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- PDB-9d74: CryoEM structure of anti-MHC-I Fab B1.23.2 complex with HLA-B44:05 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d74
タイトルCryoEM structure of anti-MHC-I Fab B1.23.2 complex with HLA-B44:05
要素
  • B1.23.2 Fab Heavy Chain: CH and CH1 domains
  • B1.23.2 Fab Light Chain: VL and C kappa domains
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen B alpha chain (HLA-B*44:05)
  • MHC class II antigen peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC-I / anti-human-mAb / H2-Dd / B1.23.2 / Fab / anti-MHC-I antibody / anti-tumor / cancer immunotherapy
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport ...antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / Endosomal/Vacuolar pathway / T cell mediated cytotoxicity / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / regulation of iron ion transport / cellular response to iron(III) ion / negative regulation of iron ion transport / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / transferrin transport / MHC class I peptide loading complex / cellular response to iron ion / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / positive regulation of immune response / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / peptide antigen binding / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / positive regulation of T cell activation / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / T cell differentiation in thymus / late endosome membrane / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / amyloid fibril formation / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / MHC class I antigen / MHC class II antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å
データ登録者Jiang, J. / Natarajan, K. / Margulies, D.H. / Lei, H. / Huang, R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)Intramural 米国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2026
タイトル: Structural mechanism of anti-MHC-I antibody blocking of inhibitory NK cell receptors in tumor immunity.
著者: Jiansheng Jiang / Abir K Panda / Kannan Natarajan / Haotian Lei / Shikha Sharma / Lisa F Boyd / Reanne R Towler / Sruthi Chempati / Javeed Ahmad / Abraham J Morton / Zabrina C Lang / Yi Sun / ...著者: Jiansheng Jiang / Abir K Panda / Kannan Natarajan / Haotian Lei / Shikha Sharma / Lisa F Boyd / Reanne R Towler / Sruthi Chempati / Javeed Ahmad / Abraham J Morton / Zabrina C Lang / Yi Sun / Nikolaos Sgourakis / Martin Meier-Schellersheim / Rick K Huang / Ethan M Shevach / David H Margulies /
要旨: Anti-major histocompatibility complex class I (MHC-I) mAbs can stimulate immune responses to tumors and infections by blocking suppressive signals delivered via various immune inhibitory receptors. ...Anti-major histocompatibility complex class I (MHC-I) mAbs can stimulate immune responses to tumors and infections by blocking suppressive signals delivered via various immune inhibitory receptors. To understand such functions, we determined the structure of a highly cross-reactive anti-human MHC-I mAb, B1.23.2, in complex with the MHC-I molecule HLA-B*44:05 by both cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography. Structural models determined by the two methods were essentially identical revealing that B1.23.2 binds a conserved region on the α2 helix that overlaps the killer immunoglobulin-like receptor (KIR) binding site. Structural comparison to KIR/HLA complexes reveals a mechanism by which B1.23.2 blocks inhibitory receptor interactions, leading to natural killer (NK) cell activation. B1.23.2 treatment of the human KLM-1 pancreatic cancer model in humanized (NSG-IL15) mice provides evidence of suppression of tumor growth. Such anti-MHC-I mAb that block inhibitory KIR/HLA interactions may prove useful for tumor immunotherapy.
履歴
登録2024年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月11日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _citation.journal_volume / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen B alpha chain (HLA-B*44:05)
B: Beta-2-microglobulin
H: B1.23.2 Fab Heavy Chain: CH and CH1 domains
L: B1.23.2 Fab Light Chain: VL and C kappa domains
P: MHC class II antigen peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4645
ポリマ－91,4645
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen B alpha chain (HLA-B*44:05)


分子量: 31802.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-B / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q860B7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: 抗体 B1.23.2 Fab Heavy Chain: CH and CH1 domains


分子量: 22845.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCDNA3.1 / Cell (発現宿主): EXpi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 B1.23.2 Fab Light Chain: VL and C kappa domains


分子量: 23846.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pCDNA3.1 / Cell (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: タンパク質・ペプチド MHC class II antigen peptide


分子量: 1090.165 Da / 分子数: 1
Fragment: HLA-DPA1*02:01 derived peptide 77-85 (UNP residues 36-44)
由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q9TQB0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Complex of Anti-human-mAb B1.23.2 Fab and MHC-I HLA-B44:05
タイプ: COMPLEX
詳細: The sample was mixed 1:1 mole ratio of B1.23.2 Fab and HLA-B44 and purified. with concentration of 1.0 mg/ml
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.088943 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: Expi293F / プラスミド: pCDNA3.1
緩衝液pH: 8
緩衝液成分濃度: 0.25 mg/ml / 名称: TBS
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 倍率（補正後）: 60096 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 700 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: BASIC
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 78 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 54.2 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3077
画像スキャンサンプリングサイズ: 5.001 µm / 動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.4.1粒子像選択
2SerialEM3.8-4.0画像取得
4cryoSPARC4.4.1CTF補正
7UCSF ChimeraX1.7.1モデルフィッティング
9PHENIX1.19.2-4158モデル精密化
12cryoSPARC4.4.1分類
13cryoSPARC4.4.1３次元再構成
CTF補正詳細: PATCH CTF estimation / タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 662994
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.31 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 406992 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / クラス平均像の数: 48 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 128.8 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: CC
原子モデル構築PDB-ID: 8TQ6

8tq6


Accession code: 8TQ6 / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.31 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0046172
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6598429
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.918915
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.042929
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051093

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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