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- PDB-9don: Crystal structure of eIF4e in complex with Compound 5-PA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9don
タイトルCrystal structure of eIF4e in complex with Compound 5-PA
要素Eukaryotic translation initiation factor 4E
キーワードTRANSLATION / EIF4E / TRANSLATION INITIATION INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding ...eukaryotic initiation factor 4G binding / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / chromatoid body / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / stem cell population maintenance / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / mTORC1-mediated signalling / negative regulation of neuron differentiation / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / behavioral fear response / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / mRNA export from nucleus / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / translational initiation / P-body / ISG15 antiviral mechanism / G1/S transition of mitotic cell cycle / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron differentiation / cytoplasmic stress granule / regulation of translation / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / negative regulation of translation / nuclear speck / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.091 Å
データ登録者Meagher, J.L. / Stuckey, J.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM132341 米国
引用ジャーナル: Acs Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Second-Generation Cap Analogue Prodrugs for Targeting Aberrant Eukaryotic Translation Initiation Factor 4E Activity in Cancer.
著者: Cardenas, E.L. / O'Rourke, R.L. / Menon, A. / Vega-Hernandez, G. / Meagher, J. / Stuckey, J. / Garner, A.L.
履歴
登録2024年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5544
ポリマ－44,5812
非ポリマー9732
水2,720151
1
A: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7492
ポリマ－22,2901
非ポリマー4581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Eukaryotic translation initiation factor 4E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8052
ポリマ－22,2901
非ポリマー5151
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.194, 74.397, 52.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 4E / eIF4E / eIF-4F 25 kDa subunit / mRNA cap-binding protein


分子量: 22290.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EIF4E, EIF4EL1, EIF4F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06730
#2: 化合物 ChemComp-M7G / 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 7-メチルグアノシン-7-イウム5′-二りん酸


分子量: 458.235 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O11P2
#3: 化合物 ChemComp-A1A8P / 2-[3-[[2-azanyl-7-[(5-chloranyl-1-benzofuran-2-yl)methyl]-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl]methyl]phenyl]ethylphosphonic acid


分子量: 514.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22ClN5O5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 26% Peg 3350, 0.1 M MES pH 6.0, 10% isopropanol and 2 mM CaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.1271 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1271 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.091→50 Å / Num. obs: 21714 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 0.883 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.1-2.145.20.31610510.910.9760.1540.3530.89995.8
2.14-2.185.40.29810900.9390.9840.140.330.90399.2
2.18-2.225.60.27210780.9380.9840.1280.3020.94898.6
2.22-2.265.70.26910960.9490.9870.1240.2970.97699.3
2.26-2.315.70.2210760.9550.9880.1020.2440.93299.4
2.31-2.375.90.21411120.9640.9910.0970.2350.98999.5
2.37-2.4260.20710820.9670.9920.0930.2280.95899.5
2.42-2.496.10.18511210.9730.9930.0820.2030.90999.6
2.49-2.566.10.17310850.9710.9930.0770.190.91199.7
2.56-2.6560.15711120.9760.9940.0710.1730.97199.8
2.65-2.745.90.13711030.9780.9940.0630.1510.93499.2
2.74-2.855.40.12310520.9810.9950.0590.1370.97197
2.85-2.985.20.10610360.9770.9940.0520.1180.91493.3
2.98-3.1460.09211000.9880.9970.0430.1020.8298.9
3.14-3.335.80.07911090.9870.9970.0390.0890.83499.4
3.33-3.595.50.06910840.9880.9970.0350.0780.78598
3.59-3.955.30.06210810.9890.9970.0320.070.71697.3
3.95-4.524.90.05410830.9910.9980.0290.0620.62696.8
4.52-5.74.50.05410280.9890.9970.030.0620.64892.2
5.7-505.60.06911350.9920.9980.0340.0770.87698.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (10-JUL-2024)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.091→33.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU R Cruickshank DPI: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.249 / SU Rfree Blow DPI: 0.197 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1050 4.85 %RANDOM
Rwork0.1982 ---
obs0.2005 21660 97.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.9194 Å20 Å2-1.9081 Å2
2--0.1162 Å20 Å2
3----3.0356 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.091→33.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2986 0 64 151 3201
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0083131HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.884251HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1083SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes564HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3131HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.23
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.41
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion388SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2512SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.091→2.11 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2597 -3.92 %
Rwork0.1992 417 -
obs--73.3 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24220.010.46740.64090.26820.9392-0.0775-0.0301-0.0011-0.00470.06710.04090.0287-0.06480.0104-0.00240.0092-0.0023-0.02030.0234-0.05931.8263-12.679125.4752
20.95710.38960.63381.27460.07041.0117-0.0092-0.143-0.02650.07320.0158-0.0159-0.0128-0.0933-0.0067-0.0140.01440.00380.00060.0058-0.063220.3635-9.226347.9548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|27 - 217 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|29 - 217 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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