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- PDB-9d51: Structure of PAK2 in complex with compound 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d51
タイトルStructure of PAK2 in complex with compound 12
要素PAK-2p34
キーワードTRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of PAK-2p34 activity by PS-GAP/RHG10 / protein localization to cell-cell junction / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / dendritic spine development / bicellular tight junction assembly / cardiac muscle hypertrophy / Nef and signal transduction / adherens junction assembly / Activation of RAC1 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway ...Regulation of PAK-2p34 activity by PS-GAP/RHG10 / protein localization to cell-cell junction / Stimulation of the cell death response by PAK-2p34 / dendritic spine development / bicellular tight junction assembly / cardiac muscle hypertrophy / Nef and signal transduction / adherens junction assembly / Activation of RAC1 / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / negative regulation of stress fiber assembly / regulation of axonogenesis / RHOV GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / regulation of cytoskeleton organization / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / RHOQ GTPase cycle / RHO GTPases activate PAKs / RHOU GTPase cycle / regulation of MAPK cascade / protein tyrosine kinase activator activity / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / RHOG GTPase cycle / Smooth Muscle Contraction / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of protein kinase activity / RAC1 GTPase cycle / CD209 (DC-SIGN) signaling / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / secretory granule / cellular response to starvation / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / VEGFR2 mediated vascular permeability / FCERI mediated MAPK activation / MAPK6/MAPK4 signaling / small GTPase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell migration / cell-cell junction / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynaptic density / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein phosphorylation / cadherin binding / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
p21-activated kinase 2, catalytic domain / p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...p21-activated kinase 2, catalytic domain / p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase PAK 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Cakici, O. / Suto, R.K. / Olland, A.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Identification of a p21-activated kinase 1 (PAK1) inhibitor with 10-fold selectivity against PAK2.
著者: Johns, D.M. / Olejniczak, J. / Babbar, A. / Boone, C.D. / Cakici, O. / Cheng, M. / Cheng, Q.Q. / Dementiev, A. / Eick, M. / Ferdyan, N. / Fontano, E. / Forman, A. / Kozlowski, R. / Lee, S.W. ...著者: Johns, D.M. / Olejniczak, J. / Babbar, A. / Boone, C.D. / Cakici, O. / Cheng, M. / Cheng, Q.Q. / Dementiev, A. / Eick, M. / Ferdyan, N. / Fontano, E. / Forman, A. / Kozlowski, R. / Lee, S.W. / Mehta, S. / Mowery, K. / Murray, B. / Nguyen, V. / Olland, A. / Phan, K.B. / Rivera, L. / Sabat, M. / Sprengeler, P. / Srinivasan, K. / Sun, Z. / Suto, R.K. / Wilkinson, T. / Wang, C. / Yu, N. / Xu, M. / Goel, V. / Hirst, G. / Reich, S.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22025年7月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PAK-2p34
A: PAK-2p34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2644
ポリマ－66,5192
非ポリマー7452
水28816
1
B: PAK-2p34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6322
ポリマ－33,2601
非ポリマー3721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: PAK-2p34
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6322
ポリマ－33,2601
非ポリマー3721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.629, 80.755, 66.742
Angle α, β, γ (deg.)90, 106.186, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Auth asym-ID: B / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 231 - 521 / Label seq-ID: 4 - 294

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 PAK-2p34 / p34 / C-t-PAK2


分子量: 33259.523 Da / 分子数: 2 / 変異: D368N, T402E, P498Q, M514A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK2 / プラスミド: pET-24a(+) / 詳細 (発現宿主): 6xHis-GST-TEV-PAK2_NEQA (228-524) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star (DE3) / 参照: UniProt: Q13177
#2: 化合物 ChemComp-A1A2Q / N~2~-{[(1s,4s)-4-aminocyclohexyl]methyl}-N~4~-[5-(trifluoromethyl)-1,3-thiazol-2-yl]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 372.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19F3N6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 200 mM Ammonium tartrate dibasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→47.783 Å / Num. obs: 36183 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 1.405 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2947 / CC1/2: 0.657 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→47.783 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 23.631 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.224 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 1790 4.95 %
Rwork0.2117 34375 -
all0.215 --
obs-36165 98.349 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 72.645 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.441 Å2-0 Å2-0.511 Å2
2---0.567 Å2-0 Å2
3---1.117 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→47.783 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4510 0 50 16 4576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0124637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164546
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5921.8636267
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8171.75610512
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.3875573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg16.352520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.42910869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.7810191
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2723
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0130.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02937
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.21081
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2170.24375
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.190.22276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0940.22674
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2090.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0660.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1290.213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2150.274
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3380.28
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.4675.0482304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.4645.0472304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.2829.0252873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.2819.0262874
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.0085.482333
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.9835.4812307
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.3779.8733394
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.399.8733357
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it12.16848.9025152
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other12.1948.8165122
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.2240.057570
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.22350.05005
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.22350.05005
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.1-2.1540.4321350.37125290.37427120.880.90698.23010.356
2.154-2.2130.3951130.34424610.34726250.9030.91598.05710.329
2.213-2.2770.3481550.32423720.32525680.910.92998.40340.301
2.277-2.3470.3161240.29322870.29524530.9340.94598.28780.278
2.347-2.4240.341350.27822590.28224390.9210.95698.1550.258
2.424-2.5090.3881140.28621720.29123230.930.95998.40720.264
2.509-2.6030.4051070.31621270.32122700.9270.95398.41410.29
2.603-2.7090.4061010.29219880.29821470.8960.95597.29860.271
2.709-2.8290.3021020.2519690.25321030.9460.9798.47840.221
2.829-2.9670.327830.22618780.2319890.9450.97498.59230.204
2.967-3.1270.376780.21918020.22419020.9110.97698.84330.205
3.127-3.3160.294720.21916870.22217840.940.97598.59870.214
3.316-3.5430.286710.21515980.21816950.9490.97698.46610.213
3.543-3.8250.277810.2114770.21415790.9550.97898.670.213
3.825-4.1880.264810.19413570.19814590.9530.97998.56070.206
4.188-4.6780.234700.16412150.16813140.9720.98597.7930.187
4.678-5.3930.267570.18510960.18911700.9580.98498.5470.216
5.393-6.5840.332420.2119410.2169950.9610.98198.7940.245
6.584-9.2240.189430.1477340.157830.9830.98899.23370.193
9.224-47.7830.26260.1744260.1794580.9730.97998.690.252
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55980.66410.19321.28540.21090.9010.044-0.09290.00520.0988-0.05340.12130.0309-0.06210.00930.06030.04840.06670.34850.00120.09988.8398-1.4518-16.5072
21.1113-0.4285-0.39031.96280.1992.0734-0.04430.0515-0.20670.02340.0205-0.03030.14310.07080.02390.02730.02880.01440.3561-0.00790.051722.6626-6.834516.3219
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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