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- EMDB-46720: Full-length apo human voltage-gated sodium channel 1.8 (NaV1.8), ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46720
タイトルFull-length apo human voltage-gated sodium channel 1.8 (NaV1.8), class II
マップデータ
試料
  • 複合体: Sodium channel protein type 10 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 10 subunit alpha
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
キーワードion channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / clathrin complex / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during action potential / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / sensory perception / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex ...bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / clathrin complex / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / membrane depolarization during action potential / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / sensory perception / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated sodium channel complex / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / Phase 0 - rapid depolarisation / odontogenesis of dentin-containing tooth / regulation of cardiac muscle contraction / sodium ion transmembrane transport / regulation of heart rate / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / axon / glutamatergic synapse / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel protein type 10 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Neumann B / McCarthy S / Gonen S
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Department of Defense (DOD, United States)HDTRA1-21-1-0004 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM142797 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural basis of inhibition of human Na1.8 by the tarantula venom peptide Protoxin-I.
著者: Bryan Neumann / Stephen McCarthy / Shane Gonen /
要旨: Voltage-gated sodium channels (Nas) selectively permit diffusion of sodium ions across the cell membrane and, in excitable cells, are responsible for propagating action potentials. One of the nine ...Voltage-gated sodium channels (Nas) selectively permit diffusion of sodium ions across the cell membrane and, in excitable cells, are responsible for propagating action potentials. One of the nine human Na isoforms, Na1.8, is a promising target for analgesics, and selective inhibitors are of interest as therapeutics. One such inhibitor, the gating-modifier peptide Protoxin-I derived from tarantula venom, blocks channel opening by shifting the activation voltage threshold to more depolarized potentials, but the structural basis for this inhibition has not previously been determined. Using monolayer graphene grids, we report the cryogenic electron microscopy structures of full-length human apo-Na1.8 and the Protoxin-I-bound complex at 3.1 Å and 2.8 Å resolution, respectively. The apo structure shows an unexpected movement of the Domain I S4-S5 helix, and VSD was unresolvable. We find that Protoxin-I binds to and displaces the VSD S3-S4 linker, hindering translocation of the S4 helix during activation.
履歴
登録2024年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年2月19日-
マップ公開2025年2月19日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46720.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46720.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å		0.84 Å/pix.
x 360 pix.
= 302.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.18510877 - 0.39755568
平均 (標準偏差)0.000012504236 (±0.0118826255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 302.04 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_46720_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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マスク #2

ファイルemd_46720_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: sharpened

ファイルemd_46720_additional_1.map
注釈sharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local res

ファイルemd_46720_additional_2.map
注釈local res
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: filtered

ファイルemd_46720_additional_3.map
注釈filtered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_46720_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_46720_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sodium channel protein type 10 subunit alpha

全体名称: Sodium channel protein type 10 subunit alpha
要素
  • 複合体: Sodium channel protein type 10 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 10 subunit alpha
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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超分子 #1: Sodium channel protein type 10 subunit alpha

