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- PDB-9djt: Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9djt
タイトルTernary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue WIZ-5
要素
  • DNA damage-binding protein 1
  • Protein Wiz
  • Protein cereblon
キーワードLIGASE / Cereblon / Molecular Glue
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / histone methyltransferase binding / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding ...positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / histone methyltransferase binding / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / spindle assembly involved in female meiosis / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / WD40-repeat domain binding / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / transcription corepressor binding / DNA Damage Recognition in GG-NER / nucleotide-excision repair / positive regulation of protein-containing complex assembly / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Formation of Incision Complex in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / site of double-strand break / Neddylation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / midbody / protein-macromolecule adaptor activity / damaged DNA binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Potential therapeutics for SARS / transmembrane transporter binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / protein stabilization / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / extracellular space / DNA binding / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Zinc finger found in WIZ protein / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily ...: / : / Zinc finger found in WIZ protein / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / CULT domain / CULT domain profile. / Lon N-terminal domain profile. / Lon protease, N-terminal domain / Lon protease, N-terminal domain superfamily / ATP-dependent protease La (LON) substrate-binding domain / Found in ATP-dependent protease La (LON) / RSE1/DDB1/CPSF1 second beta-propeller / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / : / CPSF A subunit region / RSE1/DDB1/CPSF1 first beta-propeller / PUA-like superfamily / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein Wiz / DNA damage-binding protein 1 / Protein cereblon
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Partridge, J.R. / Ma, X. / Ornelas, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Discovery and Optimization of First-in-Class Molecular Glue Degraders of the WIZ Transcription Factor for Fetal Hemoglobin Induction to Treat Sickle Cell Disease.
著者: Kerrigan, J.R. / Thomsen, N.M. / Cernijenko, A. / Kochanek, S.E. / Dewhurst, J. / O'Brien, G. / Ware, N.F. / Sanchez, C.C. / Manning, J.R. / Ma, X. / Ornelas, E. / Savage, N.A. / Partridge, J. ...著者: Kerrigan, J.R. / Thomsen, N.M. / Cernijenko, A. / Kochanek, S.E. / Dewhurst, J. / O'Brien, G. / Ware, N.F. / Sanchez, C.C. / Manning, J.R. / Ma, X. / Ornelas, E. / Savage, N.A. / Partridge, J.R. / Patterson, A.W. / Lam, P. / Dales, N.A. / Bonazzi, S. / Borikar, S. / Hinman, A.E. / Ting, P.Y.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein Wiz
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: Protein Wiz
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)280,48514
ポリマ－279,2376
非ポリマー1,2498
水75742
1
A: Protein cereblon
B: DNA damage-binding protein 1
C: Protein Wiz
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,2437
ポリマ－139,6183
非ポリマー6244
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area48430 Å2
手法PISA
2
D: Protein cereblon
E: DNA damage-binding protein 1
F: Protein Wiz
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,2437
ポリマ－139,6183
非ポリマー6244
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area48150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.711, 145.600, 192.099
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBE

#1: タンパク質 Protein cereblon


分子量: 42971.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRBN
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q96SW2
#2: タンパク質 DNA damage-binding protein 1 / DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / ...DDB p127 subunit / DNA damage-binding protein a / DDBa / Damage-specific DNA-binding protein 1 / HBV X-associated protein 1 / XAP-1 / UV-damaged DNA-binding factor / UV-damaged DNA-binding protein 1 / UV-DDB 1 / XPE-binding factor / XPE-BF / Xeroderma pigmentosum group E-complementing protein / XPCe


分子量: 93347.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDB1, XAP1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16531

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質・ペプチド Protein Wiz / Widely-interspaced zinc finger-containing protein / Zinc finger protein 803


分子量: 3299.722 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WIZ, ZNF803 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95785

-
非ポリマー , 4種, 50分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-A1A5H / (3S)-3-(5-{[(4R)-6-ethyl-6-azaspiro[2.5]octan-4-yl]oxy}-1-oxo-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)piperidine-2,6-dione


分子量: 397.467 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H27N3O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→29.96 Å / Num. obs: 64947 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 97.55 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rsym value: 0.227 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.95→3.02 Å / 冗長度: 14 % / Num. unique obs: 4489 / CC1/2: 0.303 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21_5207精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.95→29.96 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 3177 4.91 %
Rwork0.2051 --
obs0.2079 64731 99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→29.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17574 0 72 42 17688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00918029
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.07424570
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4416330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0522897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.95-2.990.40791060.38912626X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.040.34561460.34692622X-RAY DIFFRACTION98
3.04-3.090.34631330.32352613X-RAY DIFFRACTION99
3.09-3.140.37841210.32062662X-RAY DIFFRACTION99
3.14-3.20.35651430.31462613X-RAY DIFFRACTION99
3.2-3.260.38341260.30282663X-RAY DIFFRACTION99
3.26-3.330.34421210.29852655X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.40.37611390.28962649X-RAY DIFFRACTION99
3.4-3.480.35511540.2672625X-RAY DIFFRACTION99
3.48-3.570.31591390.2432640X-RAY DIFFRACTION99
3.57-3.660.29561600.2222655X-RAY DIFFRACTION99
3.66-3.770.30231210.21672652X-RAY DIFFRACTION99
3.77-3.890.29031190.21752708X-RAY DIFFRACTION99
3.89-4.030.25021390.19422646X-RAY DIFFRACTION99
4.03-4.190.26451430.18942664X-RAY DIFFRACTION99
4.19-4.380.25211620.16932678X-RAY DIFFRACTION99
4.38-4.610.20371460.16682677X-RAY DIFFRACTION99
4.61-4.90.21831380.1572700X-RAY DIFFRACTION100
4.9-5.280.23721380.17232707X-RAY DIFFRACTION99
5.28-5.80.26991500.18682720X-RAY DIFFRACTION100
5.8-6.640.25031350.19972740X-RAY DIFFRACTION100
6.64-8.330.25481530.19992770X-RAY DIFFRACTION100
8.33-29.960.19341450.17692869X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.7128 Å / Origin y: 10.8362 Å / Origin z: -20.4147 Å
111213212223313233
T0.6905 Å2-0.0644 Å2-0.0835 Å2-0.8674 Å2-0.0033 Å2--0.7978 Å2
L0.1479 °2-0.2787 °2-0.003 °2-0.7531 °20.0346 °2--0.2907 °2
S-0.0344 Å °0.0227 Å °0.0326 Å °-0.0547 Å °0.0538 Å °-0.0596 Å °0.0249 Å °-0.0085 Å °-0.0181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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