PDB-9da3: Crystal structure of human DNPH1 bound to inhibitor 2a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9da3

タイトル

Crystal structure of human DNPH1 bound to inhibitor 2a

要素

5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase

キーワード

HYDROLASE/INHIBITOR / Inhibitor / Complex / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

purine nucleotide catabolic process / deoxyribonucleoside monophosphate catabolic process / 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase activity / nucleoside salvage / Purine catabolism / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / epithelial cell differentiation / positive regulation of cell growth / protein homodimerization activity / extracellular exosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.51 Å

データ登録者

Wagner, A.G. / Schramm, V.L. / Almo, S.C. / Ghosh, A.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM041916	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	S10 OD020068	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2025
タイトル: Transition State Analogs of Human DNPH1 Reveal Two Electrophile Migration Mechanisms.
著者: Wagner, A.G. / Lang, T.B.D. / Ledingham, E.T. / Ghosh, A. / Brooks, D. / Eskandari, R. / Suthagar, K. / Almo, S.C. / Lamiable-Oulaidi, F. / Tyler, P.C. / Schramm, V.L.

履歴

登録	2024年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年2月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9da3.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9da3.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9da3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/9da3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/da/9da3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9da1C 9da2C 9da4C 9da5C 9da6C 4p5e 8qhq C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase

B: 5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase

ヘテロ分子

33.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Superdex S200

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.972, 64.585, 128.640
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-369- HOH
2	1	A-379- HOH
3	1	B-334- HOH
4	1	B-370- HOH

#1: タンパク質	5-hydroxymethyl-dUMP N-hydrolase / 2'-deoxynucleoside 5'-phosphate N-hydrolase 1 / c-Myc-responsive protein RCL 分子量: 16224.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DNPH1, C6orf108, RCL / プラスミド: pET-28a(+) / 詳細 (発現宿主): LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pRIL 参照: UniProt: O43598, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-A1BBD / [(3R,4R)-4-hydroxy-1-{[5-(hydroxymethyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl]methyl}pyrrolidin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate 分子量: 334.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₂O₇P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.97 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.2 M Sodium malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年1月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.51→24.85 Å / Num. obs: 38634 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.029 / R_rim(I) all: 0.08 / Χ²: 1.02 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 263117
反射シェル	解像度: 1.51→1.54 Å / % possible obs: 74.5 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.526 / Num. measured all: 5459 / Num. unique obs: 1441 / CC_1/2: 0.817 / R_pim(I) all: 0.284 / R_rim(I) all: 0.601 / Χ²: 1.1 / Net I/σ(I) obs: 2.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.51→24.85 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1982	1949	5.05 %
R_work	0.1809	-	-
obs	0.1818	38586	96.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.51→24.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1996	0	44	166	2206

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.072
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.863	306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	296
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.018	369

