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- PDB-9dcp: Structure of PmHMGR bound to mevalonate, CoA and NAD 1 minute aft... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dcp
タイトルStructure of PmHMGR bound to mevalonate, CoA and NAD 1 minute after reaction initiation at pH 9
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/SUBSTRATE/INTERMEDIATE / Complex / reaction intermediate / Enzyme / OXIDOREDUCTASE / OXIDOREDUCTASE-SUBSTRATE-INTERMEDIATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADH) activity / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase / hydroxymethylglutaryl-CoA reductase (NADPH) activity / coenzyme A metabolic process
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, bacterial-type / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 2. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 1. / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases signature 3. / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, NAD/NADP-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, substrate-binding domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, catalytic domain superfamily / Hydroxymethylglutaryl-CoA reductase, class I/II, conserved site / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductase / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A reductases family profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / COENZYME A / (R)-MEVALONATE / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. 'mevalonii' (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Purohit, V. / Stauffacher, C.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)RO1 GM111645 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Watching Pseudomonas mevalonii HMG-CoA Reductase in Action
著者: Patel, H. / Purohit, V. / Steussy, C.S. / Stauffacher, C.V. / Helquist, P. / Wiest, O. / Schmidt, T. / Rushton, P.
履歴
登録2024年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4408
ポリマ－91,2822
非ポリマー3,1576
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: Determine via size exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)225.766, 225.766, 225.766
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl-coenzyme A reductase / HMG-CoA reductase


分子量: 45641.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. 'mevalonii' (バクテリア)
遺伝子: mvaA / プラスミド: pKK-RED
詳細 (発現宿主): Contained the mva operon in the expression vector pKK177-3
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P13702, hydroxymethylglutaryl-CoA reductase

-
非ポリマー , 6種, 290分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-A1AFY / (R)-mevaldehyde / (3R)-3-hydroxy-3-methyl-5-oxopentanoic acid


分子量: 146.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#6: 化合物 ChemComp-MEV / (R)-MEVALONATE


分子量: 147.149 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H11O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.27 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, and 10% glycerol. Crystals were buffer exchanged into 1.2 M ammonium acetate, 100 mM ADA, and 10% PEG-400 buffer at pH 6.7 ...詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM N-(2-acetamido)iminodiacetic acid, and 10% glycerol. Crystals were buffer exchanged into 1.2 M ammonium acetate, 100 mM ADA, and 10% PEG-400 buffer at pH 6.7 (pH-jump buffer), followed by soaking with 1 mM NAD, mevalonate, and CoA in the pH-jump buffer for 1 minute at pH 9

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→50 Å / Num. obs: 58699 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 31.1 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.162 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1.115 / Net I/σ(I): 6.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2
2.08-2.1525.14.23657690.3010.680.8594.3230.875
2.15-2.2427.92.75957890.7070.910.532.810.913
2.24-2.3430.61.64857820.8570.9610.31.6750.975
2.34-2.4734.31.03858190.9390.9840.1791.0540.962
2.47-2.6233.80.67758250.9720.9930.1180.6871.007
2.62-2.8232.90.42658280.9880.9970.0750.4331.101
2.82-3.1131.70.25358560.9940.9990.0450.2571.186
3.11-3.5630.90.14658970.9980.9990.0260.1491.336
3.56-4.4833.10.10159280.99910.0180.1021.536
4.48-5030.50.07162060.99810.0130.0731.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21.1_5286)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
PDB_EXTRACTv4.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.06→48.13 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2414 2723 5.04 %
Rwork0.2137 --
obs0.2151 54015 89.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→48.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5904 0 204 284 6392
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5378566
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5642226
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041015
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.06-2.10.4886130.3993277X-RAY DIFFRACTION9
2.1-2.140.4499670.3821080X-RAY DIFFRACTION37
2.14-2.180.38481260.35732178X-RAY DIFFRACTION74
2.18-2.230.35651380.32792723X-RAY DIFFRACTION92
2.23-2.280.35731520.31812852X-RAY DIFFRACTION96
2.28-2.340.33881500.29742960X-RAY DIFFRACTION99
2.34-2.40.32451790.27942940X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.470.29291480.25862992X-RAY DIFFRACTION100
2.47-2.550.27311660.25382937X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.650.2931540.25352983X-RAY DIFFRACTION100
2.65-2.750.27931580.24032990X-RAY DIFFRACTION100
2.75-2.880.27111350.2372982X-RAY DIFFRACTION100
2.88-3.030.25941540.2372992X-RAY DIFFRACTION100
3.03-3.220.25591650.23173007X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.470.2471620.20313015X-RAY DIFFRACTION100
3.47-3.820.20331630.17883023X-RAY DIFFRACTION100
3.82-4.370.1961460.15213055X-RAY DIFFRACTION100
4.37-5.50.15931800.14993068X-RAY DIFFRACTION100
5.5-48.130.17131670.16413238X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 88.5288 Å / Origin y: 129.1286 Å / Origin z: 118.147 Å
111213212223313233
T0.1609 Å20.0565 Å20.0415 Å2-0.1829 Å2-0.136 Å2--0.6301 Å2
L0.5696 °20.0823 °20.0219 °2-0.6338 °20.3244 °2--0.6046 °2
S-0.1181 Å °-0.059 Å °0.3703 Å °0.0501 Å °-0.1973 Å °0.4391 Å °-0.1327 Å °-0.1275 Å °0.0068 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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