PDB-9dpv: BMP-9 K357R G389S Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dpv

タイトル

BMP-9 K357R G389S Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH

要素

Growth/differentiation factor 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BMP / bone morphogenetic protein / TGF-beta family

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Schwartze, T.A. / Hinck, A.P.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Interchain Disulfide Bond Formation in BMP-9 and BMP-10.
著者: Schwartze, T.A. / Morosky, S.A. / Rosato, T.L. / Henrickson, A. / Lin, G. / Hinck, C.S. / Taylor, A.B. / Olsen, S.K. / Calero, G. / Demeler, B. / Roman, B.L. / Hinck, A.P.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dpv.cif.gz	87.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dpv.ent.gz	59.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dpmC 9dpnC 9dpoC 9dppC 9dpqC 9dprC 9dpsC 9dptC 9dpuC 9dpwC 9dpxC 9dpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Growth/differentiation factor 2

ヘテロ分子

12.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Growth/differentiation factor 2

ヘテロ分子

A: Growth/differentiation factor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Covalent Homodimer observed by SDS gel.
25.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.105, 71.105, 145.553
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-504- CL
2	1	A-621- HOH
3	1	A-656- HOH

#1: タンパク質	Growth/differentiation factor 2 / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9 分子量: 12177.011 Da / 分子数: 1 / 変異: A321S, K357R, G389S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF2, BMP9 / プラスミド: pcdna3.1 / 細胞株 (発現宿主): expi293 (Invitrogen) / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic / 参照: UniProt: Q9UK05
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.44 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1M NaCl, 22-26% glycerol, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→41.37 Å / Num. obs: 13055 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 36.87 Å² / CC_1/2: 0.988 / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.168 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 6.4
反射シェル	解像度: 1.99→2.04 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 1.467 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 832 / CC_1/2: 0.645 / R_pim(I) all: 0.877 / R_rim(I) all: 1.723 / Χ²: 0.95 / % possible all: 86.7
Serial crystallography sample delivery	手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.99→35.55 Å / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 28.1713
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2649	649	4.99 %
R_work	0.2238	12348	-
obs	0.2259	12997	98.28 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→35.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	826	0	15	87	928

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0094	854
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2478	1158
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0653	127
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0143	145
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0951	312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.14	0.3203	122	0.3031	2313	X-RAY DIFFRACTION	94.02
2.14-2.36	0.2589	136	0.2311	2441	X-RAY DIFFRACTION	99.38
2.36-2.7	0.2442	123	0.2328	2474	X-RAY DIFFRACTION	99.16
2.7-3.4	0.249	125	0.1957	2507	X-RAY DIFFRACTION	99.51
3.41-35.55	0.2707	143	0.224	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.46411851473	0.555400342677	2.35824147939	6.83553823375	4.13681896152	3.46153339041	0.542873456449	0.0974408182245	-0.689481571533	0.682054256171	-0.629459287413	0.312864074634	1.08238858485	-1.12217922279	0.296894570259	0.559353072358	-0.000455770105152	-0.0334385800731	0.42513581736	0.0219164076099	0.3395083513	20.2910570484	4.05618233953	15.3896947138
2	1.81245487457	-0.36204160894	0.740707143114	3.69344032823	1.61839652156	2.63750095092	0.651124636266	0.909889864666	-0.336829195217	-0.659575184989	-0.693606087637	0.477444062394	0.204181732278	-0.544178084197	-0.0765953273368	0.651259197314	0.309262115294	-0.137635800146	0.726527684558	-0.0311096621095	0.250349164364	23.2066508718	5.26082819866	1.6958395929
3	7.19068099657	4.82363331231	-3.70473202815	5.03800980664	0.136145425917	7.10296763069	-0.61757333311	0.277005276924	-1.36730415684	0.844047073091	-0.161416168774	-0.455409683722	1.63170937135	-0.0481692162187	0.587388751983	0.767941397548	-0.0805453336673	0.135064218399	0.365162232824	-0.00290457339791	0.412009730371	22.5273884641	12.2029351014	29.841701487
4	2.23597832492	0.138918662442	-2.09317220567	4.32015112436	-0.115832977592	4.97088007046	0.222834169222	0.290712370193	-0.174284519827	0.18241636987	-0.250777607652	0.373800739522	-0.0249529786204	-0.363796504112	0.085060020232	0.406321368008	-0.0902911316412	0.0317830104869	0.416851776037	0.0275025490613	0.225363206952	16.7878277626	23.72571359	28.6515954363
5	3.64266322366	-0.577542048531	0.0417633886845	4.14454105218	2.05504589098	1.96226971837	0.329275675947	0.951657122524	0.147974029361	-0.420273162075	-0.0234203082548	-0.480501142241	0.400919566104	0.569814567219	-0.29746530541	0.420716348282	0.227334996915	0.0471221602865	0.632547387836	0.0832385473297	0.26693643241	32.0908938336	8.48556691092	1.15566158278
6	4.27480277861	-1.55567358875	-3.19698470713	4.43389152712	3.3221388097	6.17923528838	0.386179705	0.429292567203	-0.0132680585282	-0.107526524398	-0.277491446036	-0.587861247982	0.125355491069	0.216955768234	-0.064390083295	0.382116669125	0.144716581622	-0.020679603605	0.412843117074	0.0767708968869	0.274664053027	32.3578595655	8.24336647025	8.3170819313

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 325 through 335 )	325 - 335	1 - 11
2	2	chain 'A' and (resid 336 through 357 )	336 - 357	12 - 33
3	3	chain 'A' and (resid 358 through 371 )	358 - 371	34 - 47
4	4	chain 'A' and (resid 372 through 392 )	372 - 392	48 - 68
5	5	chain 'A' and (resid 393 through 411 )	393 - 411	69 - 87
6	6	chain 'A' and (resid 412 through 429 )	412 - 429	88 - 105

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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