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万見
- PDB-9dcj: Pentameric Structure of MERS-CoV Envelope Protein Transmembrane D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dcj
タイトルPentameric Structure of MERS-CoV Envelope Protein Transmembrane Domain Determined by Solid-State NMR
要素Envelope small membrane protein
キーワードVIRAL PROTEIN / viroporin / MERS-CoV
機能・相同性
機能・相同性情報


disruption of cellular anatomical structure in another organism / viral budding from Golgi membrane / host cell Golgi membrane / host cell Golgi apparatus / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope small membrane protein, MERS-CoV-like / Envelope small membrane protein, coronavirus / Envelope small membrane protein, betacoronavirus / Coronavirus small envelope protein E / Coronavirus envelope (CoV E) protein profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope small membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Betacoronavirus England 1 (ウイルス)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Sucec, I. / Hong, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)6951834 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural Insights and Ion Conduction of the MERS-CoV Envelope Protein
著者: Sucec, I. / Hong, M.
履歴
登録2024年8月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope small membrane protein
B: Envelope small membrane protein
C: Envelope small membrane protein
D: Envelope small membrane protein
E: Envelope small membrane protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5465
ポリマ－21,5465
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
Envelope small membrane protein / E protein / sM protein


分子量: 4309.228 Da / 分子数: 5 / 変異: C23S, C30S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Betacoronavirus England 1 (ウイルス)
株: isolate United Kingdom/H123990006/2012 / 遺伝子: E, sM, 4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: K9N5R3
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D NCaCx
121isotropic13D NCOCX
131isotropic13D CoNCa
141isotropic12D CC 100 ms
151isotropic33D CCC
1201isotropic33D NCaCx
162isotropic32D CC 300 ms
173isotropic22D NhhC 2 ms
185isotropic12D NhhC 2 ms
1175isotropic12D CC 300 ms
494isotropic21D CODEX
4108isotropic21D CODEX
4116isotropic21D CODEX
1124isotropic22D HF HETCOR
5137isotropic12D DIPSHIFT
1141isotropic12D NCa water-ed
2181isotropic12D CC 24 ms
2151isotropic12D NCa water-ed
3191isotropic12D CC 24 ms
3161isotropic12D NCa water-ed

