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- PDB-9dpn: BMP-9 Wild-Type Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dpn
タイトルBMP-9 Wild-Type Dimer Without Radiation Damage in Neutral pH
要素Growth/differentiation factor 2
キーワードSIGNALING PROTEIN / BMP / bone morphogenetic protein / TGF-beta family
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration ...positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration / cartilage development / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of DNA replication / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of SMAD protein signal transduction / BMP signaling pathway / vasculogenesis / positive regulation of endothelial cell proliferation / ossification / negative regulation of angiogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / growth factor activity / negative regulation of cell growth / positive regulation of angiogenesis / osteoblast differentiation / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine-knot cytokine
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Schwartze, T.A. / Hinck, A.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM58670 米国
Department of Defense (DOD, United States)W81XWH-17-1-0429 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Interchain Disulfide Bond Formation in BMP-9 and BMP-10.
著者: Schwartze, T.A. / Morosky, S.A. / Rosato, T.L. / Henrickson, A. / Lin, G. / Hinck, C.S. / Taylor, A.B. / Olsen, S.K. / Calero, G. / Demeler, B. / Roman, B.L. / Hinck, A.P.
履歴
登録2024年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,48011
ポリマ－12,1191
非ポリマー36110
水1,17165
1
A: Growth/differentiation factor 2
ヘテロ分子

A: Growth/differentiation factor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,96122
ポリマ－24,2382
非ポリマー72320
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.203, 71.203, 146.541
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Space group name HallI4bw2bw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x,z+3/4
#3: y+1/2,-x,z+3/4
#4: x+1/2,-y,-z+3/4
#5: -x+1/2,y,-z+3/4
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
#9: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#10: -y+1,x+1/2,z+5/4
#11: y+1,-x+1/2,z+5/4
#12: x+1,-y+1/2,-z+5/4
#13: -x+1,y+1/2,-z+5/4
#14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
#15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2
#16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

CL

21A-662-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 2 / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9


分子量: 12118.971 Da / 分子数: 1 / 変異: A321S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF2, BMP9 / プラスミド: pcdna3.1 / 細胞株 (発現宿主): expi293 (Invitrogen) / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic / 参照: UniProt: Q9UK05
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.85 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1M NaCl, 17% Glycerol, 0.1 M HEPEs pH 7.5 / PH範囲: 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→41.5 Å / Num. obs: 8929 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 36.63 Å2 / CC1/2: 0.97 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.12 / Rrim(I) all: 0.199 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.24→2.31 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.841 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 800 / CC1/2: 0.471 / Rpim(I) all: 0.663 / Rrim(I) all: 1.078 / Χ2: 0.85 / % possible all: 96.7
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.24→41.5 Å / SU ML: 0.2573 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 24.711
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2061 379 4.25 %
Rwork0.1953 8541 -
obs0.1958 8920 94.41 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→41.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数822 0 15 65 902
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065850
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.67811152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0448126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0066144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8961310
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.24-2.560.32841240.2442796X-RAY DIFFRACTION95.11
2.56-3.230.241240.21122825X-RAY DIFFRACTION94.91
3.23-41.50.16861310.17692920X-RAY DIFFRACTION93.27
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.23069043414-0.6932772831230.3706467290144.646471023322.782017188156.632240475960.2896863170850.534130735389-0.2779391753590.00264321045383-0.3793986462720.2713407890150.73201997758-0.3966966410240.03865381278360.4590958940020.10534086632-0.04810379525870.3802885310110.02229123897810.39757421779622.31906646774.767919418766.13112962784
24.281550459345.43507083843-2.020944835686.90037796075-2.58848917168.03726350229-0.3982730829670.150416904176-1.168847028960.594975704121-0.301795795579-0.5413186265760.8335325868640.455151686281-0.0511597463330.591307446498-0.0154753935180.1671722154190.289483720616-0.03226872575670.38141620525722.462095525912.188826016830.277292766
32.23280210651-2.51896643859-3.913101183446.244055651683.52851855059.028505183730.1633055870180.567756352446-0.208905759357-0.166038940435-0.3850517927570.38709346899-0.558143290599-0.6263884891550.2121702379720.376201012253-0.0421426989438-0.01905950919910.3424515991730.02872401138380.2758443656616.716963711423.75117256629.0088068705
43.0431481407-0.361313334317-1.080374488953.433312906432.566201751973.853534145340.09245312537720.4050893737690.0904420653599-0.195746061813-0.040170867097-0.3110386766910.08808545877890.520612193594-0.106555350140.449607657850.120742986265-0.0004365248706510.4916108236860.06188650471240.37777803297332.09197770358.332946440214.99993733223
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 325 through 357 )325 - 3571 - 33
22chain 'A' and (resid 358 through 371 )358 - 37134 - 47
33chain 'A' and (resid 372 through 392 )372 - 39248 - 68
44chain 'A' and (resid 393 through 429 )393 - 42969 - 105

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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