PDB-9dpm: BMP-9 Monomer Growth Factor with Cysteinylation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dpm

タイトル

BMP-9 Monomer Growth Factor with Cysteinylation

要素

Growth/differentiation factor 2

キーワード

SIGNALING PROTEIN / BMP / bone morphogenetic protein / TGF-beta family

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Schwartze, T.A. / Hinck, A.P.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2025
タイトル: Molecular Basis of Interchain Disulfide Bond Formation in BMP-9 and BMP-10.
著者: Schwartze, T.A. / Morosky, S.A. / Rosato, T.L. / Henrickson, A. / Lin, G. / Hinck, C.S. / Taylor, A.B. / Olsen, S.K. / Calero, G. / Demeler, B. / Roman, B.L. / Hinck, A.P.

履歴

登録	2024年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dpm.cif.gz	103.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dpm.ent.gz	69.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dpm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dpm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dpnC 9dpoC 9dppC 9dpqC 9dprC 9dpsC 9dptC 9dpuC 9dpvC 9dpwC 9dpxC 9dpyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #149 - 2012年5月レプチン (Leptin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Growth/differentiation factor 2

ヘテロ分子

12.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, SEC-MALS shows monomer form is monomeric at biologically relevant concentrations.

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.863, 71.863, 144.606
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	98
Space group name H-M	I4₁22
Space group name Hall	I4bw2bw
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x,z+3/4 #3: y+1/2,-x,z+3/4 #4: x+1/2,-y,-z+3/4 #5: -x+1/2,y,-z+3/4 #6: -x,-y,z #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z #9: x+1/2,y+1/2,z+1/2 #10: -y+1,x+1/2,z+5/4 #11: y+1,-x+1/2,z+5/4 #12: x+1,-y+1/2,-z+5/4 #13: -x+1,y+1/2,-z+5/4 #14: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2 #15: y+1/2,x+1/2,-z+1/2 #16: -y+1/2,-x+1/2,-z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-687- HOH

#1: タンパク質	Growth/differentiation factor 2 / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9 分子量: 12118.971 Da / 分子数: 1 / 変異: A321S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF2, BMP9 / プラスミド: pcdna3.1 / 細胞株 (発現宿主): expi293 (Invitrogen) / 器官 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 組織 (発現宿主): embryonic / 参照: UniProt: Q9UK05
#2: 化合物	ChemComp-CYS / CYSTEINE / システインタイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.86 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.9 M sodium chloride, 133 mM HEPES, 166 mM MES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 15387 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.78 % / B_iso Wilson estimate: 40.09 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.136 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.139 / Χ²: 0.687 / Net I/av σ(I): 24.625 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.9→1.94 Å / R_merge(I) obs: 3.025 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 962 / CC_1/2: 0.598 / CC star: 0.865 / R_pim(I) all: 0.643 / R_rim(I) all: 3.093 / Χ²: 0.544 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
HKL-3000		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→29.46 Å / SU ML: 0.3435 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.4101
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2417	740	4.82 %
R_work	0.2046	14599	-
obs	0.2064	15339	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	826	0	13	88	927

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0046	866
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7703	1176
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0454	129
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0043	148
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.7633	320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-2.05	0.4027	120	0.3584	2869	X-RAY DIFFRACTION	99.43
2.05-2.25	0.3055	169	0.2829	2835	X-RAY DIFFRACTION	99.47
2.25-2.58	0.3045	155	0.2361	2889	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.58-3.25	0.2567	148	0.21	2923	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.25-29.46	0.2001	148	0.173	3083	X-RAY DIFFRACTION	99.81

