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Yorodumi- PDB-9mno: Structure of the TelA-associated type VII secretion system chaper... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 9mno | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of the TelA-associated type VII secretion system chaperone LcpA in complex with the chaperone binding site of TelA | |||||||||
Components |
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Keywords | CHAPERONE / Molecular chaperone / type vii secretion system / antibacterial toxins | |||||||||
| Function / homology | LXG domain of WXG superfamily / LXG domain / LXG domain profile. / CITRIC ACID / DUF4176 domain-containing protein / LXG domain-containing protein Function and homology information | |||||||||
| Biological species | Streptococcus intermedius B196 (bacteria) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.94 Å | |||||||||
Authors | Garrett, S.R. / Kim, Y. / Whitney, J.C. | |||||||||
| Funding support | Canada, European Union, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2025Title: A widespread family of molecular chaperones promotes the intracellular stability of type VIIb secretion system-exported toxins. Authors: Gkragkopoulou, P. / Garrett, S.R. / Shah, P.Y. / Grebenc, D.W. / Klein, T.A. / Kim, Y. / Whitney, J.C. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 9mno.cif.gz | 489.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb9mno.ent.gz | 336.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 9mno.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 9mno_validation.pdf.gz | 493 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 9mno_full_validation.pdf.gz | 503.8 KB | Display | |
| Data in XML | 9mno_validation.xml.gz | 42.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 9mno_validation.cif.gz | 55 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/9mno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/9mno | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 9dcrC ![]() 9dcsC ![]() 9dctC C: citing same article ( |
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| Similar structure data | Similarity search - Function & homology F&H Search |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 25360.078 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus intermedius B196 (bacteria)Gene: SIR_0168 / Production host: ![]() #2: Protein | Mass: 7203.063 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus intermedius B196 (bacteria)Gene: SIR_0169 / Production host: ![]() #3: Chemical | ChemComp-CIT / | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | N | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 1.98 Å3/Da / Density % sol: 37.82 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 296 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 0.2 M ammonium tartrate dibasic, 20% PEG 3350 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 17-ID-2 / Wavelength: 0.97934 Å |
| Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Oct 16, 2024 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.97934 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.94→30.87 Å / Num. obs: 68651 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 36.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 8.2 |
| Reflection shell | Resolution: 1.94→2.04 Å / Redundancy: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.824 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 9922 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.824 / Rrim(I) all: 1.165 / % possible all: 96.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.94→30.87 Å / SU ML: 0.3035 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / Phase error: 28.3279 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 52.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.94→30.87 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|
Movie
Controller
About Yorodumi



Streptococcus intermedius B196 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
Canada, European Union, 2items
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