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万見
- PDB-9d5d: Crystal Structure of Blood Coagulation Factor VIII C2 Domain Muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d5d
タイトルCrystal Structure of Blood Coagulation Factor VIII C2 Domain Mutant L2251A/L2252A
要素Factor VIIIa light chain
キーワードBLOOD CLOTTING / Blood coagulation factor VIII / lipid binding protein / factor VIII C2 domain mutant
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant ...Defective F8 accelerates dissociation of the A2 domain / Defective F8 binding to the cell membrane / Defective F8 secretion / Defective F8 sulfation at Y1699 / Gamma carboxylation, hypusinylation, hydroxylation, and arylsulfatase activation / Defective F8 binding to von Willebrand factor / blood coagulation, intrinsic pathway / Cargo concentration in the ER / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / COPII-mediated vesicle transport / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / Defective F8 cleavage by thrombin / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / platelet alpha granule lumen / acute-phase response / Golgi lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / oxidoreductase activity / copper ion binding / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Avery, N.G. / Childers, K.C. / Spiegel, P.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R15 HL135658 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)U54 HL141981 米国
引用ジャーナル: J.Thromb.Haemost. / 年: 2024
タイトル: Biophysical characterization of blood coagulation factor VIII binding to lipid nanodiscs that mimic activated platelet surfaces.
著者: Avery, N.G. / Young, I.R. / Lu, S. / Vaughan, J.D. / Korus, P.S. / Richardson, T.N. / Childers, K.C. / Smirnov, S.L. / Spiegel Jr., P.C.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
改定 1.22024年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: Factor VIIIa light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5631
ポリマ－18,5631
非ポリマー00
水2,810156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.962, 49.962, 116.565
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Factor VIIIa light chain / Blood coagulation factor VIII


分子量: 18563.098 Da / 分子数: 1 / 断片: C2 domain (UNP residues 2191-2351) / 変異: L2251A,L2252A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F8, F8C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00451
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 4 M potassium formate, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 9, 2% w/v PEG2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2023年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→37.93 Å / Num. obs: 13614 / % possible obs: 99.21 % / 冗長度: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 20.73 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.155 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.689 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 1248 / CC1/2: 0.841 / Rpim(I) all: 0.231 / Rrim(I) all: 0.73 / % possible all: 93.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.21.1精密化
Cootv0.9.4モデル構築
PHENIXv1.21.1位相決定
APEXデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→37.93 Å / SU ML: 0.1935 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.2669
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2229 1362 10 %
Rwork0.1864 12252 -
obs0.19 13614 99.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→37.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1254 0 0 156 1410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00831286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06741745
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0732190
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0056224
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0777468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.90.30091250.26041123X-RAY DIFFRACTION93.06
1.9-1.970.2471320.20151188X-RAY DIFFRACTION98.88
1.97-2.060.21871330.18311195X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.170.23221350.1781219X-RAY DIFFRACTION100
2.17-2.310.2761340.19471205X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.480.26571370.19841231X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.730.25621350.20671221X-RAY DIFFRACTION100
2.73-3.130.24171390.19041243X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.940.18961400.16261269X-RAY DIFFRACTION100
3.94-37.930.18041520.17931358X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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