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- PDB-9d8d: Crystal structure of Vibrio cholerae NFeoB in the GMPPCP-bound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d8d
タイトルCrystal structure of Vibrio cholerae NFeoB in the GMPPCP-bound form
要素Ferrous iron transport protein B
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Feo / iron / transport
機能・相同性
機能・相同性情報


ferrous iron transmembrane transporter activity / GTP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
FeoB, cytosolic helical domain / FeoB cytosolic helical domain / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain / : / Ferrous iron transport protein B / FeoB-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Nucleoside transporter/FeoB GTPase, Gate domain / Nucleoside recognition / GTP binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / Ferrous iron transport protein B
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Lee, M. / Magante, K.D. / Smith, A.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM133497 米国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE1844624 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Vibrio cholerae NFeoB in the GMPPCP-bound form
著者: Lee, M. / Magante, K.D. / Smith, A.T.
履歴
登録2024年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferrous iron transport protein B
B: Ferrous iron transport protein B
C: Ferrous iron transport protein B
D: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,10711
ポリマ－116,8824
非ポリマー2,2267
水3,027168
1
A: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,8343
ポリマ－29,2201
非ポリマー6132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7422
ポリマ－29,2201
非ポリマー5211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7663
ポリマ－29,2201
非ポリマー5462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Ferrous iron transport protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7663
ポリマ－29,2201
非ポリマー5462
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.977, 59.666, 89.432
Angle α, β, γ (deg.)93.59, 92.61, 113.77
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Ferrous iron transport protein B


分子量: 29220.473 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: feoB_1, ERS013165_00117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A655NVH2
#2: 化合物
ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER


分子量: 521.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 26 % (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M bicine (pH 8.4), 0.010 M magnesium chloride, 0.003 M GMPPCP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.97936 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2024年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→88.99 Å / Num. obs: 57054 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.11→2.15 Å / Num. unique obs: 5091 / CC1/2: 0.557

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21.1精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.11→31.81 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 2778 4.89 %
Rwork0.1957 --
obs0.1981 56826 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→31.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7890 0 136 168 8194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.7793152
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521287
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.11-2.150.35291280.33542540X-RAY DIFFRACTION90
2.15-2.190.3171300.30962587X-RAY DIFFRACTION95
2.19-2.230.31421550.28892723X-RAY DIFFRACTION96
2.23-2.270.33961220.28532663X-RAY DIFFRACTION96
2.27-2.320.28231420.26472720X-RAY DIFFRACTION97
2.32-2.380.33431410.25762690X-RAY DIFFRACTION97
2.38-2.440.31881470.25032687X-RAY DIFFRACTION97
2.44-2.50.25071460.23912692X-RAY DIFFRACTION97
2.5-2.580.29761520.22452698X-RAY DIFFRACTION98
2.58-2.660.2921490.20982694X-RAY DIFFRACTION98
2.66-2.750.23351350.21082706X-RAY DIFFRACTION97
2.75-2.860.28611410.21162769X-RAY DIFFRACTION98
2.86-2.990.28071640.20372705X-RAY DIFFRACTION98
2.99-3.150.27831350.19452713X-RAY DIFFRACTION98
3.15-3.350.30111340.19052735X-RAY DIFFRACTION98
3.35-3.610.23081350.18782707X-RAY DIFFRACTION98
3.61-3.970.19231120.17772755X-RAY DIFFRACTION98
3.97-4.540.19081410.16152775X-RAY DIFFRACTION99
4.54-5.720.24151410.18072749X-RAY DIFFRACTION99
5.72-31.810.22321280.17912740X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5492-0.0745-0.42393.2287-0.72671.6027-0.02410.08430.1152-0.192-0.01090.03720.01370.03460.00110.283-0.0109-0.00230.3425-0.04520.3027-11.529332.6943-54.6644
21.74040.5979-1.19174.6147-0.61482.8511-0.002-0.1840.00480.3383-0.01540.44980.355-0.10940.00820.45870.03130.00320.45810.03450.4655-12.19162.2675-19.711
32.36340.59170.28122.7920.33792.2361-0.0034-0.13580.03240.0364-0.11760.02350.00070.2079-0.00050.3375-0.03090.00070.385-0.00280.354-33.02298.4035-63.1972
41.96720.10390.50612.05150.21221.95620.10710.02140.303-0.0135-0.06030.1692-0.21780.0540.00010.57610.0116-0.00070.48350.05550.45342.953429.5288-8.186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 1:260)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 1:65) or (chain B and resseq 70:260)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resseq 1:25) or (chain C and resseq 39:63) or (chain C and resseq 70:260)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain D and resseq 1:25) or (chain D and resseq 39:63) or (chain D and resseq 71:260)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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