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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 9dm1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Mycobacterial supercomplex malate:quinone oxidoreductase assembly | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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![]() | MEMBRANE PROTEIN / Electron transport chain / mycobacterial CIII2CIV2 supercomplex | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() malate dehydrogenase (quinone) / L-malate dehydrogenase (quinone) activity / 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity / aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase ...malate dehydrogenase (quinone) / L-malate dehydrogenase (quinone) activity / 2-hydroxyglutarate dehydrogenase activity / aerobic electron transport chain / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / electron transport coupled proton transport / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / ATP synthesis coupled electron transport / tricarboxylic acid cycle / respiratory electron transport chain / monooxygenase activity / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / iron ion binding / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
![]() | Di Trani, J.M. / Rubinstein, J.L. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM of native membranes reveals an intimate connection between the Krebs cycle and aerobic respiration in mycobacteria. 著者: Justin M Di Trani / Jiacheng Yu / Gautier M Courbon / Ana Paula Lobez Rodriguez / Chen-Yi Cheung / Yingke Liang / Claire E Coupland / Stephanie A Bueler / Gregory M Cook / Peter Brzezinski / ...著者: Justin M Di Trani / Jiacheng Yu / Gautier M Courbon / Ana Paula Lobez Rodriguez / Chen-Yi Cheung / Yingke Liang / Claire E Coupland / Stephanie A Bueler / Gregory M Cook / Peter Brzezinski / John L Rubinstein / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: To investigate the structure of the mycobacterial oxidative phosphorylation machinery, we prepared inverted membrane vesicles from , enriched for vesicles containing complexes of interest, and imaged ...To investigate the structure of the mycobacterial oxidative phosphorylation machinery, we prepared inverted membrane vesicles from , enriched for vesicles containing complexes of interest, and imaged the vesicles with electron cryomicroscopy. We show that this analysis allows determination of the structure of both mycobacterial ATP synthase and the supercomplex of respiratory complexes III and IV in their native membrane. The latter structure reveals that the enzyme malate:quinone oxidoreductase (Mqo) physically associates with the respiratory supercomplex, an interaction that is lost on extraction of the proteins from the lipid bilayer. Mqo catalyzes an essential reaction in the Krebs cycle, and in vivo survival of mycobacterial pathogens is compromised when its activity is absent. We show with high-speed spectroscopy that the Mqo:supercomplex interaction enables rapid electron transfer from malate to the supercomplex. Further, the respiratory supercomplex is necessary for malate-driven, but not NADH-driven, electron transport chain activity and oxygen consumption. Together, these findings indicate a connection between the Krebs cycle and aerobic respiration that directs electrons along a single branch of the mycobacterial electron transport chain. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 211.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 285.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 46995MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 RLUa
#1: タンパク質 | 分子量: 63296.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0A0K0XH24, cytochrome-c oxidase #7: タンパク質 | 分子量: 8365.549 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FQK8 |
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-Cytochrome bc1 complex cytochrome ... , 2種, 4分子 EFOI
#2: タンパク質 | 分子量: 59110.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FGS8, quinol-cytochrome-c reductase #10: タンパク質 | 分子量: 23183.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FPH1, quinol-cytochrome-c reductase |
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-タンパク質 , 7種, 13分子 DGTZVbPJcWYMA
#3: タンパク質 | 分子量: 21221.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: I7G2H6, superoxide dismutase #6: タンパク質 | 分子量: 15177.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7FPH7, cytochrome-c oxidase #8: タンパク質 | 分子量: 14808.747 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R1B5 #9: タンパク質 | 分子量: 11329.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 #11: タンパク質 | 分子量: 16412.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GFE1 #12: タンパク質 | 分子量: 42210.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GD61 #13: タンパク質 | | 分子量: 54970.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0QVL2, malate dehydrogenase (quinone) |
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-Cytochrome aa3 subunit ... , 2種, 4分子 QKSX
#4: タンパク質 | 分子量: 35201.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: I7GD63, cytochrome-c oxidase #5: タンパク質 | 分子量: 22196.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 / 参照: UniProt: A0R049 |
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-非ポリマー , 11種, 66分子 




















#14: 化合物 | ChemComp-CU / #15: 化合物 | ChemComp-HEA / #16: 化合物 | ChemComp-CDL / #17: 化合物 | ChemComp-HEM / #18: 化合物 | ChemComp-MQ9 / #19: 化合物 | ChemComp-9Y0 / ( #20: 化合物 | ChemComp-PLM / #21: 化合物 | ChemComp-9XX / ( #22: 化合物 | ChemComp-HEC / #23: 化合物 | ChemComp-9YF / ( #24: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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Has protein modification | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Respiratory Complex Mqo:CIII2CIV2SoD2 from Mycobacterium smegmatis タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#13 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 41.5 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 145585 / 対称性のタイプ: POINT |