PDB-9dhm: Crystal structure of PIsnA complexed with an isonitrile product

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dhm

タイトル

Crystal structure of PIsnA complexed with an isonitrile product

要素

L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

キーワード

TRANSFERASE / Isonitrile group / aromatic amino acid / ribose-5-phosphate

機能・相同性

: / Isocyanide synthase/Spore wall maturation protein DIT1 / L-tyrosine isonitrile synthase / Pyoverdine/dityrosine biosynthesis protein / (2S)-3-(4-hydroxyphenyl)-2-isocyanopropanoic acid / PHOSPHATE ION / L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus luminescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.21 Å

データ登録者

Kim, W. / Zhang, Y.J. / Guo, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Studies of Isonitrile Synthases Help Elucidate the Mechanism of Isonitrile Installation.
著者: Chen, T.Y. / Kim, W. / Guo, M. / Yao, A. / Zhang, Y.J. / Chang, W.C.

履歴

登録	2024年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年9月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dhm.cif.gz	135.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dhm.ent.gz	104.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dhm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dhm_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dhm_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	9dhm_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	9dhm_validation.cif.gz	35.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/9dhm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/9dhm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dh4C 9dhnC 9dh1 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

B: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

72.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.334, 133.334, 109.631
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein / PIsnA 分子量: 36091.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: GPY51_01455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JF41
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION 分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-I3J / (2S)-3-(4-hydroxyphenyl)-2-isocyanopropanoic acid / tyrosine isonitrile 分子量: 191.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₉NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.38 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 50mM Sodium Phosphate, 0.1M TRIS pH 8.5, 40% PEG 200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.2→59.79 Å / Num. obs: 16782 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / CC_1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.16 / R_pim(I) all: 0.044 / R_rim(I) all: 0.167 / Χ²: 0.849 / Net I/σ(I): 3.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.48-3.54	14.9	1.373	661	0.765	0.931	0.366	1.422	0.45	100
3.54-3.6	14.7	1.095	640	0.823	0.95	0.294	1.134	0.449	100
3.6-3.67	14.4	0.928	647	0.862	0.962	0.252	0.963	0.464	100
3.67-3.75	13.7	0.72	655	0.901	0.974	0.201	0.748	0.503	100
3.75-3.83	13.7	0.564	678	0.922	0.98	0.157	0.586	0.515	100
3.83-3.92	15	0.5	655	0.956	0.989	0.133	0.517	0.542	100
3.92-4.02	14.4	0.405	658	0.966	0.991	0.11	0.42	0.599	100
4.02-4.13	13.7	0.307	657	0.977	0.994	0.085	0.318	0.654	100
4.13-4.25	14.8	0.252	662	0.983	0.996	0.067	0.261	0.747	100
4.25-4.38	15.2	0.224	661	0.987	0.997	0.059	0.232	0.802	99.8
4.38-4.54	15	0.196	667	0.991	0.998	0.052	0.203	0.922	100
4.54-4.72	14.9	0.181	662	0.99	0.998	0.048	0.187	0.956	100
4.72-4.94	14.6	0.159	665	0.994	0.999	0.043	0.165	0.994	100
4.94-5.2	14.2	0.153	674	0.992	0.998	0.042	0.159	0.945	100
5.2-5.52	13.2	0.152	673	0.992	0.998	0.043	0.158	0.928	100
5.52-5.95	14	0.133	681	0.991	0.998	0.036	0.138	0.953	100
5.95-6.55	13.5	0.112	683	0.994	0.999	0.031	0.116	1.037	100
6.55-7.49	14.5	0.101	698	0.996	0.999	0.027	0.104	1.145	100
7.49-9.43	13.6	0.087	704	0.997	0.999	0.024	0.091	1.491	100
9.43-50	12.5	0.084	775	0.996	0.999	0.024	0.088	1.827	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.21→59.63 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.06 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3113	1672	10 %
R_work	0.2564	-	-
obs	0.262	16716	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.21→59.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4966	0	24	0	4990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.445	6896
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.248	1926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.015	890

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.21-3.3	0.3671	133	0.3163	1188	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3-3.41	0.3038	137	0.2984	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
3.41-3.53	0.3122	137	0.3111	1237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.67	0.4039	137	0.3314	1223	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.84	0.4045	136	0.33	1236	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.04	0.3335	138	0.2961	1238	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.29	0.3277	139	0.2623	1244	X-RAY DIFFRACTION	100
4.29-4.62	0.3377	138	0.2632	1248	X-RAY DIFFRACTION	100
4.62-5.09	0.2998	140	0.2518	1258	X-RAY DIFFRACTION	100
5.09-5.82	0.3319	141	0.2792	1267	X-RAY DIFFRACTION	100
5.82-7.33	0.2871	142	0.244	1288	X-RAY DIFFRACTION	100
7.34-59.63	0.2577	154	0.1963	1377	X-RAY DIFFRACTION	100

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)