PDB-9dfl: Crystal structure of PrnB in complex with 3-indolepropionic acid

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dfl

タイトル

Crystal structure of PrnB in complex with 3-indolepropionic acid

要素

PrnB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pyrrolnitrin biosynthesis / Histidine-ligated heme enzyme / binary complex / 3-indolepropionic acid bound

機能・相同性

PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / INDOLYLPROPIONIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Flavobacteriales bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Li, B. / Wang, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Elucidating ligand interactions and small-molecule activation in the pyrrolnitrin biosynthetic enzyme PrnB.
著者: Li, B. / Usai, R. / Campbell, J. / Wang, Y.

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dfl.cif.gz	160.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dfl.ent.gz	123.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dfl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dfl_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dfl_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	9dfl_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	9dfl_validation.cif.gz	46.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/9dfl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/9dfl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dfgC 9dfiC 9dfmC 9ea1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PrnB

B: PrnB

ヘテロ分子

85.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PrnB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PrnB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.246, 122.605, 66.821
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.51, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	PrnB 分子量: 41592.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacteriales bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 298分子

#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-IOP / INDOLYLPROPIONIC ACID 分子量: 189.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER 分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.77 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 3.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 38534 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.971 / CC star: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.239 / R_pim(I) all: 0.101 / R_rim(I) all: 0.26 / Χ²: 0.648 / Net I/σ(I): 2.7 / Num. measured all: 249662

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	5.2	0.976	1902	0.598	0.865	0.465	1.086	0.424	98.2
2.54-2.59	5.6	0.932	1934	0.745	0.924	0.422	1.026	0.434	98.5
2.59-2.64	6.2	0.914	1873	0.777	0.935	0.392	0.996	0.447	98.6
2.64-2.69	6.8	0.879	1925	0.821	0.949	0.36	0.951	0.451	99.2
2.69-2.75	6.9	0.783	1927	0.832	0.953	0.317	0.845	0.47	99.1
2.75-2.82	7	0.695	1930	0.893	0.971	0.281	0.75	0.474	99
2.82-2.89	7	0.588	1921	0.923	0.98	0.237	0.635	0.493	99
2.89-2.96	7	0.501	1896	0.935	0.983	0.202	0.541	0.504	99
2.96-3.05	7	0.466	1922	0.927	0.981	0.189	0.503	0.563	99
3.05-3.15	7	0.383	1935	0.959	0.989	0.155	0.414	0.562	99.3
3.15-3.26	6.9	0.332	1935	0.962	0.99	0.135	0.359	0.599	99.5
3.26-3.39	6.8	0.252	1901	0.973	0.993	0.103	0.273	0.666	99.1
3.39-3.55	6.7	0.213	1954	0.968	0.992	0.088	0.231	0.752	99.6
3.55-3.73	6.6	0.178	1950	0.983	0.996	0.075	0.193	0.799	99.2
3.73-3.97	6.2	0.15	1901	0.987	0.997	0.065	0.164	0.879	99.1
3.97-4.27	5.7	0.121	1938	0.986	0.996	0.055	0.133	0.982	99.4
4.27-4.7	5.1	0.101	1937	0.988	0.997	0.05	0.114	0.905	99
4.7-5.38	6	0.099	1900	0.99	0.997	0.044	0.109	0.795	98
5.38-6.78	7.2	0.108	1962	0.993	0.998	0.043	0.116	0.781	99.8
6.78-50	6.6	0.072	1991	0.996	0.999	0.03	0.078	1.044	99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.51→46.75 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2578	1996	5.19 %
R_work	0.2008	-	-
obs	0.2037	38443	98.27 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→46.75 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5503	0	140	290	5933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5799
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	7897
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.011	787
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	872
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	1012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.51-2.57	0.3417	136	0.2663	2417	X-RAY DIFFRACTION	91
2.57-2.64	0.3131	136	0.2484	2584	X-RAY DIFFRACTION	99
2.64-2.72	0.2693	139	0.2335	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
2.72-2.81	0.2979	158	0.2273	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
2.81-2.91	0.3165	134	0.2274	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.91-3.02	0.3305	143	0.2145	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
3.02-3.16	0.2654	133	0.2084	2600	X-RAY DIFFRACTION	99
3.16-3.33	0.2497	151	0.2151	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.33-3.54	0.3169	144	0.1999	2604	X-RAY DIFFRACTION	99
3.54-3.81	0.263	146	0.1864	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
3.81-4.19	0.2241	140	0.1649	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
4.19-4.8	0.1872	144	0.1502	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8-6.04	0.2375	150	0.197	2613	X-RAY DIFFRACTION	98
6.04-46.75	0.2219	142	0.2211	2639	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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