PDB-9dhn: Crystal structure of PIsnA complexed with an imine intermediate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dhn

タイトル

Crystal structure of PIsnA complexed with an imine intermediate

要素

L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

キーワード

TRANSFERASE / Isonitrile group / aromatic amino acid / ribose-5-phosphate

機能・相同性

: / Isocyanide synthase/Spore wall maturation protein DIT1 / L-tyrosine isonitrile synthase / Pyoverdine/dityrosine biosynthesis protein / : / Chem-PG6 / PHOSPHATE ION / L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus luminescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.94 Å

データ登録者

Kim, W. / Zhang, Y.J. / Guo, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Studies of Isonitrile Synthases Help Elucidate the Mechanism of Isonitrile Installation
著者: Chen, T.Y. / Kim, W. / Guo, M. / Yao, A. / Zhang, Y.J. / Chang, W.C.

履歴

登録	2024年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dhn.cif.gz	140.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dhn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dhn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dhn_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dhn_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	9dhn_validation.xml.gz	28.8 KB	表示
CIF形式データ	9dhn_validation.cif.gz	37.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/9dhn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/9dhn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dh4C 9dhmC 9dh1 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

B: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

73.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.734, 133.734, 109.075
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein / PIsnA 分子量: 36123.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: GPY51_01455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JF41

-
非ポリマー , 6種, 8分子

#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A1A46 / (2S)-2-{[(2S,3S)-1,3-dihydroxy-4-oxopentan-2-yl]amino}-3-(4-hydroxyphenyl)propanoic acid 分子量: 297.304 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₉NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム分子量: 266.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.65 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50mM Sodium phosphate, 0.1M TRIS pH 8.5, 40% PEG 200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.94→59.81 Å / Num. obs: 21617 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.146 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.151 / Χ²: 0.657 / Net I/σ(I): 3.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.2-3.26	15.1	1.441	836	0.769	0.932	0.383	1.491	0.425	100
3.26-3.31	14.9	1.229	814	0.827	0.951	0.328	1.273	0.429	100
3.31-3.38	14.9	0.997	815	0.884	0.969	0.267	1.032	0.437	100
3.38-3.45	14.8	0.797	833	0.903	0.974	0.213	0.825	0.439	100
3.45-3.52	14.8	0.658	850	0.939	0.984	0.176	0.681	0.454	100
3.52-3.6	14.7	0.505	810	0.955	0.988	0.136	0.523	0.476	100
3.6-3.69	14.1	0.433	826	0.968	0.992	0.119	0.449	0.499	100
3.69-3.79	13.6	0.341	827	0.98	0.995	0.096	0.355	0.517	100
3.79-3.91	14.8	0.288	844	0.984	0.996	0.077	0.299	0.574	100
3.91-4.03	14.2	0.22	841	0.992	0.998	0.06	0.228	0.622	100
4.03-4.18	14.1	0.175	820	0.993	0.998	0.048	0.182	0.724	100
4.18-4.34	15.1	0.151	850	0.995	0.999	0.04	0.156	0.803	100
4.34-4.54	15	0.137	843	0.995	0.999	0.036	0.141	0.877	100
4.54-4.78	14.8	0.129	838	0.995	0.999	0.035	0.134	0.899	100
4.78-5.08	14.5	0.124	850	0.995	0.999	0.034	0.128	0.947	100
5.08-5.47	13.3	0.114	851	0.996	0.999	0.032	0.118	0.831	99.9
5.47-6.02	14	0.103	861	0.995	0.999	0.028	0.107	0.825	100
6.02-6.89	14	0.085	867	0.996	0.999	0.023	0.088	0.83	100
6.89-8.67	14.1	0.063	884	0.999	1	0.017	0.066	0.81	100
8.67-50	12.5	0.05	961	0.999	1	0.014	0.052	0.72	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.94→59.81 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2589	2000	9.25 %
R_work	0.2376	-	-
obs	0.2396	21617	99.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.94→59.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5052	0	77	0	5129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5237
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.494	7064
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.171	1997
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	768
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.013	906

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.94-3.01	0.4793	139	0.4914	1363	X-RAY DIFFRACTION	99
3.01-3.09	0.4436	138	0.3917	1359	X-RAY DIFFRACTION	100
3.09-3.18	0.3338	142	0.3259	1392	X-RAY DIFFRACTION	100
3.18-3.29	0.3072	140	0.2746	1370	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.4	0.319	141	0.2531	1385	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4-3.54	0.3084	140	0.2821	1366	X-RAY DIFFRACTION	100
3.54-3.7	0.3503	143	0.3	1400	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7-3.9	0.3081	141	0.2563	1396	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9-4.14	0.2594	140	0.2354	1375	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.46	0.2808	144	0.2107	1402	X-RAY DIFFRACTION	100
4.46-4.91	0.2195	144	0.2154	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.62	0.2526	145	0.236	1421	X-RAY DIFFRACTION	100
5.62-7.08	0.2316	147	0.2323	1438	X-RAY DIFFRACTION	100
7.09-59.81	0.18	156	0.1881	1534	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 8分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 6種, 8分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 6種, 8分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)