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- PDB-9dff: G1 domain of human aggrecan bound to hyaluronan -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dff
タイトルG1 domain of human aggrecan bound to hyaluronan
要素Aggrecan core protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Extracellular matrix / hyaluronan / chondroitin sulfate proteoglycan
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective CHST6 causes MCDC1 / Defective ST3GAL3 causes MCT12 and EIEE15 / perineuronal net / Keratan sulfate degradation / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / Keratan sulfate biosynthesis / hyaluronic acid binding / extracellular matrix structural constituent / ECM proteoglycans / Degradation of the extracellular matrix ...Defective CHST6 causes MCDC1 / Defective ST3GAL3 causes MCT12 and EIEE15 / perineuronal net / Keratan sulfate degradation / Defective B4GALT1 causes B4GALT1-CDG (CDG-2d) / Keratan sulfate biosynthesis / hyaluronic acid binding / extracellular matrix structural constituent / ECM proteoglycans / Degradation of the extracellular matrix / lysosomal lumen / central nervous system development / skeletal system development / Golgi lumen / carbohydrate binding / : / cell adhesion / synapse / proteolysis / extracellular space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Aggrecan/versican, C-type lectin-like domain / : / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) ...Aggrecan/versican, C-type lectin-like domain / : / Link domain signature. / Link domain / Extracellular link domain / Link domain profile. / Link (Hyaluronan-binding) / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Aggrecan core protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.59 Å
データ登録者Bouyain, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM143757 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2025
タイトル: Aggrecan immobilizes to perineuronal nets through hyaluronan-dependent and hyaluronan-independent binding activities.
著者: Otsuka, M.Y. / Essel, L.B. / Sinha, A. / Nickerson, G. / Mejia, S.M. / Edge, A. / Matthews, R.T. / Bouyain, S.
履歴
登録2024年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月7日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22025年6月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aggrecan core protein
B: Aggrecan core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,44110
ポリマ－74,3212
非ポリマー5,1208
水3,117173
1
A: Aggrecan core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7215
ポリマ－37,1611
非ポリマー2,5604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aggrecan core protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,7215
ポリマ－37,1611
非ポリマー2,5604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.067, 64.943, 112.206
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.327, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Aggrecan core protein / Cartilage-specific proteoglycan core protein / CSPCP / Chondroitin sulfate proteoglycan core ...Cartilage-specific proteoglycan core protein / CSPCP / Chondroitin sulfate proteoglycan core protein 1 / Chondroitin sulfate proteoglycan 1


分子量: 37160.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACAN, AGC1, CSPG1, MSK16 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P16112
#2: 多糖 4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4) ...4-deoxy-alpha-L-threo-hex-4-enopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranuronic acid-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1896.583 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122A-1b_1-5][a21eEA-1a_1-5]/1-2-1-2-1-2-1-2-1-3/a3-b1_b4-c1_c3-d1_d4-e1_e3-f1_f4-g1_g3-h1_h4-i1_i3-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-GlcpA]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-4-deoxy-IdopA]{}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG 10,000, 50 mM Bis-Tris propane 9.0, 200 mM NH4OAc

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 29486 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 38.31 Å2 / CC1/2: 0.968 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.104 / Rrim(I) all: 0.194 / Net I/σ(I): 6.08
反射 シェル解像度: 2.58→2.67 Å / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 1.46 / Num. unique obs: 2940 / CC1/2: 0.731 / Rpim(I) all: 0.361 / Rrim(I) all: 0.655

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.2_5419精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.59→41.03 Å / SU ML: 0.3768 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.23 / 位相誤差: 26.8926
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1884 6.78 %
Rwork0.1937 25921 -
obs0.1968 27805 89.09 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.59→41.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4780 0 344 173 5297
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00485269
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7267178
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0503856
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0077906
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.63772332
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.59-2.660.3245960.26071316X-RAY DIFFRACTION60.29
2.66-2.740.31291400.26411888X-RAY DIFFRACTION84.78
2.74-2.830.36181370.26051955X-RAY DIFFRACTION87.2
2.83-2.930.3191380.26161999X-RAY DIFFRACTION90.13
2.93-3.040.31451500.24122025X-RAY DIFFRACTION91.04
3.04-3.180.30541490.22722049X-RAY DIFFRACTION92.24
3.18-3.350.28321490.2172062X-RAY DIFFRACTION92.63
3.35-3.560.23891600.20792110X-RAY DIFFRACTION95.06
3.56-3.830.22231590.18182160X-RAY DIFFRACTION95.87
3.83-4.220.20261550.15832088X-RAY DIFFRACTION93.65
4.22-4.830.17521400.15052018X-RAY DIFFRACTION89.58
4.83-6.080.19351510.15342114X-RAY DIFFRACTION92.9
6.08-41.030.19591600.18332137X-RAY DIFFRACTION92.1
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.709477485530.48638559421-0.02624599638581.544799494221.077319783290.8623862533640.0341894396710.02112056968490.421424679641-0.2423744049740.05413079935471.14657602357-0.117488652729-0.0260560000297-0.0980963736620.328559418154-0.00332216124498-0.0800783171820.3740961961660.01636014645330.72712145598314.21514.425-2.337
21.232927209510.438727088603-0.3186222295362.41117915906-0.4151272002261.00645775965-0.0386732125611-0.08999397276210.1341171726010.00845706747123-0.02517223431840.1645463248330.1036639117880.01229725544160.06220902112670.1941054023580.0140934754274-0.03862907123650.2770172157-0.01408428012760.19563437541924.732-12.3814.313
31.26169931791-0.8790245048710.5779844755342.93494140440.6023300707391.886340591680.2225552403120.109662558109-0.33334555018-0.0856827080512-5.07182365205E-51.232469431860.501975702690.0381668148093-0.1981609565420.5797340448090.0326328244507-0.03400543375530.3734862781870.01020170547610.669798821749-1.289-68.10741.442
41.01068888943-0.1826037749650.1387875757821.78262909507-0.8667984721670.9664438542310.103720730336-0.0537937019942-0.06986073168380.206957096888-0.03584869471570.169206356536-0.09417350780270.0221421433144-0.05541023670870.39208317779-0.01831317185990.06883184301380.306353056311-0.01047359897610.24560495733211.552-40.63642.519
53.227952416370.512528068075-1.044163676050.9908498274850.1955975742421.046594658460.257320888549-0.2273160571190.007436566188760.070676490598-0.3374075360890.0118950905861-0.0948629670897-0.08499533188250.05391557273990.3679692121470.0395509386674-0.05949673935840.4635903269060.0580604046290.23476285285436.123-13.05212.808
61.306752396-0.02127331247760.3969090266541.17843821717-0.687437701194.208954445590.1122038065230.17936883817-0.03210685560330.224028345372-0.02570037844410.2133428085720.004850267549720.362044663861-0.1009218498870.414214714246-0.04079633961080.06832782473170.4110926058980.02810281037540.33999073605325.692-40.56542.683
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 30:128 OR RESID 401:401 ) )A30 - 128
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 30:128 OR RESID 401:401 ) )A401
3X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 129:350 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )A129 - 350
4X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 129:350 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )A402
5X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND ( RESID 129:350 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )A403
6X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 31:128 OR RESID 401:401 ) )B31 - 128
7X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN B AND ( RESID 31:128 OR RESID 401:401 ) )B401
8X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 129:350 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )B129 - 350
9X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 129:350 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )B402
10X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND ( RESID 129:350 OR RESID 402:402 OR RESID 403:403 ) )B403
11X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN C AND RESID 1:10 )C1 - 10
12X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN D AND RESID 1:10 )D1 - 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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