PDB-9dh4: Crystal structure of PIsnA complexed with L-Tyrosine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dh4

タイトル

Crystal structure of PIsnA complexed with L-Tyrosine

要素

L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

キーワード

TRANSFERASE / Isonitrile group / aromatic amino acid / ribose-5-phosphate

機能・相同性

: / Isocyanide synthase/Spore wall maturation protein DIT1 / L-tyrosine isonitrile synthase / Pyoverdine/dityrosine biosynthesis protein / PHOSPHATE ION / TYROSINE / L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

機能・相同性情報

生物種

Photorhabdus luminescens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Kim, W. / Zhang, Y.J. / Guo, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2025
タイトル: Studies of Isonitrile Synthases Help Elucidate the Mechanism of Isonitrile Installation
著者: Chen, T.Y. / Kim, W. / Guo, M. / Yao, A. / Zhang, Y.J. / Chang, W.C.

履歴

登録	2024年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年7月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dh4.cif.gz	136.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dh4.ent.gz	106.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dh4_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dh4_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	9dh4_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	9dh4_validation.cif.gz	36.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/9dh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dh/9dh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dhmC 9dhnC 9dh1 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

B: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	133.452, 133.452, 110.283
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	L-tyrosine/L-tryptophan isonitrile synthase family protein / PIsnA 分子量: 36123.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Photorhabdus luminescens (バクテリア) 遺伝子: GPY51_01455 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6L9JF41
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.53 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50mM Sodium Phosphate, 0.1M TRIS pH 8.5, 40% PEG200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.3→59.79 Å / Num. obs: 15407 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / CC_1/2: 1 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.166 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.172 / Χ²: 0.772 / Net I/σ(I): 3.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²
3.5-3.56	14.8	1.448	629	0.751	0.926	0.387	1.5	0.455
3.56-3.63	14.5	1.039	652	0.835	0.954	0.281	1.077	0.449
3.63-3.69	14.1	0.865	648	0.84	0.956	0.238	0.897	0.462
3.69-3.77	13.5	0.741	632	0.882	0.968	0.209	0.771	0.473
3.77-3.85	14.2	0.606	651	0.928	0.981	0.166	0.628	0.528
3.85-3.94	14.7	0.496	644	0.936	0.983	0.133	0.514	0.57
3.94-4.04	14.4	0.4	651	0.969	0.992	0.109	0.415	0.591
4.04-4.15	13.6	0.319	637	0.972	0.993	0.089	0.332	0.688
4.15-4.27	15.1	0.272	634	0.979	0.995	0.072	0.282	0.789
4.27-4.41	15.2	0.237	659	0.987	0.997	0.062	0.245	0.853
4.41-4.57	14.9	0.214	655	0.988	0.997	0.057	0.221	0.93
4.57-4.75	14.8	0.187	648	0.993	0.998	0.05	0.194	0.942
4.75-4.97	14.6	0.173	666	0.989	0.997	0.046	0.179	0.954
4.97-5.23	14.1	0.17	644	0.991	0.998	0.047	0.176	0.931
5.23-5.55	13.1	0.171	662	0.992	0.998	0.048	0.178	0.925
5.55-5.98	14.1	0.142	660	0.993	0.998	0.039	0.148	0.882
5.98-6.58	13.7	0.118	667	0.994	0.999	0.033	0.122	0.929
6.58-7.53	14.5	0.099	684	0.997	0.999	0.026	0.102	0.973
7.53-9.48	13.5	0.075	693	0.998	0.999	0.021	0.078	1.158
9.48-50	12.4	0.055	756	0.998	0.999	0.016	0.057	0.899

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.3→59.68 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2873	1538	10 %
R_work	0.2515	-	-
obs	0.2552	15378	99.48 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→59.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5042	0	36	0	5078

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	5191
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.58	7024
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.01	1954
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	770
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.019	907

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.41	0.3745	131	0.3333	1178	X-RAY DIFFRACTION	95
3.41-3.53	0.3364	138	0.3415	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.67	0.372	137	0.3078	1227	X-RAY DIFFRACTION	100
3.67-3.84	0.352	138	0.2959	1245	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-4.04	0.2945	138	0.283	1241	X-RAY DIFFRACTION	100
4.04-4.3	0.2848	139	0.2499	1252	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-4.63	0.2934	138	0.2547	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.09	0.2554	141	0.2423	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1-5.83	0.3266	141	0.2747	1265	X-RAY DIFFRACTION	100
5.83-7.34	0.2746	144	0.2524	1298	X-RAY DIFFRACTION	100
7.35-59.68	0.2435	153	0.2002	1378	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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