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Yorodumi- PDB-8tzx: Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8tzx | ||||||
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Title | Ternary complex structure of Cereblon-DDB1 bound to WIZ(ZF7) and the molecular glue dWIZ-1 | ||||||
Components |
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Keywords | LIGASE / Complex / glue | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / histone methyltransferase binding / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition ...positive regulation of nuclear cell cycle DNA replication / negative regulation of monoatomic ion transmembrane transport / histone methyltransferase binding / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / ubiquitin ligase complex scaffold activity / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / locomotory exploration behavior / cullin family protein binding / viral release from host cell / positive regulation of Wnt signaling pathway / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of gluconeogenesis / transcription corepressor binding / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / positive regulation of protein-containing complex assembly / regulation of circadian rhythm / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / cellular response to UV / rhythmic process / protein-macromolecule adaptor activity / Neddylation / site of double-strand break / midbody / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / transmembrane transporter binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / damaged DNA binding / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA repair / apoptotic process / DNA damage response / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Clifton, M.C. / Ma, X. / Ornelas, E. | ||||||
Funding support | 1items
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Citation | Journal: Science / Year: 2024 Title: A molecular glue degrader of the WIZ transcription factor for fetal hemoglobin induction. Authors: Ting, P.Y. / Borikar, S. / Kerrigan, J.R. / Thomsen, N.M. / Aghania, E. / Hinman, A.E. / Reyes, A. / Pizzato, N. / Fodor, B.D. / Wu, F. / Belew, M.S. / Mao, X. / Wang, J. / Chitnis, S. / ...Authors: Ting, P.Y. / Borikar, S. / Kerrigan, J.R. / Thomsen, N.M. / Aghania, E. / Hinman, A.E. / Reyes, A. / Pizzato, N. / Fodor, B.D. / Wu, F. / Belew, M.S. / Mao, X. / Wang, J. / Chitnis, S. / Niu, W. / Hachey, A. / Cobb, J.S. / Savage, N.A. / Burke, A. / Paulk, J. / Dovala, D. / Lin, J. / Clifton, M.C. / Ornelas, E. / Ma, X. / Ware, N.F. / Sanchez, C.C. / Taraszka, J. / Terranova, R. / Knehr, J. / Altorfer, M. / Barnes, S.W. / Beckwith, R.E.J. / Solomon, J.M. / Dales, N.A. / Patterson, A.W. / Wagner, J. / Bouwmeester, T. / Dranoff, G. / Stevenson, S.C. / Bradner, J.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8tzx.cif.gz | 895.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8tzx.ent.gz | 730.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8tzx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8tzx_validation.pdf.gz | 935.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8tzx_full_validation.pdf.gz | 956.7 KB | Display | |
Data in XML | 8tzx_validation.xml.gz | 77.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8tzx_validation.cif.gz | 104.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/8tzx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tz/8tzx | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ADBE
#1: Protein | Mass: 42971.574 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: CRBN / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q96SW2 #2: Protein | Mass: 93347.078 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: UNP residues 1-395,706-1140,UNP residues 1-395,706-1140 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: DDB1, XAP1 / Production host: Spodoptera frugiperda (fall armyworm) / References: UniProt: Q16531 |
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-Protein/peptide , 1 types, 2 molecules CF
#3: Protein/peptide | Mass: 3299.722 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: WIZ, ZNF803 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O95785 |
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-Non-polymers , 5 types, 23 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | Mass: 399.483 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Formula: C22H29N3O4 / Feature type: SUBJECT OF INVESTIGATION #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Chemical | ChemComp-EDO / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.56 Å3/Da / Density % sol: 52.02 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 Details: 0.2 M Sodium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.5, 20% w/v PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 17-ID / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: May 16, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→39.39 Å / Num. obs: 48824 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.05617 / Rpim(I) all: 0.074 / Rrim(I) all: 0.275 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 7.2 / Num. measured all: 677068 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.25 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.9 % / Rmerge(I) obs: 1.028 / Num. measured all: 62023 / Num. unique obs: 4468 / CC1/2: 0.38 / Rpim(I) all: 1.325 / Rrim(I) all: 4.948 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 0.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15→39.31 Å / SU ML: 0.56 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 28.85 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→39.31 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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