PDB-9dfg: Crystal structure of PrnB in complex with 7-Cl-Trp

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dfg

タイトル

Crystal structure of PrnB in complex with 7-Cl-Trp

要素

PrnB

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Pyrrolnitrin biosynthesis / Histidine-ligated heme enzyme / binary complex / 7-chloro-tryptophan bound

機能・相同性

7-CHLOROTRYPTOPHAN / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

機能・相同性情報

生物種

Flavobacteriales bacterium (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.42 Å

データ登録者

Li, B. / Wang, Y.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Elucidating ligand interactions and small-molecule activation in the pyrrolnitrin biosynthetic enzyme PrnB.
著者: Li, B. / Usai, R. / Campbell, J. / Wang, Y.

履歴

登録	2024年8月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dfg.cif.gz	160.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dfg.ent.gz	124.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dfg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9dfg_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9dfg_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	9dfg_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	9dfg_validation.cif.gz	45.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/9dfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/df/9dfg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dfiC 9dflC 9dfmC 9ea1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PrnB

B: PrnB

ヘテロ分子

85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PrnB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PrnB

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	142.011, 122.520, 66.739
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.64, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	PrnB 分子量: 41592.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Flavobacteriales bacterium (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CTE / 7-CHLOROTRYPTOPHAN タイプ: L-peptide linking / 分子量: 238.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₁ClN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.64 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 3.0 M sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS-II

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97857 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.42→50 Å / Num. obs: 42768 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.993 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.157 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.171 / Χ²: 0.577 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 280666

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.42-2.46	5.5	0.968	2140	0.629	0.879	0.462	1.076	0.434	99.9
2.46-2.51	5.8	0.88	2123	0.657	0.891	0.402	0.97	0.448	100
2.51-2.55	5.9	0.761	2126	0.725	0.917	0.341	0.836	0.454	99.9
2.55-2.61	6.3	0.707	2115	0.81	0.946	0.308	0.773	0.469	99.9
2.61-2.66	6.8	0.692	2175	0.841	0.956	0.283	0.748	0.505	100
2.66-2.73	7.1	0.59	2106	0.888	0.97	0.237	0.637	0.477	100
2.73-2.79	7.1	0.495	2130	0.919	0.979	0.198	0.533	0.499	100
2.79-2.87	7.1	0.434	2123	0.935	0.983	0.174	0.468	0.512	100
2.87-2.95	7	0.338	2116	0.962	0.99	0.136	0.365	0.516	100
2.95-3.05	7	0.295	2153	0.961	0.99	0.12	0.319	0.537	100
3.05-3.16	6.9	0.248	2140	0.976	0.994	0.101	0.268	0.581	100
3.16-3.28	6.9	0.204	2128	0.979	0.995	0.084	0.221	0.581	100
3.28-3.43	6.9	0.162	2132	0.985	0.996	0.066	0.175	0.665	100
3.43-3.61	6.8	0.125	2132	0.989	0.997	0.051	0.135	0.647	100
3.61-3.84	6.6	0.103	2153	0.993	0.998	0.043	0.111	0.667	100
3.84-4.14	6.2	0.088	2134	0.994	0.999	0.038	0.096	0.709	100
4.14-4.55	5.4	0.073	2130	0.991	0.998	0.035	0.081	0.701	100
4.55-5.21	5.7	0.068	2163	0.994	0.998	0.032	0.076	0.635	99.7
5.21-6.56	7.3	0.075	2155	0.996	0.999	0.03	0.081	0.636	99.9
6.56-50	7	0.085	2194	0.989	0.997	0.035	0.092	0.838	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
DENZO		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.42→46.63 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	1998	4.67 %
R_work	0.1809	-	-
obs	0.1833	42745	99.05 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.42→46.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5550	0	148	264	5962

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5845
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.983	7957
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.473	788
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	877
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	1018

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.42-2.49	0.3189	117	0.2598	2606	X-RAY DIFFRACTION	88
2.49-2.55	0.3198	144	0.2581	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.63	0.305	154	0.2398	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.71	0.3049	144	0.2244	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.81	0.2545	151	0.2117	2896	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.92	0.2432	125	0.2064	2972	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.06	0.2469	158	0.2042	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.22	0.2851	130	0.206	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.42	0.2929	151	0.1989	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.68	0.2265	140	0.1776	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.05	0.2223	144	0.1565	2927	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.64	0.1788	153	0.1315	2934	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.84	0.1901	139	0.156	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
5.84-46.63	0.1887	148	0.1614	2986	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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