PDB-9dfm: Crystal structure of PrnB in complex with tryptamine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dfm

タイトル

Crystal structure of PrnB in complex with tryptamine

要素

PrnB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pyrrolnitrin biosynthesis / Histidine-ligated heme enzyme / binary complex / tryptamine bound

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANAMINE

機能・相同性情報

生物種

Flavobacteriales bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Li, B. / Wang, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Elucidating ligand interactions and small-molecule activation in the pyrrolnitrin biosynthetic enzyme PrnB.
著者: Li, B. / Usai, R. / Campbell, J. / Wang, Y.

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dfm.cif.gz	164.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dfm.ent.gz	127.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dfm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/9dfm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/9dfm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dfgC 9dfiC 9dflC 9ea1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PrnB

B: PrnB

ヘテロ分子

85.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PrnB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PrnB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	140.744, 122.358, 66.474
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.62, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-699- HOH

#1: タンパク質	PrnB 分子量: 41592.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacteriales bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-TSS / 2-(1H-INDOL-3-YL)ETHANAMINE / TRYPTAMINE / トリプタミン分子量: 160.216 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 427 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.13 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 3.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 52558 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.2 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.169 / Χ²: 0.661 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 325205

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	4.4	0.835	2402	0.649	0.887	0.4	0.931	0.63	89.8
2.29-2.33	4.8	0.788	2461	0.693	0.905	0.372	0.875	0.62	94.3
2.33-2.38	5.3	0.737	2586	0.754	0.927	0.335	0.812	0.646	97
2.38-2.42	5.7	0.635	2590	0.824	0.95	0.278	0.695	0.644	98.4
2.42-2.48	6.1	0.602	2634	0.838	0.955	0.259	0.657	0.662	99.5
2.48-2.53	6.3	0.538	2649	0.873	0.966	0.228	0.585	0.664	100
2.53-2.6	6.6	0.477	2641	0.91	0.976	0.199	0.518	0.672	100
2.6-2.67	6.6	0.422	2671	0.935	0.983	0.176	0.458	0.658	100
2.67-2.75	6.7	0.365	2636	0.943	0.985	0.151	0.395	0.676	100
2.75-2.83	6.5	0.321	2636	0.954	0.988	0.136	0.349	0.718	100
2.83-2.94	6.2	0.267	2658	0.958	0.989	0.117	0.292	0.726	100
2.94-3.05	5.8	0.203	2633	0.973	0.993	0.093	0.224	0.659	100
3.05-3.19	6.1	0.185	2662	0.98	0.995	0.082	0.203	0.721	99.9
3.19-3.36	6.9	0.143	2674	0.992	0.998	0.059	0.155	0.726	100
3.36-3.57	7	0.114	2661	0.993	0.998	0.046	0.123	0.688	100
3.57-3.85	6.9	0.092	2642	0.995	0.999	0.038	0.1	0.658	100
3.85-4.23	6.7	0.076	2670	0.995	0.999	0.032	0.083	0.596	100
4.23-4.85	6.5	0.066	2658	0.997	0.999	0.028	0.072	0.556	100
4.85-6.1	5.6	0.069	2676	0.996	0.999	0.032	0.077	0.549	100
6.1-50	6.8	0.08	2718	0.99	0.997	0.033	0.086	0.696	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.25→46.11 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2601	2006	3.82 %
R_work	0.2063	-	-
obs	0.2083	52512	98.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→46.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5494	0	158	427	6079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5804
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.953	7893
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.744	788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	869
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1005

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.25-2.31	0.3165	131	0.2831	3243	X-RAY DIFFRACTION	89
2.31-2.37	0.3326	140	0.2626	3514	X-RAY DIFFRACTION	96
2.37-2.44	0.2894	151	0.2371	3550	X-RAY DIFFRACTION	98
2.44-2.52	0.2812	135	0.2312	3654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.52-2.61	0.2654	143	0.2228	3632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.71	0.2769	147	0.2208	3634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.83	0.2882	146	0.2216	3635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.83-2.98	0.2662	146	0.2123	3647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.17	0.2667	138	0.2142	3675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.17-3.42	0.2738	154	0.2134	3605	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.76	0.2329	136	0.1895	3672	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.3	0.2555	148	0.1695	3663	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3-5.42	0.2255	143	0.1751	3681	X-RAY DIFFRACTION	100
5.42-46.11	0.2392	148	0.2168	3701	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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