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- EMDB-46582: Cryo-electron microscopy structure of TnsE-A453V/D523N bound to 3... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-46582
タイトルCryo-electron microscopy structure of TnsE-A453V/D523N bound to 3'-recessed DNA
マップデータUnsharpened cryo-EM map from cryosparc non-uniform refinement of sample containing TnsE-A453V/D523N bound to 3'-recessed DNA
試料
  • 複合体: TnsE-A453V/D523N bound to 30ss+30ds 3'-recessed DNA
  • タンパク質・ペプチド: Transposon Tn7 transposition protein TnsE-A453V/D523N
  • DNA: DNA (5'-CCAGGAGCAAGGCCGGAAACGTCACCAATGCAACGATCAGCCAACTAAACTAGGACATCT-3')
  • DNA: DNA (5'-AGATGTCCTAGTTTAGTTGGCTGATCGTTG-3')
キーワードTn7 / target-site selector / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
生物種Escherichia coli (大腸菌) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å
データ登録者Krishnan SS / Guarne A
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-155941 カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-189946 カナダ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Asymmetric loading of TnsE regulates Tn7 targeting of DNA replication structures.
著者: Shreya S Krishnan / Yao Shen / Treasa B O'Hagan / Lindsay A Matthews / Nuwani W Weerasinghe / Rodolfo Ghirlando / Christopher J Thibodeaux / Alba Guarné /
要旨: Tn7 transposable elements are known for their sophisticated target-site selection mechanisms. For the prototypical Tn7 element, dedicated transposon-encoded proteins direct insertions to either a ...Tn7 transposable elements are known for their sophisticated target-site selection mechanisms. For the prototypical Tn7 element, dedicated transposon-encoded proteins direct insertions to either a conserved site in the chromosome or replicating DNA structures in conjugal plasmids, ensuring the vertical and horizontal spread of the element. While the pathway targeting the attTn7 site in the bacterial chromosome has been extensively studied, the pathway targeting DNA replication structures remains poorly understood. We have used an integrative structural biology approach to elucidate how the Tn7-encoded protein TnsE recognizes replication sites. Using native mass spectrometry, we found that TnsE forms 1:1 and 2:1 (TnsE:DNA) complexes on 3'-recessed DNA, with gain-of-function TnsE variants favoring the formation of 2:1 complexes. Structural characterization confirms that two TnsE molecules bind to DNA with the C-terminal domain of the protein recognizing duplex DNA, leaving the N-terminal domain to impose DNA substrate specificity and recruit the core transposition machinery. Collectively, our work is consistent with a model where TnsE-mediated target-site selection relies on the formation of an asymmetric TnsE:DNA complex to recruit the Tn7 transposase to DNA replication structures.
履歴
登録2024年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_46582.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_46582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened cryo-EM map from cryosparc non-uniform refinement of sample containing TnsE-A453V/D523N bound to 3'-recessed DNA
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 384 pix.
= 259.2 Å		0.68 Å/pix.
x 384 pix.
= 259.2 Å		0.68 Å/pix.
x 384 pix.
= 259.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.675 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0073
最小 - 最大-0.03521442 - 0.13337556
平均 (標準偏差)-0.000050892875 (±0.0035726002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 259.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_46582_half_map_1.map
注釈Half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_46582_half_map_2.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TnsE-A453V/D523N bound to 30ss+30ds 3'-recessed DNA

全体名称: TnsE-A453V/D523N bound to 30ss+30ds 3'-recessed DNA
要素
  • 複合体: TnsE-A453V/D523N bound to 30ss+30ds 3'-recessed DNA
  • タンパク質・ペプチド: Transposon Tn7 transposition protein TnsE-A453V/D523N
  • DNA: DNA (5'-CCAGGAGCAAGGCCGGAAACGTCACCAATGCAACGATCAGCCAACTAAACTAGGACATCT-3')
  • DNA: DNA (5'-AGATGTCCTAGTTTAGTTGGCTGATCGTTG-3')

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超分子 #1: TnsE-A453V/D523N bound to 30ss+30ds 3'-recessed DNA

超分子名称: TnsE-A453V/D523N bound to 30ss+30ds 3'-recessed DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 152 KDa

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分子 #1: Transposon Tn7 transposition protein TnsE-A453V/D523N

分子名称: Transposon Tn7 transposition protein TnsE-A453V/D523N
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVRLATFNDN VQVVHIGHLF RNSGHKEWRI FVWFNPMQER KWTRFTHLPL LSRAKVVNST TKQINKADR VIEFEASDLQ RAKIIDFPNL SSFASVRNKD GAQSSFIYEA ETPYSKTRYH I PQLELARS LFLINSYFCR SCLSSTALQQ EFDVQYEVER DHLEIRILPS ...文字列:
MVRLATFNDN VQVVHIGHLF RNSGHKEWRI FVWFNPMQER KWTRFTHLPL LSRAKVVNST TKQINKADR VIEFEASDLQ RAKIIDFPNL SSFASVRNKD GAQSSFIYEA ETPYSKTRYH I PQLELARS LFLINSYFCR SCLSSTALQQ EFDVQYEVER DHLEIRILPS SSFPKGALEQ SA VVQLLVW LFSDQDVMDS YESIFRHYQQ NREIKNGVES WCFSFDPPPM QGWKLHVKGR SSN EDKDYL VEEIVGLEIN AMLPSTTAIS HASFQEKEAG DGSTQHIAVS TESVVDDEHL QLDD EETAN IDTDTRVIEA EPTWISFSRP SRIEKSRRAR KSSQTILEKE EATTSENSNL VSTDE PHLG GVLAAADVGG KQDATNYNSI FANRFAAFDE LLSILKTKFA CRVLFEETLV LPKVGR SRL HLCKDGSPRV IKAVGVQRNG SEFVLLEVDV SDGVKMLSTK VLSGVDSETW RNDFEKI RR GVVKSSLNWP NSLFDQLYGQ DGHRGVNHPK GLGELQVSRE NMEGWAERVV REQFTHLE H HHHHH

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分子 #2: DNA (5'-CCAGGAGCAAGGCCGGAAACGTCACCAATGCAACGATCAGCCAACTAAACTAGGACA...

分子名称: DNA (5'-CCAGGAGCAAGGCCGGAAACGTCACCAATGCAACGATCAGCCAACTAAACTAGGACATCT-3')
タイプ: dna / ID: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
CCAGGAGCAA GGCCGGAAAC GTCACCAATG CAACGATCAG CCAACTAAAC TAGGACATCT

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分子 #3: DNA (5'-AGATGTCCTAGTTTAGTTGGCTGATCGTTG-3')

分子名称: DNA (5'-AGATGTCCTAGTTTAGTTGGCTGATCGTTG-3') / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
AGATGTCCTA GTTTAGTTGG CTGATCGTTG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris.HClTris
0.15 MNaClsodium chloride
1.4 mMBMEbeta-mercaptoethanol
0.1 mMEDTAEDTA
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7224 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.25 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Stochastic gradient descent
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 110312
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 40000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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