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.20462722929	1.69214323169	7.60678420568	9.21640340515	5.36985220814	2.00123888125	0.45517255968	-2.19458772431	-0.936871610041	2.03442991409	-0.500429739822	0.543100846252	0.563018542238	-1.81480270172	1.37543112858	0.894742376569	-0.0847129521058	-0.0547204440428	0.641573471928	0.275248656563	0.390945681638	20.018	5.539	22.986
2	3.69259158837	-0.0262892876253	-0.60876470437	2.04235686728	1.79871931674	3.83451329896	0.421078726564	1.69547406493	-0.335671606064	-0.957246618591	-0.739318381684	0.410291781009	0.359409554021	-0.0559768713159	0.32984118712	0.729911701511	0.27015492885	-0.0943214954397	0.801399217495	-0.0499904960543	0.419540841445	23.106	4.963	-1.597
3	4.59239307207	-2.66225042871	-4.44049182871	4.85357619552	3.24852502959	4.56606100582	-0.210044800255	-0.0515990539455	-0.220493248796	0.959805694718	-0.560133260916	0.746638744888	0.798228561008	-0.0400114333915	0.320759791609	0.770070320455	-0.0137733838493	0.0428775227177	0.539868909262	0.023627928412	0.430360907215	20.95	7.889	19.211
4	3.24851098235	-2.5590409521	-1.25230836417	6.36528619231	1.03165241084	6.9019347443	-0.0168833628056	-0.225434045092	-0.883224817356	0.441213345706	-0.00380418701143	0.147854080094	0.637371382789	0.0997705746315	-0.140749489554	0.671287056161	-0.135553205128	-0.0389239065969	0.519891665761	0.0611736325389	0.360406205176	22.004	19.92	29.854
5	2.39249747423	-1.28573342006	-0.260198607428	3.14992695054	-3.02035569035	6.96650238939	0.781527773048	0.356653696544	0.132886913952	-1.08807826137	-0.27788334354	0.390640521546	-0.0362960256244	-0.635831537882	-0.120748798397	0.427511280827	-0.0974974491453	-0.0186980998664	0.527263033116	0.0319600846019	0.390717193204	13.387	24.464	25.648
6	7.21952642632	2.90901976481	-5.53028422555	4.47089834505	0.0725670917574	6.06773436871	0.804373450764	-0.302547434062	0.0696359496933	0.297836263143	-0.218451218154	-0.222352045995	0.0833650926027	0.339590003573	-0.321998338835	0.647320229002	0.0437367223038	-0.0172943667008	0.445965661243	0.0259490862523	0.370424215109	26.923	12.438	18.18
7	3.72481482869	1.87658732496	-0.409316489407	5.04123984626	1.59718971949	0.842296457233	-0.222545965164	1.20627152251	0.316855868955	-1.26984096687	0.142646497774	-0.0106879493859	-0.287257846118	0.904445717642	-0.564441681045	0.885692064421	0.240427145404	0.0432400260126	0.922304569814	0.0951037305189	0.396424266428	34.226	7.099	-4.872
8	3.74603050792	-1.37604378609	-2.07478066755	4.84748916831	0.812703277405	4.48899217667	0.174595841515	0.214714852643	-0.158687881376	-0.111428140106	-0.25515139778	-0.388554580977	0.362324774222	0.170386374461	0.0105233021508	0.498043786378	0.130778370469	-0.0153333176293	0.545610670653	0.0582819156271	0.380035934956	32.437	8.307	8.277
9	2.90115917785	-0.21268572983	1.81948935505	5.99907692502	-6.82071861975	8.61492218908	-1.05124003308	-0.330836642288	-0.626468816741	0.410917445767	2.04800151534	1.13908178031	-0.00341890211051	-2.7450295616	-1.74367780791	0.879808240517	-0.0451973084193	-0.0137137987836	0.62057308463	-0.0110393952149	0.467804133456	16.76	20.67	17.912

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 324:330 )	A	324 - 330
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 331:349 )	A	331 - 349
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 350:365 )	A	350 - 365
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 366:383 )	A	366 - 383
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 384:392 )	A	384 - 392
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 393:397 )	A	393 - 397
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 398:411 )	A	398 - 411
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN A AND RESID 412:429 )	A	412 - 429
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 501:501 )	A	501

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)