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Structure paper

タイトルStructural mechanism of anti-MHC-I antibody blocking of inhibitory NK cell receptors in tumor immunity.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Year 2026
掲載日2026年2月2日
著者Jiansheng Jiang / Abir K Panda / Kannan Natarajan / Haotian Lei / Shikha Sharma / Lisa F Boyd / Reanne R Towler / Sruthi Chempati / Javeed Ahmad / Abraham J Morton / Zabrina C Lang / Yi Sun / Nikolaos Sgourakis / Martin Meier-Schellersheim / Rick K Huang / Ethan M Shevach / David H Margulies /
PubMed 要旨Anti-major histocompatibility complex class I (MHC-I) mAbs can stimulate immune responses to tumors and infections by blocking suppressive signals delivered via various immune inhibitory receptors. ...Anti-major histocompatibility complex class I (MHC-I) mAbs can stimulate immune responses to tumors and infections by blocking suppressive signals delivered via various immune inhibitory receptors. To understand such functions, we determined the structure of a highly cross-reactive anti-human MHC-I mAb, B1.23.2, in complex with the MHC-I molecule HLA-B*44:05 by both cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography. Structural models determined by the two methods were essentially identical revealing that B1.23.2 binds a conserved region on the α2 helix that overlaps the killer immunoglobulin-like receptor (KIR) binding site. Structural comparison to KIR/HLA complexes reveals a mechanism by which B1.23.2 blocks inhibitory receptor interactions, leading to natural killer (NK) cell activation. B1.23.2 treatment of the human KLM-1 pancreatic cancer model in humanized (NSG-IL15) mice provides evidence of suppression of tumor growth. Such anti-MHC-I mAb that block inhibitory KIR/HLA interactions may prove useful for tumor immunotherapy.
リンクCommun Biol / PubMed:41629525
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.67 - 3.44 Å
構造データ

46600

9d72

EMDB-46600, PDB-9d72:
CryoEM structure of anti-MHC-I Fab M1/42 complex with H2-Dd
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

46601

9d73

EMDB-46601, PDB-9d73:
CryoEM structure of anti-MHC-I mAb B1.23.2 complex with HLA-B44:05
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

46602

9d74

EMDB-46602, PDB-9d74:
CryoEM structure of anti-MHC-I Fab B1.23.2 complex with HLA-B44:05
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

70276

9oa9

EMDB-70276, PDB-9oa9:
CryoEM structure of anti-MHC-I mAb B1.23.2 Fc domains
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

PDB-8tq6:
Crystal structure of Fab.B1.23.2 in complex with MHC-I (HLA-B*44:05)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.2 Å

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • synthetic construct (人工物)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / histocompatibility complex class I / MHC-I / immune response / immune system Fab / antibody / anti-MHC antibody / cancer tumor / ANTITUMOR PROTEIN/Immune System / anti-mouse-mAb / H2-Dd / M1/42 / anti-MHC-I antibody / anti-tumor / cancer immunotherapy / ANTITUMOR PROTEIN / ANTITUMOR PROTEIN-Immune System complex / anti-human-mAb / B1.23.2 / Fab / HLA

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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