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- PDB-9dax: The structure of AlphaIIbbeta3 in apo state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9dax
タイトルThe structure of AlphaIIbbeta3 in apo state
要素
  • Integrin alpha-IIb
  • Integrin beta-3
キーワードBLOOD CLOTTING / alphaIIbbeta3 integrin / platelet aggregation / clot retraction
機能・相同性
機能・相同性情報


tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization ...tube development / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / integrin alphaIIb-beta3 complex / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / maintenance of postsynaptic specialization structure / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / platelet alpha granule membrane / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / fibrinogen binding / blood coagulation, fibrin clot formation / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / negative regulation of lipid transport / positive regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Elastic fibre formation / mesodermal cell differentiation / glycinergic synapse / cell-substrate junction assembly / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / platelet-derived growth factor receptor binding / positive regulation of bone resorption / filopodium membrane / extracellular matrix binding / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / angiogenesis involved in wound healing / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / regulation of bone resorption / positive regulation of leukocyte migration / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of fibroblast migration / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of smooth muscle cell migration / smooth muscle cell migration / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of cell-matrix adhesion / negative chemotaxis / Mechanical load activates signaling by PIEZO1 and integrins in osteocytes / Syndecan interactions / cell adhesion mediated by integrin / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / positive regulation of osteoblast proliferation / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / protein disulfide isomerase activity / microvillus membrane / cell-substrate adhesion / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / fibronectin binding / lamellipodium membrane / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / positive regulation of T cell migration / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / coreceptor activity / cell adhesion molecule binding / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / Integrin signaling / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / embryo implantation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / substrate adhesion-dependent cell spreading / protein kinase C binding / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / Signal transduction by L1 / response to activity / integrin-mediated signaling pathway / regulation of actin cytoskeleton organization / wound healing / cellular response to mechanical stimulus / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / cell-cell adhesion / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / platelet aggregation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / ruffle membrane / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail ...Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / : / Integrin alpha Ig-like domain 3 / Integrin EGF domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha-2 / Integrin alpha Ig-like domain 1 / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-3 / Integrin alpha-IIb
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Walz, T. / Coller, B.S. / Wang, J.L. / Buitrago, L. / Wang, L. / Li, J.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)5R01HL019278-48 米国
引用ジャーナル: Blood Adv / 年: 2025
タイトル: An αIIbβ3 ligand-mimetic murine monoclonal antibody that produces platelet activation by engaging the FcγIIa receptor.
著者: Jialing Wang / Lorena Buitrago / Lu Wang / Jihong Li / Thomas Walz / Barry S Coller /
要旨: To produce a murine monoclonal antibody (mAb) that binds to glycoprotein IIb/IIIa (αIIbβ3) and inhibits clot retraction (CR), we immunized mice with human platelets and tested hybridoma ...To produce a murine monoclonal antibody (mAb) that binds to glycoprotein IIb/IIIa (αIIbβ3) and inhibits clot retraction (CR), we immunized mice with human platelets and tested hybridoma supernatants for their ability to bind to αIIbβ3 and inhibit CR. The immunoglobulin G1 (IgG1) mAb R6H8 completely inhibited CR at 20 μg/mL. Paradoxically, at 5 μg/mL, R6H8 initiated platelet aggregation and induced P-selectin expression, fibrinogen binding, and PAC-1 binding. At 20 μg/mL, however, R6H8 completely inhibited aggregation induced by thrombin PAR-1 receptor activating peptide SFLLRN (T6; 25 μg/mL) and T6-induced fibrinogen and PAC-1 binding to platelets. Platelet aggregation induced by R6H8 was inhibited by mAb IV.3, which blocks the FcγIIa receptor (FcγRIIa), and the Fab fragment of R6H8 did not induce platelet aggregation, suggesting that R6H8 binds to both αIIbβ3 and FcγRIIa. Cryogenic electron microscopy analysis of the R6H8 Fab-αIIbβ3 complex revealed that R6H8 (1) binds to the αIIbβ3 RGD binding pocket via an Arg-Tyr-Asp (RYD) sequence in its heavy chain complementarity-determining region 3; (2) interacts with β3 Asp126, producing a reorientation of Asp126 and loss of the adjacent to metal ion-dependent adhesion site Ca2+; and (3) initiates swing-out of the β3 hybrid domain. We conclude that R6H8 is an αIIbβ3 ligand-mimetic mAb that activates platelets via FcγRIIa at low concentrations and potently inhibits platelet aggregation and CR at high concentrations. R6H8 simulates the actions of a number of pathological antibodies, including platelet-activating antibodies developed after therapy with αIIbβ3 inhibitors and platelet-activating antibodies in heparin-induced thrombocytopenia and vaccine-induced immune thrombotic thrombocytopenia. As such, it may be a valuable reagent for better understanding these disorders and identifying potential therapies.
履歴
登録2024年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月9日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年5月14日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / em_software / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年5月14日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.22025年7月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrin alpha-IIb
B: Integrin beta-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,8509
ポリマ－194,5852
非ポリマー2657
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Integrin alpha-IIb / GPalpha IIb / GPIIb / Platelet membrane glycoprotein IIb


分子量: 110106.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08514
#2: タンパク質 Integrin beta-3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 84478.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05106
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AlphaIIbbeta3 integrin in apo state / タイプ: COMPLEX / 詳細: AlphaIIbbeta3 is platelet-derived / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID値 (°)実験値
110.2 MDaYES
210.113 MDaNO
310.087 MDaYES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.012 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 146339 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0096526
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.0348867
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.754902
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045970
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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