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.51-1.55	0.2502	100	0.2455	1997	X-RAY DIFFRACTION	75
1.55-1.59	0.281	116	0.2192	2318	X-RAY DIFFRACTION	86
1.59-1.64	0.2689	117	0.2004	2602	X-RAY DIFFRACTION	95
1.64-1.69	0.2288	126	0.1919	2601	X-RAY DIFFRACTION	97
1.69-1.75	0.257	159	0.1876	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
1.75-1.82	0.1822	142	0.1851	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.82-1.91	0.2057	131	0.1961	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-2.01	0.2313	132	0.1814	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.01-2.13	0.2142	135	0.186	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.3	0.2088	170	0.1769	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3-2.53	0.1909	149	0.1825	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.89	0.2088	154	0.1901	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9-3.64	0.1831	168	0.1782	2735	X-RAY DIFFRACTION	100
3.65-24.85	0.1711	150	0.1647	2859	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7085	0.4113	0.3829	3.2344	0.0447	1.325	-0.0423	-0.0427	0.0648	0.1096	0.0838	0.1481	-0.2288	-0.0321	-0.019	0.1818	0.0047	0.0155	0.1644	-0.0226	0.1305	-21.4235	-4.3992	-6.8048
2	1.0419	-0.2818	0.2105	1.9578	0.0338	1.2509	-0.0347	-0.0597	-0.0845	0.0631	0.0279	0.5126	-0.106	-0.261	0.02	0.1613	0.0104	0.0126	0.1938	-0.0153	0.2267	-29.1798	-11.5604	-12.6337
3	2.5772	0.606	-0.0778	2.8708	0.5364	1.9264	-0.0565	0.1881	0.1197	-0.3943	0.0951	-0.2507	-0.2538	0.0971	-0.0665	0.1924	-0.0258	0.0445	0.1774	-0.0141	0.132	-15.7298	-9.7954	-18.7067
4	3.6617	0.5384	0.5499	3.3014	0.1259	3.969	-0.202	0.0041	0.3528	-0.2864	0.4582	-0.4787	-0.9079	0.4581	-0.0291	0.3732	-0.0917	0.0793	0.1953	-0.0301	0.2494	-13.2728	3.6262	-12.029
5	0.321	0.5686	0.476	2.7493	0.596	3.1665	0.0924	0.783	-0.8473	-0.6533	-0.2215	0.4316	0.1887	-0.1231	-0.2394	0.3	0.0215	-0.0448	0.3653	-0.2216	0.3643	-21.5912	-32.7577	-27.8296
6	2.4039	-0.7192	0.411	4.2216	-0.4281	2.7125	0.0579	0.114	-0.2481	0.1302	0.0269	-0.4299	-0.0163	0.2159	-0.1077	0.1372	-0.0064	0.0312	0.2111	-0.0528	0.2216	-10.5539	-26.9309	-14.7314
7	1.099	-0.6377	0.5636	2.409	0.905	3.318	-0.0702	0.4656	-0.4667	-0.3462	-0.1059	-0.1101	0.1281	0.1248	0.1294	0.2644	0.0238	0.0642	0.2923	-0.1301	0.4542	-16.2838	-37.1326	-23.3093
8	4.5264	0.9219	0.8437	2.368	0.0975	3.1772	0.0417	1.007	-0.3595	-0.9149	0.2537	-0.2688	-0.3086	0.44	-0.202	0.4376	0.0283	0.0599	0.4541	-0.0749	0.224	-15.8431	-20.4884	-31.1
9	2.1172	-0.0456	0.0095	3.3362	0.1347	2.4943	0.0088	0.3124	-0.204	-0.406	-0.0162	0.1281	-0.0759	0.0024	-0.0072	0.141	0.0006	-0.0017	0.173	-0.0406	0.1329	-23.8907	-25.4299	-20.7951
10	3.1665	-2.133	0.6219	3.2586	-0.4259	2.7444	-0.1493	-0.1408	-0.2659	0.2993	0.0156	-0.0542	0.018	0.1398	0.0127	0.1452	-0.0085	0.0267	0.1799	0.0308	0.2184	-21.6278	-29.626	-5.3472
11	3.2708	-0.9884	-0.4368	2.654	0.3132	2.4565	0.1036	0.0579	-0.4478	-0.0971	-0.0577	0.4143	0.1004	-0.2554	-0.0385	0.1119	-0.0247	-0.0194	0.1604	-0.0186	0.2231	-30.6398	-29.1389	-14.526
12	4.0479	-0.9815	1.0225	4.0232	-0.8961	8.7614	0.1863	0.0875	-0.8121	0.1903	0.0429	0.2524	1.2953	-0.1125	-0.259	0.3225	-0.0397	-0.0196	0.1911	-0.0817	0.3827	-26.1187	-41.5494	-18.2236

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 52 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 53 through 98 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 99 through 146 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 147 through 159 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 20 through 26 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 27 through 35 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 36 through 72 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 73 through 86 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 87 through 119 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 120 through 128 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 129 through 146 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 147 through 159 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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