超分子名称: Sodium channel protein type 10 subunit alpha / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium channel protein type 10 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 10 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 225.721281 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DYKDDDDKSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKEN LYFQSMEFPI GSLETNNFRR FTPESLVEIE KQIAAKQGTK KAREKHREQ KDQEEKPRPQ LDLKACNQLP KFYGELPAEL IGEPLEDLDP FYSTHRTFMV LNKGRTISRF SATRALWLFS P FNLIRRTA ...文字列:
DYKDDDDKSA WSHPQFEKGG GSGGGSGGSA WSHPQFEKEN LYFQSMEFPI GSLETNNFRR FTPESLVEIE KQIAAKQGTK KAREKHREQ KDQEEKPRPQ LDLKACNQLP KFYGELPAEL IGEPLEDLDP FYSTHRTFMV LNKGRTISRF SATRALWLFS P FNLIRRTA IKVSVHSWFS LFITVTILVN CVCMTRTDLP EKIEYVFTVI YTFEALIKIL ARGFCLNEFT YLRDPWNWLD FS VITLAYV GTAIDLRGIS GLRTFRVLRA LKTVSVIPGL KVIVGALIHS VKKLADVTIL TIFCLSVFAL VGLQLFKGNL KNK CVKNDM AVNETTNYSS HRKPDIYINK RGTSDPLLCG NGSDSGHCPD GYICLKTSDN PDFNYTSFDS FAWAFLSLFR LMTQ DSWER LYQQTLRTSG KIYMIFFVLV IFLGSFYLVN LILAVVTMAY EEQNQATTDE IEAKEKKFQE ALEMLRKEQE VLAAL GIDT TSLHSHNGSP LTSKNASERR HRIKPRVSEG STEDNKSPRS DPYNQRRMSF LGLASGKRRA SHGSVFHFRS PGRDIS LPE GVTDDGVFPG DHESHRGSLL LGGGAGQQGP LPRSPLPQPS NPDSRHGEDE HQPPPTSELA PGAVDVSAFD AGQKKTF LS AEYLDEPFRA QRAMSVVSII TSVLEELEES EQKCPPCLTS LSQKYLIWDC CPMWVKLKTI LFGLVTDPFA ELTITLCI V VNTIFMAMEH HGMSPTFEAM LQIGNIVFTI FFTAEMVFKI IAFDPYYYFQ KKWNIFDCII VTVSLLELGV AKKGSLSVL RSFRLLRVFK LAKSWPTLNT LIKIIGNSVG ALGNLTIILA IIVFVFALVG KQLLGENYRN NRKNISAPHE DWPRWHMHDF FHSFLIVFR ILCGEWIENM WACMEVGQKS ICLILFLTVM VLGNLVVLNL FIALLLNSFS ADNLTAPEDD GEVNNLQVAL A RIQVFGHR TKQALCSFFS RSCPFPQPKA EPELVVKLPL SSSKAENHIA ANTARGSSGG LQAPRGPRDE HSDFIANPTV WV SVPIAEG ESDLDDLEDD GGEDAQSFQQ EVIPKGQQEQ LQQVERCGDH LTPRSPGTGT SSEDLAPSLG ETWKDESVPQ VPA EGVDDT SSSEGSTVDC LDPEEILRKI PELADDLEEP DDCFTEGCIR HCPCCKLDTT KSPWDVGWQV RKTCYRIVEH SWFE SFIIF MILLSSGSLA FEDYYLDQKP TVKALLEYTD RVFTFIFVFE MLLKWVAYGF KKYFTNAWCW LDFLIVNISL ISLTA KILE YSEVAPIKAL RTLRALRPLR ALSRFEGMRV VVDALVGAIP SIMNVLLVCL IFWLIFSIMG VNLFAGKFWR CINYTD GEF SLVPLSIVNN KSDCKIQNST GSFFWVNVKV NFDNVAMGYL ALLQVATFKG WMDIMYAAVD SREVNMQPKW EDNVYMY LY FVIFIIFGGF FTLNLFVGVI IDNFNQQKKK LGGQDIFMTE EQKKYYNAMK KLGSKKPQKP IPRPLNKFQG FVFDIVTR Q AFDITIMVLI CLNMITMMVE TDDQSEEKTK ILGKINQFFV AVFTGECVMK MFALRQYYFT NGWNVFDFIV VVLSIASLI FSAILKSLQS YFSPTLFRVI RLARIGRILR LIRAAKGIRT LLFALMMSLP ALFNIGLLLF LVMFIYSIFG MSSFPHVRWE AGIDDMFNF QTFANSMLCL FQITTSAGWD GLLSPILNTG PPYCDPNLPN SNGTRGDCGS PAVGIIFFTT YIIISFLIVV N MYIAVILE NFNVATEEST EPLSEDDFDM FYETWEKFDP EATQFITFSA LSDFADTLSG PLRIPKPNRN ILIQMDLPLV PG DKIHCLD ILFAFTKNVL GESGELDSLK ANMEEKFMAT NLSKSSYEPI ATTLRWKQED ISATVIQKAY RSYVLHRSMA LSN TPCVPR AEEEAASLPD EGFVAFTANE NCVLPDKSET ASATSFPPSY ESVTRGLSDR VNMRTSSSIQ NEDEATSMEL IAPG P

UniProtKB: Sodium channel protein type 10 subunit alpha

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分子 #3: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #4: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #5: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: LPE
分子量理論値: 510.708 Da
Chemical component information

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / [O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン]アニオン

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分子 #6: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
25.0 nMHEPES
0.006 w/vGDN
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - #1 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film thickness: 0.4 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: negatively glow discharged with the graphene facing up
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 96 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 13124 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2) / 使用した粒子像数: 82542
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: The initial model consisted of one of our earlier apo models.
得られたモデル

PDB-9dbm:
Full-length apo human voltage-gated sodium channel 1.8 (NaV1.8), class II

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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