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万見
- PDB-9dey: Human norovirus GII.4 Sydney protease -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dey
タイトルHuman norovirus GII.4 Sydney protease
要素Peptidase C37
キーワードVIRAL PROTEIN / Viral protease
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell / RNA helicase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Norovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pham, S.H. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI057788 米国
Robert A. Welch FoundationQ-1279 米国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2025
タイトル: Conformational flexibility is a critical factor in designing broad-spectrum human norovirus protease inhibitors.
著者: Pham, S. / Zhao, B. / Neetu, N. / Sankaran, B. / Patil, K. / Ramani, S. / Song, Y. / Estes, M.K. / Palzkill, T. / Prasad, B.V.V.
履歴
登録2024年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase C37
B: Peptidase C37
C: Peptidase C37
D: Peptidase C37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9384
ポリマ－77,9384
非ポリマー00
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)112.210, 158.900, 93.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-278-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Peptidase C37


分子量: 19484.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Norovirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli B (大腸菌) / 参照: UniProt: K4L8Z7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 1-8% Tacsimate pH 5.0, 4-16% PEG 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.000074 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.000074 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→60.54 Å / Num. obs: 31740 / % possible obs: 92.94 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 23.67 Å2 / CC1/2: 0.797 / CC star: 0.942 / Rmerge(I) obs: 0.1795 / Rpim(I) all: 0.1019 / Rrim(I) all: 0.2084 / Net I/σ(I): 4.53
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.02 / Num. unique obs: 3522 / CC1/2: 0.477 / CC star: 0.804 / % possible all: 65.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_5156精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→60.54 Å / SU ML: 0.3204 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.9072
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Reflections were additionally processed using the UCLA-DOE Institute Diffraction Anisotropy Server
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 1207 3.93 %
Rwork0.2237 29505 -
obs0.2251 30712 92.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→60.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5157 0 0 189 5346
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315279
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59427151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0477802
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069912
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6711927
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.50.3413930.31182298X-RAY DIFFRACTION65.72
2.5-2.610.38311400.29053414X-RAY DIFFRACTION98.29
2.61-2.750.31721390.28413399X-RAY DIFFRACTION97.44
2.75-2.920.33131400.25153413X-RAY DIFFRACTION98.04
2.92-3.150.29781410.25343435X-RAY DIFFRACTION97.81
3.15-3.460.24421370.22883371X-RAY DIFFRACTION95.93
3.46-3.960.23681340.20763274X-RAY DIFFRACTION93.01
3.96-4.990.17951390.15713386X-RAY DIFFRACTION95.24
4.99-60.540.23171440.19653515X-RAY DIFFRACTION94.94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -24.5779101161 Å / Origin y: -36.6285551338 Å / Origin z: -5.58696448982 Å
111213212223313233
T0.218834274943 Å2-0.0411047635026 Å20.00878776523148 Å2-0.273162084635 Å2-0.0281267236368 Å2--0.0939645493905 Å2
L0.239242491905 °21.08003881464 °20.359101731431 °2-0.975425386359 °20.361771505361 °2--0.0856628332161 °2
S-0.100489336159 Å °0.058753066103 Å °-0.0764121606119 Å °-0.0838253969558 Å °0.120664694129 Å °0.143748796198 Å °0.00201869234962 Å °0.0549473430699 Å °-0.0227261263163 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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