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- PDB-9ddr: Ternary substrate complex of DNA polymerase iota with DNA (templa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9ddr
タイトルTernary substrate complex of DNA polymerase iota with DNA (template A), Ca2+, and dTTP
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
  • DNA polymerase iota
キーワードREPLICATION / DNA / Polymerase / Lesion
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck ...error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / DNA-directed DNA polymerase / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck / DNA repair / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. ...HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Frevert, Z. / Reusch, D. / Freudenthal, B. / Washington, M.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM081433 米国
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Visualizing DNA polymerase iota catalyze Hoogsteen-directed DNA synthesis.
著者: Frevert, Z. / Reusch, D.T. / Gildenberg, M.S. / Jordan, S.M. / Ryan, B.J. / Freudenthal, B.D. / Washington, M.T.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Macromolecular structure determination using X-rays, neutrons and electrons: recent developments in Phenix.
著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / ...著者: Dorothee Liebschner / Pavel V Afonine / Matthew L Baker / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Tristan I Croll / Bradley Hintze / Li Wei Hung / Swati Jain / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert D Oeffner / Billy K Poon / Michael G Prisant / Randy J Read / Jane S Richardson / David C Richardson / Massimo D Sammito / Oleg V Sobolev / Duncan H Stockwell / Thomas C Terwilliger / Alexandre G Urzhumtsev / Lizbeth L Videau / Christopher J Williams / Paul D Adams /
要旨: Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological ...Diffraction (X-ray, neutron and electron) and electron cryo-microscopy are powerful methods to determine three-dimensional macromolecular structures, which are required to understand biological processes and to develop new therapeutics against diseases. The overall structure-solution workflow is similar for these techniques, but nuances exist because the properties of the reduced experimental data are different. Software tools for structure determination should therefore be tailored for each method. Phenix is a comprehensive software package for macromolecular structure determination that handles data from any of these techniques. Tasks performed with Phenix include data-quality assessment, map improvement, model building, the validation/rebuilding/refinement cycle and deposition. Each tool caters to the type of experimental data. The design of Phenix emphasizes the automation of procedures, where possible, to minimize repetitive and time-consuming manual tasks, while default parameters are chosen to encourage best practice. A graphical user interface provides access to many command-line features of Phenix and streamlines the transition between programs, project tracking and re-running of previous tasks.
履歴
登録2024年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase iota
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0915
ポリマ－52,5292
非ポリマー5623
水2,594144
1
A: DNA polymerase iota
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子

A: DNA polymerase iota
B: DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,18210
ポリマ－105,0584
非ポリマー1,1256
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area10650 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area36750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.556, 97.556, 202.148
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6

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要素

#1: タンパク質 DNA polymerase iota / Eta2 / RAD30 homolog B


分子量: 47027.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Polymerase Iota catalytic core / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLI, RAD30B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNA4, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*AP*GP*GP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*CP*C)-3')


分子量: 5501.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: self-annealing DNA / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 482.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES pH 7 1.5-1.8 M Ammonium Sulfate 5 mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.42 Å / Num. obs: 31750 / % possible obs: 99.89 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 42.04 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.01534 / Rpim(I) all: 0.01534 / Rrim(I) all: 0.02169 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / Rmerge(I) obs: 0.2874 / Num. unique obs: 3105 / CC1/2: 0.894 / CC star: 0.972 / % possible all: 99.94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→47.42 Å / SU ML: 0.307 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.5222
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2802 1595 5.03 %
Rwork0.2368 30127 -
obs0.2389 31722 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2893 329 31 144 3397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00463331
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79754564
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0422530
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0079524
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.19971306
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.220.33651560.30262668X-RAY DIFFRACTION99.96
2.22-2.30.35231650.31442630X-RAY DIFFRACTION99.89
2.3-2.390.40581340.29592697X-RAY DIFFRACTION99.86
2.39-2.50.33581240.292704X-RAY DIFFRACTION99.82
2.5-2.630.31641400.282707X-RAY DIFFRACTION100
2.63-2.80.3071540.27462676X-RAY DIFFRACTION99.72
2.8-3.010.30841330.28772732X-RAY DIFFRACTION99.97
3.01-3.310.27991520.25092735X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.790.28691580.22692748X-RAY DIFFRACTION99.9
3.8-4.780.22831440.18682810X-RAY DIFFRACTION99.97
4.78-47.420.2521350.21443020X-RAY DIFFRACTION99.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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