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- PDB-9d62: Crystal structure of Human Galectin-3 CRD in complex with Lactose... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d62
タイトルCrystal structure of Human Galectin-3 CRD in complex with Lactose (native)
要素Galectin-3
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / galectin-3 / lactose / c-terminal / CRD
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / disaccharide binding / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / negative regulation of endocytosis / positive regulation of mononuclear cell migration ...negative regulation of NK T cell activation / negative regulation of immunological synapse formation / negative regulation of T cell activation via T cell receptor contact with antigen bound to MHC molecule on antigen presenting cell / disaccharide binding / RUNX2 regulates genes involved in differentiation of myeloid cells / regulation of T cell apoptotic process / mononuclear cell migration / receptor ligand inhibitor activity / negative regulation of endocytosis / positive regulation of mononuclear cell migration / IgE binding / eosinophil chemotaxis / regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / protein phosphatase inhibitor activity / positive chemotaxis / positive regulation of calcium ion import / chemoattractant activity / regulation of T cell proliferation / macrophage chemotaxis / monocyte chemotaxis / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / immunological synapse / ficolin-1-rich granule membrane / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / neutrophil chemotaxis / epithelial cell differentiation / laminin binding / RNA splicing / secretory granule membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein localization to plasma membrane / spliceosomal complex / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / mRNA processing / carbohydrate binding / extracellular matrix / protein phosphatase binding / mitochondrial inner membrane / innate immune response / Neutrophil degranulation / cell surface / : / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Galectin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者dos Santos, L.V. / Dias, I.P. / Mazepa, E. / Minella, T.F. / Baruffi, M.R. / Mestriner, L. / Nascimento, A.F.Z. / Albuquerque, L.J.C. / Mischiatti, K.L. / Winnischofer, S.M.B. ...dos Santos, L.V. / Dias, I.P. / Mazepa, E. / Minella, T.F. / Baruffi, M.R. / Mestriner, L. / Nascimento, A.F.Z. / Albuquerque, L.J.C. / Mischiatti, K.L. / Winnischofer, S.M.B. / Amaral, S.S. / Silveira, J.L.M. / Picheth, G.F.
資金援助 ブラジル, 6件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)476950/2013-9 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)308296/2015-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)309225/2018-3 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)312827/2021-0 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)406973/2022-9 ブラジル
Coordination for the Improvement of Higher Education Personnel1798682 ブラジル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exploring the interactive effect of pectins with galectin-3 to reduce the viability of T98G glioblastoma cell lineage
著者: dos Santos, L.V. / Dias, I.P. / Mazepa, E. / Minella, T.F. / Baruffi, M.R. / Mestriner, L. / Nascimento, A.F.Z. / Albuquerque, L.J.C. / Mischiatti, K.L. / Winnischofer, S.M.B. / Amaral, S.S. ...著者: dos Santos, L.V. / Dias, I.P. / Mazepa, E. / Minella, T.F. / Baruffi, M.R. / Mestriner, L. / Nascimento, A.F.Z. / Albuquerque, L.J.C. / Mischiatti, K.L. / Winnischofer, S.M.B. / Amaral, S.S. / Silveira, J.L.M. / Picheth, G.F.
履歴
登録2024年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9068
ポリマ－15,8321
非ポリマー1,0747
水3,639202
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.517, 57.016, 61.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Galectin-3 / Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / ...Gal-3 / 35 kDa lectin / Carbohydrate-binding protein 35 / CBP 35 / Galactose-specific lectin 3 / Galactoside-binding protein / GALBP / IgE-binding protein / L-31 / Laminin-binding protein / Lectin L-29 / Mac-2 antigen


分子量: 15832.244 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 113-250 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS3, MAC2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P17931

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0

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非ポリマー , 3種, 207分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 202 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.8 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 7.5, 33% w/v PEG 6000, 0.1 M Magnesium chloride, 0.008 M 2-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年6月1日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→41.76 Å / Num. obs: 49254 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 11.5 % / Biso Wilson estimate: 10.58 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.04953 / Net I/σ(I): 24.92
反射 シェル解像度: 1.1→1.139 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.93 / Num. unique obs: 4274 / CC1/2: 0.873 / Rrim(I) all: 0.4579 / % possible all: 87.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHASER2.8.3位相決定
XDSBUILT=20230630データスケーリング
XDSBUILT=20230630データ削減
MxCuBEデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.1→41.76 Å / SU ML: 0.0888 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.6171
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.151 2463 5 %
Rwork0.1298 46789 -
obs0.1309 49252 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.83 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→41.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1116 0 69 202 1387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00951285
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2321755
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.3499208
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0111220
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.7344182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.120.26671120.22512135X-RAY DIFFRACTION82.82
1.12-1.140.20781280.17092437X-RAY DIFFRACTION93.75
1.14-1.170.16231360.14062574X-RAY DIFFRACTION98.83
1.17-1.20.16971370.12632601X-RAY DIFFRACTION100
1.2-1.230.15551360.12382587X-RAY DIFFRACTION100
1.23-1.260.16871370.12142611X-RAY DIFFRACTION100
1.26-1.30.15131380.12032604X-RAY DIFFRACTION100
1.3-1.340.14381380.11982622X-RAY DIFFRACTION100
1.34-1.390.15891370.12082605X-RAY DIFFRACTION100
1.39-1.440.15781380.11952636X-RAY DIFFRACTION100
1.44-1.510.14741370.11762606X-RAY DIFFRACTION100
1.51-1.590.13741390.11242631X-RAY DIFFRACTION100
1.59-1.690.13031380.11272618X-RAY DIFFRACTION100
1.69-1.820.14481400.12192664X-RAY DIFFRACTION99.96
1.82-20.1541390.11642640X-RAY DIFFRACTION100
2-2.290.13511410.12292681X-RAY DIFFRACTION100
2.29-2.880.17551430.14452711X-RAY DIFFRACTION99.96
2.88-41.760.13911490.13652826X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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