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万見
- PDB-9dgo: Designed miniproteins potently inhibit and protect against MERS-C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dgo
タイトルDesigned miniproteins potently inhibit and protect against MERS-CoV. Crystal structure of MERS-CoV S RBD in complex with miniprotein cb3
要素
  • Designed miniprotein cb_3
  • Spike glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / MERS-CoV / miniproteins / neutralization / fusion / cryo-EM / biolayer interferometry / MERS-CoV strains / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Tortorici, M.A. / Veesler, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158186 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2025
タイトル: Designed miniproteins potently inhibit and protect against MERS-CoV.
著者: Ragotte, R.J. / Tortorici, M.A. / Catanzaro, N.J. / Addetia, A. / Coventry, B. / Froggatt, H.M. / Lee, J. / Stewart, C. / Brown, J.T. / Goreshnik, I. / Sims, J.N. / Milles, L.F. / Wicky, B.I. ...著者: Ragotte, R.J. / Tortorici, M.A. / Catanzaro, N.J. / Addetia, A. / Coventry, B. / Froggatt, H.M. / Lee, J. / Stewart, C. / Brown, J.T. / Goreshnik, I. / Sims, J.N. / Milles, L.F. / Wicky, B.I.M. / Glogl, M. / Gerben, S. / Kang, A. / Bera, A.K. / Sharkey, W. / Schafer, A. / Harkema, J.R. / Baric, R.S. / Baker, D. / Veesler, D.
履歴
登録2024年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spike glycoprotein
B: Spike glycoprotein
C: Designed miniprotein cb_3
D: Designed miniprotein cb_3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6218
ポリマ－70,1674
非ポリマー1,4534
水5,513306
1
A: Spike glycoprotein
D: Designed miniprotein cb_3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7294
ポリマ－35,0842
非ポリマー6462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
2
B: Spike glycoprotein
C: Designed miniprotein cb_3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8914
ポリマ－35,0842
非ポリマー8082
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.619, 76.291, 136.235
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Spike glycoprotein / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 28045.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Middle East respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0U2GPS7
#2: タンパク質 Designed miniprotein cb_3


分子量: 7037.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 3種, 4分子

#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 306分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 306 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.54 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.16 M MgCl2, 0.08 M Tris-HCl pH 8.5, 24%(w/v) PEG4000, 20% (v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→31.55 Å / Num. obs: 55567 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.023 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / Num. unique obs: 55567 / CC1/2: 0.023

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.2_5419: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX(1.21_5207-000)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→31.55 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 2758 4.96 %
Rwork0.1899 --
obs0.1913 55566 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→31.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 95 306 4450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.843
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8571621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054691
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007753
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.880.3711320.29252617X-RAY DIFFRACTION100
1.88-1.920.28021540.26232572X-RAY DIFFRACTION100
1.92-1.950.29831530.23312611X-RAY DIFFRACTION100
1.95-1.990.25251290.21662576X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.040.25971260.20552620X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.080.24411400.19622593X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.140.22481130.18972663X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.190.25391510.18942578X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.260.25821360.19712620X-RAY DIFFRACTION100
2.26-2.330.22151440.19272616X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.410.22881400.19522602X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.510.21741180.20042644X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.620.22771560.19932632X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.760.21151230.19732638X-RAY DIFFRACTION100
2.76-2.940.27051690.20222635X-RAY DIFFRACTION100
2.94-3.160.23491300.18922660X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.480.18961250.18282677X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.980.19891420.1642677X-RAY DIFFRACTION100
3.98-5.010.18881450.15942714X-RAY DIFFRACTION100
5.02-5.60.20411320.22863X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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