PDB-9d4x: Structure of PAK1 in complex with compound 16

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 9d4x

タイトル

Structure of PAK1 in complex with compound 16

要素

Serine/threonine-protein kinase PAK 1

キーワード

TRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of axonogenesis ...negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of axonogenesis / phosphorylation / RHOV GTPase cycle / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / RHO GTPases activate PAKs / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / regulation of MAPK cascade / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / positive regulation of JUN kinase activity / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / intercalated disc / ephrin receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / collagen binding / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of microtubule polymerization / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / CD209 (DC-SIGN) signaling / neuron projection morphogenesis / cellular response to starvation / Signal transduction by L1 / VEGFR2 mediated vascular permeability / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / wound healing / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Z disc / ruffle membrane / G beta:gamma signalling through CDC42 / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / positive regulation of protein phosphorylation / chromosome / actin cytoskeleton organization / protein autophosphorylation / nuclear membrane / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / chromatin remodeling / axon / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / dendrite / DNA damage response / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.847 Å

データ登録者

Dementiev, A. / Suto, R.K. / Olland, A.M.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Identification of a p21-Activated Kinase 1 (PAK1) Inhibitor with 10-fold Selectivity Against PAK2
著者: Johns, D. / Olejniczak, J. / Babbar, A. / Boone, C. / Cakici, O. / Cheng, M. / Cheng, Q. / Dementiev, A. / Eick, M. / Ferdyan, N. / Fontano, E. / Forman, A. / Goel, V. / Hirst, G. / ...

履歴

登録	2024年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2025年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	9d4x.cif.gz	283.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb9d4x.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	9d4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/9d4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d4/9d4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	9d4vC 9d4wC 9d4yC 9d50C 9d51C 9d52C 9d53C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (9) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (4) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (7) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (3) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (3) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (2) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (2) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (9)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (4)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (7)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (3)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (3)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (3)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (3)
#28 - 2002年4月
炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
類似性 (3)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
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#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (2)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1

B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1

ヘテロ分子

67.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.306, 80.946, 65.883
Angle α, β, γ (deg.)	90, 106.61, 90
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Serine/threonine-protein kinase PAK 1 / Alpha-PAK / p21-activated kinase 1 / PAK-1 / p65-PAK 分子量: 33199.191 Da / 分子数: 2 / 変異: D389N, T423E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q13153, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-A1A2S / N~2~-{[(1R,3R,4S)-4-amino-3-(3-chlorophenyl)cyclohexyl]methyl}-N~4~-(5-cyclopropyl-1,3-thiazol-2-yl)pyrimidine-2,4-diamine 分子量: 455.019 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₇ClN₆S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Na-malonate buffer, pH 6.8 , 0.15 M DL-malic acid, 4% propanediol, and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.847→60.738 Å / Num. obs: 50948 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 10.9
反射シェル	解像度: 1.847→1.879 Å / Num. unique obs: 2730 / CC_1/2: 0.603

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0425	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.847→60.738 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 9.152 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2266	2562	5.036 %
R_work	0.1879	48316	-
all	0.19	-	-
obs	-	50878	93.023 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 58.183 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.895 Å²	0 Å²	2.311 Å²
2-	-	-1.047 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.847→60.738 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4370	0	62	100	4532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	4570
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4382
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.68	1.833	6207
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.56	1.747	10122
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.381	5	574
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	7.585	6.452	31
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.896	10	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.241	10	185
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	718
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	972
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1018
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	4133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	2435
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.205	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.438	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.287	4.856	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.284	4.856	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.045	8.692	2855
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.044	8.695	2856
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.339	5.38	2283
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.338	5.382	2284
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.202	9.676	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.201	9.678	3341
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.519	45.925	5155
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.519	45.921	5142

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.847-1.895	0.34	173	0.328	3829	0.329	4029	0.915	0.906	99.3299	0.316
1.895-1.947	0.328	113	0.315	2411	0.316	3905	0.914	0.914	64.6351	0.293
1.947-2.003	0.29	217	0.267	3601	0.268	3826	0.933	0.943	99.7909	0.245
2.003-2.065	0.291	177	0.257	2860	0.259	3693	0.937	0.949	82.2367	0.233
2.065-2.133	0.267	136	0.235	2512	0.237	3611	0.958	0.961	73.3315	0.212
2.133-2.207	0.257	157	0.206	3324	0.208	3483	0.957	0.971	99.9426	0.188
2.207-2.291	0.258	137	0.2	2516	0.203	3339	0.958	0.972	79.4549	0.177
2.291-2.384	0.24	176	0.192	3053	0.195	3233	0.965	0.977	99.8763	0.176
2.384-2.49	0.257	164	0.192	2946	0.195	3114	0.963	0.979	99.8715	0.18
2.49-2.611	0.255	160	0.197	2792	0.2	2956	0.966	0.979	99.8647	0.191
2.611-2.752	0.249	142	0.191	2687	0.194	2837	0.967	0.98	99.718	0.193
2.752-2.919	0.234	116	0.195	2532	0.196	2652	0.968	0.977	99.8492	0.2
2.919-3.12	0.271	123	0.197	2406	0.2	2533	0.953	0.976	99.8421	0.211
3.12-3.369	0.223	145	0.203	2189	0.205	2345	0.969	0.975	99.5309	0.219
3.369-3.689	0.22	115	0.187	2043	0.189	2163	0.973	0.981	99.7688	0.208
3.689-4.123	0.183	88	0.162	1855	0.163	1952	0.98	0.985	99.5389	0.191
4.123-4.757	0.157	84	0.138	1632	0.139	1727	0.984	0.989	99.3631	0.172
4.757-5.817	0.217	62	0.172	1404	0.174	1473	0.973	0.984	99.5248	0.229
5.817-8.189	0.258	55	0.195	1086	0.199	1145	0.964	0.979	99.6507	0.256
8.189-60.738	0.163	22	0.163	638	0.163	664	0.983	0.984	99.3976	0.226

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.543	-0.067	-0.3381	0.2593	0.4106	1.0283	-0.0303	-0.0415	-0.0534	0.0195	-0.0072	0.017	0.0071	0.0563	0.0375	0.1147	0.0118	0.0549	0.0146	0.0093	0.0293	14.1813	-5.4656	47.8626
2	0.1631	0.1985	0.0955	0.3038	0.1894	0.3226	-0.0289	-0.0097	0.0049	0.0578	-0.0139	0.0563	0.065	0.005	0.0428	0.1508	0.0062	0.0815	0.0088	-0.0008	0.0488	0.8607	0.2267	15.0796

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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