PDB-9d53: PAK4 in complex with compound 7

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d53

タイトル

PAK4 in complex with compound 7

要素

Serine/threonine-protein kinase PAK 4

キーワード

TRANSFERASE / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

dendritic spine development / cadherin binding involved in cell-cell adhesion / Activation of RAC1 / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.468 Å

データ登録者

Boone, C.D. / Olland, A.M. / Suto, R.K.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Identification of a p21-activated kinase 1 (PAK1) inhibitor with 10-fold selectivity against PAK2.
著者: Johns, D.M. / Olejniczak, J. / Babbar, A. / Boone, C.D. / Cakici, O. / Cheng, M. / Cheng, Q.Q. / Dementiev, A. / Eick, M. / Ferdyan, N. / Fontano, E. / Forman, A. / Kozlowski, R. / Lee, S.W. ...

履歴

登録	2024年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年6月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2025年7月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d53.cif.gz	155.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d53.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d53.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	9d53_validation.pdf.gz	724 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	9d53_full_validation.pdf.gz	726.8 KB	表示
XML形式データ	9d53_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	9d53_validation.cif.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/9d53 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d5/9d53	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d4vC 9d4wC 9d4xC 9d4yC 9d50C 9d51C 9d52C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (8) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (2) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (8)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (2)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 4

ヘテロ分子

33.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.703, 62.703, 149.792
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PAK 4 / p21-activated kinase 4 / PAK-4 分子量: 33098.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK4, KIAA1142 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O96013, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1A2P / N~2~-{[(1s,4s)-4-aminocyclohexyl]methyl}-N~4~-(5-cyclopropyl-1,3-thiazol-2-yl)pyrimidine-2,4-diamine 分子量: 344.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₄N₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris-Propane, pH 9.0, 10% PEG 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.468→50 Å / Num. obs: 11390 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 15.9 % / CC_1/2: 0.91 / Net I/σ(I): 13.07
反射シェル	解像度: 2.468→2.62 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / Num. unique obs: 1783 / CC_1/2: 0.91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.468→48.124 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 29.884 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.588 / ESU R Free: 0.307 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2627	554	4.898 %
R_work	0.1858	10757	-
all	0.19	-	-
obs	-	11311	99.298 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 70.605 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.806 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.806 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.613 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.468→48.124 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2293	0	24	5	2322

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.843	3214
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.546	1.755	5327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.916	5	291
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	14.941	6.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.975	10	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	13.863	10	100
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	366
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2761
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.236	0.2	510
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.21	0.2	2260
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1160
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	1282
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.196	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.097	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.027	5.614	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.011	5.613	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.115	10.091	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.112	10.091	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.927	6.209	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.927	6.212	1202
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.733	11.152	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.73	11.154	1755
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.559	54.199	2592
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.557	54.192	2593

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.468-2.531	0.361	43	0.35	762	0.351	816	0.885	0.907	98.652	0.361
2.531-2.601	0.401	49	0.307	735	0.313	793	0.9	0.931	98.8651	0.309
2.601-2.676	0.304	35	0.292	723	0.293	771	0.94	0.951	98.3139	0.292
2.676-2.758	0.365	43	0.264	705	0.269	760	0.916	0.957	98.4211	0.261
2.758-2.848	0.331	45	0.245	687	0.25	739	0.927	0.959	99.0528	0.241
2.848-2.948	0.346	23	0.251	670	0.255	702	0.918	0.958	98.7179	0.239
2.948-3.058	0.409	29	0.225	654	0.231	691	0.877	0.965	98.8423	0.215
3.058-3.183	0.356	33	0.223	631	0.229	668	0.905	0.964	99.4012	0.215
3.183-3.324	0.283	32	0.201	597	0.206	631	0.946	0.973	99.683	0.193
3.324-3.485	0.244	36	0.189	587	0.192	623	0.959	0.977	100	0.183
3.485-3.673	0.224	16	0.166	564	0.168	582	0.972	0.984	99.6564	0.166
3.673-3.894	0.242	30	0.167	525	0.171	555	0.964	0.984	100	0.165
3.894-4.161	0.246	23	0.171	506	0.174	530	0.958	0.981	99.8113	0.173
4.161-4.491	0.256	20	0.147	474	0.151	494	0.963	0.987	100	0.154
4.491-4.916	0.244	20	0.143	437	0.148	458	0.948	0.986	99.7817	0.151
4.916-5.489	0.271	24	0.186	395	0.191	419	0.97	0.977	100	0.198
5.489-6.324	0.261	19	0.197	368	0.201	387	0.966	0.977	100	0.21
6.324-7.712	0.217	13	0.172	314	0.174	327	0.969	0.984	100	0.188
7.712-10.77	0.166	11	0.115	258	0.118	269	0.983	0.991	100	0.134
10.77-48.124	0.206	10	0.202	165	0.202	175	0.981	0.977	100	0.217

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -20.2058 Å / Origin y: 14.4958 Å / Origin z: 2.9312 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1564 Å²	0.0692 Å²	-0.0249 Å²	-	0.1419 Å²	-0.0147 Å²	-	-	0.0179 Å²
L	0.1285 °²	0.2048 °²	0.3291 °²	-	0.605 °²	0.2774 °²	-	-	1.1457 °²
S	-0.054 Å °	-0.0425 Å °	0.0001 Å °	-0.1224 Å °	-0.0183 Å °	-0.0523 Å °	-0.1916 Å °	-0.1191 Å °	0.0723 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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