PDB-9dpp: BMP-9 Wild-Type Dimer in Acidic pH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dpp

タイトル

BMP-9 Wild-Type Dimer in Acidic pH

要素

Growth/differentiation factor 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BMP / bone morphogenetic protein / TGF-beta family

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.12 Å

データ登録者

Schwartze, T.A. / Hinck, A.P.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Interchain Disulfide Bond Formation in BMP-9 and BMP-10.
著者: Schwartze, T.A. / Morosky, S.A. / Rosato, T.L. / Henrickson, A. / Lin, G. / Hinck, C.S. / Taylor, A.B. / Olsen, S.K. / Calero, G. / Demeler, B. / Roman, B.L. / Hinck, A.P.

履歴

登録	2024年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年3月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dpp.cif.gz	101.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dpp.ent.gz	68.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dpp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dpp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dpp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dpmC 9dpnC 9dpoC 9dpqC 9dprC 9dpsC 9dptC 9dpuC 9dpvC 9dpwC 9dpxC 9dpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Growth/differentiation factor 2

ヘテロ分子

12.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Growth/differentiation factor 2

ヘテロ分子

A: Growth/differentiation factor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Covalent Dimer observed on SDS Gels.
25.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.940, 70.940, 145.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-507- CL

#1: タンパク質	Growth/differentiation factor 2 / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9 分子量: 12118.971 Da / 分子数: 1 / 変異: A321S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF2, BMP9 / プラスミド: pcdna3.1 / 細胞株 (発現宿主): expi293 (Invitrogen) / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic / 参照: UniProt: Q9UK05
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 / 詳細: 1M NaCl, 3.5% PEG8K, 0.3M Citrate pH 3.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.12→35.47 Å / Num. obs: 10969 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.6 % / B_iso Wilson estimate: 44.61 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.164 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 20.9 % / R_merge(I) obs: 2.588 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 857 / CC_1/2: 0.526 / R_pim(I) all: 0.81 / R_rim(I) all: 2.715 / Χ²: 0.98 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.12→35.47 Å / SU ML: 0.304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.8762
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2577	537	4.9 %
R_work	0.2199	10412	-
obs	0.2217	10949	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.12→35.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	826	0	26	52	904

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	868
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.5574	1176
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0796	128
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0124	147
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.5576	317

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.12-2.33	0.2786	122	0.2841	2544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.67	0.3155	145	0.2357	2548	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.67-3.36	0.2412	144	0.2156	2579	X-RAY DIFFRACTION	99.85
3.37-35.47	0.2491	126	0.21	2741	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.81164215312	1.41051008191	-7.41114633593	9.4297755611	0.0996052743138	5.74003296419	-0.799134233694	-1.07588974233	-0.809653623687	0.646485800868	0.0725115953548	-0.758661003153	1.37467535442	2.26316301588	0.729144522275	0.499683349278	0.0534129933501	-0.048190894176	0.819300230419	-0.053534673512	0.648902760692	-4.01158816243	-15.5405881867	-20.2256913144
2	6.06362933855	0.390539969022	-0.466754435834	5.01547098117	1.24894770752	2.01191481076	-0.705113873462	0.852004258713	-0.498691777076	-0.92225061262	0.441631429502	-0.439366050158	1.04293404762	1.11394002467	-0.0669040222128	0.725967416414	-0.210799352567	0.0212149827031	0.736343450792	-0.114372342421	0.524408985118	-5.04760105896	-12.2629380113	-34.7642201835
3	5.49820827303	-3.26654829665	1.61106770806	4.63035923283	-4.30913300001	8.32957230628	-0.530752106522	-1.67286182477	0.138510236599	0.0621447127482	-0.227628728699	-0.813975618728	-0.214540777797	1.10197974964	1.02214250733	0.507149088419	0.0833376931126	-0.0438558847439	0.807087594801	0.137173875285	0.578359488158	-12.2446424674	-13.1401120327	-6.64265100388
4	7.72195402283	-0.965569289889	-0.910651840146	3.76870627652	-2.78349192297	3.70712868281	-0.149101107207	-0.210578447478	-1.0949622048	-0.242646484579	0.221983119747	-0.580468571342	0.736182422661	-0.579355321089	0.15838319101	0.550753233206	0.0157886334738	-0.0381802190342	0.496030519514	0.098156052604	0.462696217112	-23.5653449216	-18.898261359	-7.37283745084
5	2.00269433919	-1.49676865399	-5.55346410593	2.10205701224	3.82137683949	7.78824464499	-0.764400488713	0.294354327719	1.99813406258	-0.352126800316	0.62502379516	-0.582701823796	-1.74660422286	0.858229610514	0.382879802113	0.334810163795	-0.169515495857	-0.184394057355	0.496532761328	0.0272223785366	0.421385274588	-11.9772297011	-8.4457696836	-18.0565066099
6	5.10898532066	0.960989323193	-0.992727014498	2.45087013794	-0.328149869484	2.68845607011	-0.0766558823275	0.740621062645	0.597030938237	-0.376397379949	0.273782215963	-0.00257301441729	-0.876872924561	0.234747376706	-0.215439755804	0.64341443366	-0.143820943203	-0.0323908884604	0.592816891342	0.0288819916963	0.48106458061	-7.8194840056	-2.49368733084	-33.58063584

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 324 through 335 )	324 - 335	1 - 12
2	2	chain 'A' and (resid 336 through 357 )	336 - 357	13 - 34
3	3	chain 'A' and (resid 358 through 371 )	358 - 371	35 - 48
4	4	chain 'A' and (resid 372 through 392 )	372 - 392	49 - 69
5	5	chain 'A' and (resid 393 through 397 )	393 - 397	70 - 74
6	6	chain 'A' and (resid 398 through 429 )	398 - 429	75 - 106

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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