PDB-9dpf: Crystal structure of TMPRSS11D S368A complexed with its own zymog...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dpf

タイトル

Crystal structure of TMPRSS11D S368A complexed with its own zymogen activation motif

要素

Transmembrane protease serine 11D
Transmembrane protease serine 11D non-catalytic chain

キーワード

HYDROLASE / human protease / zymogen motif

機能・相同性

機能・相同性情報

respiratory gaseous exchange by respiratory system / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Fraser, B.J. / Dong, A. / Ilyassov, O. / Seitova, A. / Li, Y. / Edwards, A. / Benard, F. / Arrowsmith, C. / Structural Genomics Consortium (SGC)

資金援助

カナダ,

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of TMPRSS11D specificity and autocleavage activation.
著者: Fraser, B.J. / Wilson, R.P. / Ferkova, S. / Ilyassov, O. / Lac, J. / Dong, A. / Li, Y.Y. / Seitova, A. / Li, Y. / Hejazi, Z. / Kenney, T.M.G. / Penn, L.Z. / Edwards, A. / Leduc, R. / ...

履歴

登録	2024年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年10月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression
改定 1.2	2025年5月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dpf.cif.gz	117.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dpf.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dpf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dpf_validation.pdf.gz	457.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dpf_full_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示
XML形式データ	9dpf_validation.xml.gz	26.2 KB	表示
CIF形式データ	9dpf_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dpf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/9dpf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8visC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transmembrane protease serine 11D

B: Transmembrane protease serine 11D non-catalytic chain

C: Transmembrane protease serine 11D

D: Transmembrane protease serine 11D non-catalytic chain

ヘテロ分子

54.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transmembrane protease serine 11D

B: Transmembrane protease serine 11D non-catalytic chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Transmembrane protease serine 11D

D: Transmembrane protease serine 11D non-catalytic chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.034, 76.640, 88.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Transmembrane protease serine 11D / Airway trypsin-like protease 分子量: 25318.490 Da / 分子数: 2 / 変異: S368A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Catalytic chain is covalently linked to the non-catalytic chain through a C173-C292 disulfide bond 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS11D, HAT / プラスミド: pFHMSP-LIC-N 詳細 (発現宿主): pFAST-BAC HTA derivative that enables secreted protein production from Sf9 insect cells 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O60235, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: タンパク質・ペプチド	Transmembrane protease serine 11D non-catalytic chain 分子量: 1930.166 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Non-catatlyic chain is covalently linked to the catalytic chain through a C173-C292 disulfide bond. Most of the non-catalytic domain is not observed in the crystal structure, and has likely ...詳細: Non-catatlyic chain is covalently linked to the catalytic chain through a C173-C292 disulfide bond. Most of the non-catalytic domain is not observed in the crystal structure, and has likely been cleaved based on SDS-PAGE gel migration patterns. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TMPRSS11D, HAT / プラスミド: pFHMSP-LIC-N 詳細 (発現宿主): pFAST-BAC HTA derivative vector that enables secreted protein production from Sf9 insect cells 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O60235
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.5M Mg form, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo cooled / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 1.033 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年2月14日

放射

モノクロメーター: Cryo-cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.033 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 37404 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 11.4 % / CC_1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.183 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.192 / Χ²: 1.76 / Net I/σ(I): 3.6

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.98-2.01	9.4	1.308	1729	0.817	0.948	0.426	1.38	0.373	99.7
2.01-2.05	9.9	1.075	1714	0.868	0.964	0.343	1.131	0.388	99.9
2.05-2.09	10.5	0.9	1724	0.926	0.98	0.28	0.944	0.4	100
2.09-2.13	11	0.832	1736	0.942	0.985	0.253	0.87	0.414	100
2.13-2.18	11.6	0.816	1730	0.943	0.985	0.244	0.853	0.411	100
2.18-2.23	10.4	0.835	1710	0.934	0.983	0.261	0.876	0.455	99.8
2.23-2.29	5.7	0.679	1613	0.769	0.932	0.27	0.734	2.796	91.9
2.29-2.35	11.7	0.621	1735	0.965	0.991	0.189	0.65	0.488	99.8
2.35-2.42	13	0.514	1731	0.974	0.993	0.147	0.535	0.522	100
2.42-2.49	12.3	0.456	1740	0.976	0.994	0.135	0.476	0.518	100
2.49-2.58	12.8	0.376	1737	0.982	0.996	0.109	0.392	0.533	100
2.58-2.69	13.8	0.344	1753	0.974	0.993	0.095	0.357	0.703	100
2.69-2.81	13.7	0.289	1750	0.986	0.997	0.08	0.3	0.789	100
2.81-2.96	13.6	0.243	1751	0.986	0.996	0.068	0.252	0.975	100
2.96-3.14	13.4	0.204	1758	0.96	0.99	0.058	0.213	1.573	100
3.14-3.39	13.2	0.16	1761	0.987	0.997	0.046	0.167	2.139	100
3.39-3.73	10.1	0.168	1695	0.977	0.994	0.053	0.176	5.519	95.7
3.73-4.26	9.3	0.128	1785	0.926	0.98	0.044	0.136	5.682	98.7
4.26-5.37	10.5	0.112	1788	0.986	0.996	0.036	0.118	8.443	99.5
5.37-40	12.3	0.079	1928	0.997	0.999	0.024	0.082	4.155	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→38.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 6.391 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25411	1976	5 %	RANDOM
R_work	0.19868	-	-	-
obs	0.20141	37404	99.19 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.976 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.31 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.95 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-4.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→38.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3780	0	8	265	4053

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	3977
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	1.642	5452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.518	1.558	8043
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.024	5	519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.068	5	26
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.267	10	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.646	3.202	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.646	3.202	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.645	4.789	2531
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.646	4.789	2532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.889	3.633	1954
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.888	3.635	1955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.806	5.28	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.461	49.141	4476
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.461	49.135	4476
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.902→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	141	-
R_work	0.394	2490	-
obs	-	-	90.2 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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