PDB-9dcr: Structure of the TelA-associated type VII secretion system chaper...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9dcr

タイトル

Structure of the TelA-associated type VII secretion system chaperone SIR_0168

要素

DUF4176 domain-containing protein

キーワード

CHAPERONE / Molecular chaperone / type vii secretion system / antibacterial toxins

機能・相同性

Protein of unknown function DUF4176 / Domain of unknown function (DUF4176) / DUF4176 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Streptococcus intermedius B196 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Grebenc, D.W. / Kim, Y. / Whitney, J.C.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2025
タイトル: A widespread family of molecular chaperones promotes the intracellular stability of type VIIb secretion system-exported toxins.
著者: Gkragkopoulou, P. / Garrett, S.R. / Shah, P.Y. / Grebenc, D.W. / Klein, T.A. / Kim, Y. / Whitney, J.C.

履歴

登録	2024年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9dcr.cif.gz	230.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9dcr.ent.gz	154.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9dcr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/9dcr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dc/9dcr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9dcsC 9dctC 9mnoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DUF4176 domain-containing protein

B: DUF4176 domain-containing protein

ヘテロ分子

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.760, 63.490, 111.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.550, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	DUF4176 domain-containing protein 分子量: 26978.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus intermedius B196 (バクテリア) 遺伝子: SIR_0168 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1ZCF9
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200mM Sodium Thiocyanate pH 6.9, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→45.24 Å / Num. obs: 36953 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 34.83 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.015 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 24.5
反射シェル	解像度: 1.85→1.88 Å / R_merge(I) obs: 0.414 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 1341 / CC_1/2: 0.95 / R_pim(I) all: 0.168 / R_rim(I) all: 0.449 / % possible all: 69.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.85→39.88 Å / SU ML: 0.236 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 28.4403
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2444	1778	4.81 %
R_work	0.1947	35162	-
obs	0.1967	36940	95.44 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3505	0	16	118	3639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3680
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5637	4995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0446	560
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0041	639
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.1338	1379

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.85-1.9	0.4046	105	0.3173	2056	X-RAY DIFFRACTION	72.74
1.9-1.96	0.2947	132	0.2575	2447	X-RAY DIFFRACTION	88.5
1.96-2.02	0.2566	122	0.226	2760	X-RAY DIFFRACTION	97.3
2.02-2.09	0.2547	158	0.2236	2742	X-RAY DIFFRACTION	97.64
2.09-2.17	0.2939	146	0.2237	2793	X-RAY DIFFRACTION	98.16
2.18-2.27	0.2724	167	0.2156	2705	X-RAY DIFFRACTION	97.06
2.27-2.39	0.265	138	0.2097	2787	X-RAY DIFFRACTION	98.55
2.39-2.54	0.2413	170	0.2088	2764	X-RAY DIFFRACTION	98.59
2.54-2.74	0.2711	158	0.2229	2754	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.74-3.02	0.278	123	0.2123	2805	X-RAY DIFFRACTION	98.82
3.02-3.45	0.2529	150	0.1938	2812	X-RAY DIFFRACTION	98.8
3.45-4.35	0.207	111	0.1693	2820	X-RAY DIFFRACTION	98.45
4.35-39.88	0.2087	98	0.1757	2917	X-RAY DIFFRACTION	97.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.98454243169	1.22346372574	-1.12289381765	3.17392260957	1.01881053311	6.35238458406	-0.129645045541	0.0386178181126	-0.00290240585989	-0.159809250776	0.145747885057	-0.149940583064	-0.0424481103089	0.679939287585	0.0638755731385	0.286619883445	0.0486418374672	-0.00033669323465	0.485627835406	0.00787082747221	0.296441297457	16.7243204921	13.7036459728	9.04479035674
2	3.82435149048	-0.245414247631	-1.01727452184	1.0972978927	0.258208713157	2.63335338482	-0.0197172093531	0.231529411264	-0.137578373156	-0.0407611493623	-0.0415718981985	-0.0500975993558	0.24325232199	0.254316548459	0.0340738765573	0.332083572022	0.0522513867177	-0.00640162900187	0.269812708241	-0.0440462177192	0.284925456971	-1.17833314841	11.4275768752	21.3076853535
3	0.940193214419	-0.197369791758	-0.620948959964	2.15410083413	-0.760862842226	6.56092017488	0.103341693083	0.442882331545	-0.0205994450852	-0.0926434015764	0.0211915606283	0.0722654730569	-0.448721247729	-0.742755367925	-0.0363957562479	0.333436929195	0.0432487044312	0.0367579286461	0.348066956822	0.0168430172928	0.338202611618	-34.4947822549	24.9753833676	39.8273998166
4	2.20173420239	-0.685370071308	-0.454139788081	2.67092688584	1.30367769398	0.647092554139	0.339378902446	-0.56592925089	0.602076790808	-0.447660613101	-0.0955775376679	-0.35871681017	-0.715456782147	0.387540819205	-0.165390676801	0.660819956195	-0.0511697917507	0.102562626103	0.464934275868	-0.075440290543	0.499961311295	-27.7092450645	30.7726901237	50.7041161674
5	2.82318328051	-0.660210475016	-0.557479354326	0.498698745344	0.204992406299	2.33036159962	0.0795230984154	-0.400920146241	-0.0699107127065	0.143287823967	0.032760547129	0.00830938670426	-0.0444013408302	0.0311331501431	-0.120500670191	0.352286974029	-0.0161679684511	-0.00787502584259	0.25028674002	0.00104553966327	0.32698864918	-22.9839266056	21.1576504755	45.177170626
6	4.70610067328	-0.191201795564	-1.35768770518	1.03429536705	0.495705612955	4.54727764119	-0.114190057295	0.157975979527	-0.61119381897	0.03433855236	-0.0331870671756	0.130726968181	0.407885894531	-0.155289501968	0.0380369504803	0.330938950229	0.0137901927371	-0.00579156771764	0.0953727711162	-0.0524165971819	0.346663217537	-19.6149830087	14.2386437658	33.8152150384

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 101 )	A	A	1 - 101	2 - 102
2	2	chain 'A' and (resid 102 through 214 )	A	A	102 - 214	103 - 215
3	3	chain 'B' and (resid 1 through 47 )	B	H	1 - 47	1 - 47
4	4	chain 'B' and (resid 48 through 62 )	B	H	48 - 62	48 - 62
5	5	chain 'B' and (resid 63 through 140 )	B	H	63 - 140	63 - 140
6	6	chain 'B' and (resid 141 through 214 )	B	H	141 - 214	141 - 214

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