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- PDB-9die: Structure of phospholipase D BetaIB1i from Sicarius terrosus veno... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9die
タイトルStructure of phospholipase D BetaIB1i from Sicarius terrosus venom, H47N mutant bound to product and substrate sphingolipids at 1.85 A resolution
要素Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i
キーワードLYASE / toxin sphingolipid spider venom interfacial binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoric diester hydrolase activity / lipid catabolic process / toxin activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; - / killing of cells of another organism / lyase activity / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycerophosphoryl diester phosphodiesterase family / PLC-like phosphodiesterase, TIM beta/alpha-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i
類似検索 - 構成要素
生物種Sicarius terrosus (クモ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sundman, A.K. / Montfort, W.R. / Binford, G.J. / Cordes, M.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-1808716 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of phospholipase D BetaIB1i from Sicarius terrosus venom, H47N mutant bound to product and substrate sphingolipids at 1.85 A resolution
著者: Sundman, A.K. / Montfort, W.R. / Binford, G.J. / Cordes, M.H.
履歴
登録2024年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i
B: Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,32416
ポリマ－68,5252
非ポリマー3,80014
水15,925884
1
A: Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2809
ポリマ－34,2621
非ポリマー2,0188
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0447
ポリマ－34,2621
非ポリマー1,7826
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.999, 105.327, 108.406
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.83, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-662-

HOH

21B-519-

HOH

31B-680-

HOH

41B-833-

HOH

51B-841-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Dermonecrotic toxin StSicTox-betaIB1i / Phospholipase D / PLD / Sphingomyelin phosphodiesterase D / SMD / SMase D / Sphingomyelinase D


分子量: 34262.332 Da / 分子数: 2 / 変異: H47N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sicarius terrosus (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0D4WV12, 付加脱離酵素（リアーゼ）; P-Oリアーゼ類; -

-
非ポリマー , 6種, 898分子

#2: 化合物
ChemComp-A1A43 / 2-aminoethyl (2S,3R,4E)-2-dodecanamido-3-hydroxyheptadec-4-en-1-yl hydrogen (S)-phosphate


分子量: 590.815 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H63N2O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1A44 / N-{(2S,4R,5S)-2-hydroxy-2-oxo-4-[(1E,7Z)-tetradeca-1,7-dien-1-yl]-1,3,2lambda~5~-dioxaphosphinan-5-yl}dodecanamide


分子量: 529.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H56NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 884 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 mg/mL protein, 0.4 mM ceramidephosphoethanolamine, 5 mg/mL CHAPS, 8.25% methyl-2,4-pentanediol, 75 mM sodium chloride, 27.5 mM sodium acetate (pH 4.6), ~30 mM Tris, 1 mM magnesium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: LIQUID ANODE / タイプ: BRUKER METALJET / 波長: 1.34138 Å
検出器タイプ: Bruker PHOTON III / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年5月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34138 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→24.43 Å / Num. obs: 76317 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.167 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / Rmerge(I) obs: 1.836 / Num. unique obs: 4518

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
Aimless0.7.9データスケーリング
PROTEUM22021.10-0データ削減
MOLREP11.9.12位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→24.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.946 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1674 3751 4.9 %RANDOM
Rwork0.11878 ---
obs0.12119 72553 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.937 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.08 Å2-0 Å2-0.19 Å2
2---0.14 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→24.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4476 0 254 884 5614
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0125103
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164893
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7661.8656912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6011.79211365
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7045634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.543556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.01810875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026081
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5211.4712341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5171.4712341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3042.6392956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.3052.642957
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8042.1222762
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.8032.1242763
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.4233.6333927
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined19.16618.136390
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.14317.676232
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.37639996
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 269 -
Rwork0.321 5355 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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