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万見
- PDB-9dbn: Tarantula venom peptide Protoxin-I bound to full-length human vol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dbn
タイトルTarantula venom peptide Protoxin-I bound to full-length human voltage-gated sodium channel 1.8 (NaV1.8)
要素
  • Beta/omega-theraphotoxin-Tp1a
  • Sodium channel protein type 10 subunit alpha
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / clathrin complex / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during action potential / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / sensory perception / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex ...bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / clathrin complex / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during action potential / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / sensory perception / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / odontogenesis of dentin-containing tooth / sodium channel regulator activity / regulation of cardiac muscle contraction / potassium channel regulator activity / calcium channel inhibitor activity / sodium ion transmembrane transport / regulation of heart rate / presynaptic membrane / toxin activity / transmembrane transporter binding / axon / glutamatergic synapse / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Huwentoxin-1 family / Ion channel inhibitory toxin / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Chem-P5S / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Beta/omega-theraphotoxin-Tp1a / Sodium channel protein type 10 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Thrixopelma pruriens (クモ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Neumann, B. / McCarthy, S. / Gonen, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)HDTRA1-21-1-0004 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM142797 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of inhibition of human Na1.8 by the tarantula venom peptide Protoxin-I.
著者: Bryan Neumann / Stephen McCarthy / Shane Gonen /
要旨: Voltage-gated sodium channels (Nas) selectively permit diffusion of sodium ions across the cell membrane and, in excitable cells, are responsible for propagating action potentials. One of the nine ...Voltage-gated sodium channels (Nas) selectively permit diffusion of sodium ions across the cell membrane and, in excitable cells, are responsible for propagating action potentials. One of the nine human Na isoforms, Na1.8, is a promising target for analgesics, and selective inhibitors are of interest as therapeutics. One such inhibitor, the gating-modifier peptide Protoxin-I derived from tarantula venom, blocks channel opening by shifting the activation voltage threshold to more depolarized potentials, but the structural basis for this inhibition has not previously been determined. Using monolayer graphene grids, we report the cryogenic electron microscopy structures of full-length human apo-Na1.8 and the Protoxin-I-bound complex at 3.1 Å and 2.8 Å resolution, respectively. The apo structure shows an unexpected movement of the Domain I S4-S5 helix, and VSD was unresolvable. We find that Protoxin-I binds to and displaces the VSD S3-S4 linker, hindering translocation of the S4 helix during activation.
履歴
登録2024年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium channel protein type 10 subunit alpha
B: Beta/omega-theraphotoxin-Tp1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)240,69921
ポリマ－229,7212
非ポリマー10,97819
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 7分子 AB

#1: タンパク質 Sodium channel protein type 10 subunit alpha / Peripheral nerve sodium channel 3 / PN3 / hPN3 / Sodium channel protein type X subunit alpha / ...Peripheral nerve sodium channel 3 / PN3 / hPN3 / Sodium channel protein type X subunit alpha / Voltage-gated sodium channel subunit alpha Nav1.8


分子量: 225721.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCN10A / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y5Y9
#2: タンパク質・ペプチド Beta/omega-theraphotoxin-Tp1a / Beta/omega-TRTX-Tp1a / Protoxin-1 / ProTx-1 / ProTx1 / Protoxin-I / ProTx-I


分子量: 3999.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thrixopelma pruriens (クモ) / 参照: UniProt: P83480
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 4種, 14分子

#4: 化合物
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#5: 化合物 ChemComp-PCW / 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / (Z,Z)-4-HYDROXY-N,N,N-TRIMETHYL-10-OXO-7-[(1-OXO-9-OCTADECENYL)OXY]-3,5,9-TRIOXA-4-PHOSPHAHEPTACOS-18-EN-1-AMINIUM-4-OXIDE / DOPC


分子量: 787.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H85NO8P / コメント: DOPC, リン脂質*YM
#6: 化合物
ChemComp-LPE / 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / LPC-ETHER / [O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン]アニオン


分子量: 510.708 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H57NO6P
#7: 化合物 ChemComp-P5S / O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / phosphatidyl serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン


分子量: 792.075 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO10P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Sodium channel protein type 10 subunit alpha in complex with Beta/omega-theraphotoxin-Tp1aCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2Sodium channel protein type 10 subunit alphaCOMPLEX#11RECOMBINANT
3Beta/omega-theraphotoxin-Tp1aCOMPLEX#21SYNTHETIC
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Thrixopelma pruriens (クモ)213387
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
225 nMHEPES1
30.006 w/vGDN1
試料濃度: 0.15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: negatively glow discharged with the graphene facing up
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/4
急速凍結装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 96 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 15400
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.4CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC4.4初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.4最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.4３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
14Cootモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 267708 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / タイプ: experimental model

IDPDB-ID詳細Source nameAccession codeInitial refinement model-ID
1The initial model consisted of one of our earlier apo models.Other
22m9l

2m9l

PDB2m9l2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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