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- PDB-9d5l: The C-terminal domain of Thiopseudomonas alkaliphila Tn7 TnsE bou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d5l
タイトルThe C-terminal domain of Thiopseudomonas alkaliphila Tn7 TnsE bound to DNA
要素
  • DNA
  • TnsE, Tn7 transposition protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Tn7 / target-site selector / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Thiopseudomonas alkaliphila (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Krishnan, S.S. / Guarne, A.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-155941 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-189946 カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Asymmetric loading of TnsE regulates Tn7 targeting of DNA replication structures.
著者: Shreya S Krishnan / Yao Shen / Treasa B O'Hagan / Lindsay A Matthews / Nuwani W Weerasinghe / Rodolfo Ghirlando / Christopher J Thibodeaux / Alba Guarné /
要旨: Tn7 transposable elements are known for their sophisticated target-site selection mechanisms. For the prototypical Tn7 element, dedicated transposon-encoded proteins direct insertions to either a ...Tn7 transposable elements are known for their sophisticated target-site selection mechanisms. For the prototypical Tn7 element, dedicated transposon-encoded proteins direct insertions to either a conserved site in the chromosome or replicating DNA structures in conjugal plasmids, ensuring the vertical and horizontal spread of the element. While the pathway targeting the attTn7 site in the bacterial chromosome has been extensively studied, the pathway targeting DNA replication structures remains poorly understood. We have used an integrative structural biology approach to elucidate how the Tn7-encoded protein TnsE recognizes replication sites. Using native mass spectrometry, we found that TnsE forms 1:1 and 2:1 (TnsE:DNA) complexes on 3'-recessed DNA, with gain-of-function TnsE variants favoring the formation of 2:1 complexes. Structural characterization confirms that two TnsE molecules bind to DNA with the C-terminal domain of the protein recognizing duplex DNA, leaving the N-terminal domain to impose DNA substrate specificity and recruit the core transposition machinery. Collectively, our work is consistent with a model where TnsE-mediated target-site selection relies on the formation of an asymmetric TnsE:DNA complex to recruit the Tn7 transposase to DNA replication structures.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TnsE, Tn7 transposition protein
C: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9853
ポリマ－22,8902
非ポリマー951
水34219
1
A: TnsE, Tn7 transposition protein
C: DNA
ヘテロ分子

A: TnsE, Tn7 transposition protein
C: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9716
ポリマ－45,7814
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
Buried area4960 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.770, 63.770, 220.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Space group name HallP612(x,y,z+5/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6

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要素

#1: タンパク質 TnsE, Tn7 transposition protein


分子量: 19230.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thiopseudomonas alkaliphila (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: DNA鎖 DNA


分子量: 3659.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: The DNA used in the crystallization condition was a 3'-recessed DNA substrate formed by annealing a 48-nt (5'-GCAAGGCCGGAAACGTCACCAATGCAACGATCAGCCAACTAAACTAGG-3') and a 24-nt (5'- ...詳細: The DNA used in the crystallization condition was a 3'-recessed DNA substrate formed by annealing a 48-nt (5'-GCAAGGCCGGAAACGTCACCAATGCAACGATCAGCCAACTAAACTAGG-3') and a 24-nt (5'-CCTAGTTTAGTTGGCTGATCGTTG-3') resulting in a 24 bp double-strand and 24 nt single-strand portion. The asymmetric unit contains one molecule of TaTnsE-CTD and a DNA strand (12 nt) that forms a DNA duplex by crystal symmetry and propagates as a pseudo-continuous duplex. This arrangement resulted in the asymmetric unit representing an average of the protein binding along the entire duplex, precluding the assignment of the DNA register and washing out the signal for the 5' single-strand DNA tail. We have modelled a string of T/A basepairs to reflect the lack of registry.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN
配列の詳細The DNA used in the crystallization condition was a 3'-recessed DNA substrate formed by annealing a ...The DNA used in the crystallization condition was a 3'-recessed DNA substrate formed by annealing a 48-nt (5'-GCAAGGCCGGAAACGTCACCAATGCAACGATCAGCCAACTAAACTAGG-3') and a 24-nt (5'-CCTAGTTTAGTTGGCTGATCGTTG-3') resulting in a 24 bp double-strand and 24 nt single-strand portion. The asymmetric unit contains one molecule of TaTnsE-CTD and a DNA strand (12 nt) that forms a DNA duplex by crystal symmetry and propagates as a pseudo-continuous duplex. This arrangement resulted in the asymmetric unit representing an average of the protein binding along the entire duplex, precluding the assignment of the DNA register and washing out the signal for the 5' single-strand DNA tail. We have modelled a string of T/A basepairs to reflect the lack of registry.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium Iodide, Bis-Tris propane, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→49.38 Å / Num. obs: 7169 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 38.4 % / Biso Wilson estimate: 61.71 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 9.03
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Num. unique obs: 702 / CC1/2: 0.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX1.18.2_3874位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→49.38 Å / SU ML: 0.498 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.5255
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 714 10 %
Rwork0.2368 6428 -
obs0.2403 7142 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 67.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1277 246 5 19 1547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.55782180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0384237
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0037237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.6892610
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.020.43061360.39351232X-RAY DIFFRACTION99.35
3.02-3.320.31111390.2611242X-RAY DIFFRACTION99.21
3.32-3.80.27031390.23751259X-RAY DIFFRACTION99.71
3.8-4.790.23531430.19271291X-RAY DIFFRACTION99.93
4.79-49.380.27651570.23071404X-RAY DIFFRACTION99.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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