a ...Fragment: Reacted ligand: The Oxadiazolone ring is opened and a covalent bond is formed with the active site serine (a smilar ligand has been reported in PDB entry 8T88). The actual ligand has a peptide chain attached to the benzene ring that is shown but there is no density evidence, so it wss not modelled.
由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.45 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 uL 15 mg/mL FphE (10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl) were mixed with 4 uL Oxadiazolone-peptide-ligand (10 mM in DMSO) and incubated at 18C overnight. 0.15 uL FphE-ligand solution was mixed ...詳細: 10 uL 15 mg/mL FphE (10 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl) were mixed with 4 uL Oxadiazolone-peptide-ligand (10 mM in DMSO) and incubated at 18C overnight. 0.15 uL FphE-ligand solution was mixed with 0.3 uL of reservoir solution. Sitting drop reservoir contained 25 uL of 180 mM Magnesium chloride, 100 mM MES pH 6.5, 22.5% PEG 2000 MME. Crystal was frozen in a solution of ~25% Ethylene glycol, 75% reservoir.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→47.1 Å / Num. obs: 75123 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 11.9 / Num. measured all: 513296
反射 シェル解像度: 1.54→1.57 Å / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.237 / Num. measured all: 23000 / Num. unique obs: 3496 / CC1/2: 0.56 / Rpim(I) all: 0.514 / Rrim(I) all: 1.343 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
Aimless0.7.8データスケーリング
XDSデータ削減
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.54→39.82 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183 3604 4.8 %
Rwork0.1555 --
obs0.1568 75083 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.54→39.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4386 0 32 323 4741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0676222
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.019614
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062673
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011825
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.54-1.560.26861090.26642529X-RAY DIFFRACTION92
1.56-1.580.24361410.22992766X-RAY DIFFRACTION100
1.58-1.60.22841430.22522731X-RAY DIFFRACTION100
1.6-1.630.24741060.20162806X-RAY DIFFRACTION100
1.63-1.650.23551300.19732720X-RAY DIFFRACTION100
1.65-1.680.22181600.19782725X-RAY DIFFRACTION100
1.68-1.710.26441430.19652726X-RAY DIFFRACTION100
1.71-1.740.21151300.19512797X-RAY DIFFRACTION100
1.74-1.770.23451350.1912740X-RAY DIFFRACTION100
1.77-1.810.22711270.19562758X-RAY DIFFRACTION100
1.81-1.850.21721270.18152754X-RAY DIFFRACTION100
1.85-1.890.21221420.15862759X-RAY DIFFRACTION100
1.89-1.940.18661540.15852756X-RAY DIFFRACTION100
1.94-1.990.18351610.14762703X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.050.17411480.152779X-RAY DIFFRACTION100
2.05-2.120.18281470.1482723X-RAY DIFFRACTION100
2.12-2.190.1781360.15232757X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.280.17681500.1472735X-RAY DIFFRACTION100
2.28-2.380.17261550.14052771X-RAY DIFFRACTION100
2.38-2.510.18921530.14942736X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.670.19141430.152750X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.870.20731220.15312780X-RAY DIFFRACTION100
2.87-3.160.16161390.15542787X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.620.19971200.15292799X-RAY DIFFRACTION100
3.62-4.560.1481130.12992785X-RAY DIFFRACTION99
4.56-39.820.1641700.15662807X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25450.31610.36512.0921-0.42122.5050.01120.03480.15850.0681-0.0494-0.0262-0.251-0.030.03890.1572-0.00480.01670.13540.00340.1523-1.7269-9.679.2221
25.11060.01412.74911.6984-0.21281.74070.1156-0.0178-0.72640.4487-0.0889-0.46920.65380.1207-0.12910.61380.0946-0.06760.3390.06670.5131-28.5617-25.8112-14.0525
32.14320.29810.4731.38990.86792.7653-0.0495-0.1031-0.19950.07030.0271-0.00420.2625-0.01030.03340.16360.02620.02690.12570.0080.1827-33.7647-13.4711-24.5738
42.57560.1278-0.29761.18450.7032.3556-0.1134-0.05270.0421-0.02810.1529-0.08030.01880.2452-0.03090.14420.0228-0.00390.1332-0.01860.1589-25.5759-7.0567-24.0632
51.25330.67480.79081.760.13283.25050.0758-0.2060.14440.2528-0.0740.1992-0.0156-0.5603-0.01760.1863-0.01480.03360.2342-0.01330.1906-9.0183-15.898516.3159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 152 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 153 through 183 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 184 through 276 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 0 through 152 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 153 through 276 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る