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
liposome115 % w/w [U-13C; U-15N] MERS ENTM, 23 % w/w POPC, 10 % w/w POPE, 11 % w/w POPS, 4 % w/w cholesterol, 38 % w/w water, 95% H2O/5% D2OP:L=1:25; POPC/POPE/POPS/chol.U-13C, 15N95% H2O/5% D2O
liposome28 % w/w 1,3-glycerol, 2-glycerol 13C MERS ENTM, 21 % w/w POPC, 9 % w/w POPE, 10 % w/w POPS, 4 % w/w cholesterol, 41 % w/w water, 95% H2O/5% D2OP:L=1:18; POPC/POPE/POPS/chol.mixed 1,3-13C : 2-13C, 15N (1:1)95% H2O/5% D2O
liposome38 % w/w [U-13C; U-15N] MERS ENTM, 21 % w/w POPC, 9 % w/w POPE, 10 % w/w POPS, 4 % w/w cholesterol, 41 % w/w water, 95% H2O/5% D2OP:L=1:18; POPC/POPE/POPS/chol.mixed 15N : 13C (1:1)95% H2O/5% D2O
liposome58 % w/w 1,3 glycerol [U-13C; U-15N] MERS ENTM, 21 % w/w POPC, 9 % w/w POPE, 10 % w/w POPS, 4 % w/w cholesterol, 41 % w/w water, 95% H2O/5% D2OP:L=1:18; POPC/POPE/POPS/chol.mixed 1,3-13C : 15N (1:1)95% H2O/5% D2O
liposome417 % w/w 19F MERS ENTM, 21 % w/w POPC, 9 % w/w POPE, 9 % w/w POPS, 3 % w/w cholesterol, 40 % w/w water, 95% H2O/5% D2OP:L=1:15; POPC/POPE/POPS/chol.19F-Phe19 1:1595% H2O/5% D2O
liposome820 % w/w 19F MERS ENTM, 19 % w/w POPC, 8 % w/w POPE, 9 % w/w POPS, 3 % w/w cholesterol, 40 % w/w water, 95% H2O/5% D2OP:L=1:12; POPC/POPE/POPS/chol.19F-Phe19 1:1295% H2O/5% D2O
liposome610 % w/w 19F MERS ENTM, 24 % w/w POPC, 10 % w/w POPE, 11 % w/w POPS, 4 % w/w cholesterol, 40 % w/w water, 95% H2O/5% D2OP:L=1:30; POPC/POPE/POPS/chol.19F-Phe19 1:3095% H2O/5% D2O
liposome715 % w/w [U-13C; U-15N] MERS ENTM, 38 % w/w POPC, 10 % w/w POPG, 38 % w/w water, 95% H2O/5% D2OP:L=1:18; POPC/POPGU-13C, 15N; POPC/POPG95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
15 % w/wMERS ENTM[U-13C; U-15N]1
23 % w/wPOPCnatural abundance1
10 % w/wPOPEnatural abundance1
11 % w/wPOPSnatural abundance1
4 % w/wcholesterolnatural abundance1
38 % w/wwaternatural abundance1
8 % w/wMERS ENTM1,3-glycerol, 2-glycerol 13C2
21 % w/wPOPCnatural abundance2
9 % w/wPOPEnatural abundance2
10 % w/wPOPSnatural abundance2
4 % w/wcholesterolnatural abundance2
41 % w/wwaternatural abundance2
8 % w/wMERS ENTM[U-13C; U-15N]3
21 % w/wPOPCnatural abundance3
9 % w/wPOPEnatural abundance3
10 % w/wPOPSnatural abundance3
4 % w/wcholesterolnatural abundance3
41 % w/wwaternatural abundance3
8 % w/wMERS ENTM1,3 glycerol [U-13C; U-15N]5
21 % w/wPOPCnatural abundance5
9 % w/wPOPEnatural abundance5
10 % w/wPOPSnatural abundance5
4 % w/wcholesterolnatural abundance5
41 % w/wwaternatural abundance5
17 % w/wMERS ENTM19F4
21 % w/wPOPCnatural abundance4
9 % w/wPOPEnatural abundance4
9 % w/wPOPSnatural abundance4
3 % w/wcholesterolnatural abundance4
40 % w/wwaternatural abundance4
20 % w/wMERS ENTM19F8
19 % w/wPOPCnatural abundance8
8 % w/wPOPEnatural abundance8
9 % w/wPOPSnatural abundance8
3 % w/wcholesterolnatural abundance8
40 % w/wwaternatural abundance8
10 % w/wMERS ENTM19F6
24 % w/wPOPCnatural abundance6
10 % w/wPOPEnatural abundance6
11 % w/wPOPSnatural abundance6
4 % w/wcholesterolnatural abundance6
40 % w/wwaternatural abundance6
15 % w/wMERS ENTM[U-13C; U-15N]7
38 % w/wPOPCnatural abundance7
10 % w/wPOPGnatural abundance7
38 % w/wwaternatural abundance7
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)詳細
10.025 MpH 7.4, 20 mM tris, 20 mM NaCl7.41 atm290 K
20.1 MpH 4.5, 25 mM NaOAc,25 mM NaCl + 25 mM CaCl24.51 atm286 K
30.2 MpH 7.5 20 mM tris + 200 mM KCl7.51 atm288 K
40.025 M-20C7.41 atm253 KpH 7.4, 20 mM tris, 20 mM NaCl
50.025 M30C7.41 atm303 KpH 7.4, 20 mM tris, 20 mM NaCl

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysisv3CCPNchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
CcpNmr Analysisv3CCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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