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- PDB-9d4w: Structure of PAK1 in complex with compound 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9d4w
タイトルStructure of PAK1 in complex with compound 12
要素Serine/threonine-protein kinase PAK 1
キーワードTRANSFERASE / Serine/threonine-protein kinase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of axonogenesis ...negative regulation of cell proliferation involved in contact inhibition / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of microtubule nucleation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / RHO GTPases Activate ROCKs / gamma-tubulin binding / Activation of RAC1 / Ephrin signaling / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of axonogenesis / phosphorylation / RHOV GTPase cycle / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / RHOJ GTPase cycle / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / RHOQ GTPase cycle / exocytosis / RHO GTPases activate PAKs / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / regulation of MAPK cascade / RHOU GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / positive regulation of JUN kinase activity / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / intercalated disc / ephrin receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / collagen binding / positive regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of microtubule polymerization / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / CD209 (DC-SIGN) signaling / neuron projection morphogenesis / cellular response to starvation / Signal transduction by L1 / VEGFR2 mediated vascular permeability / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / FCERI mediated MAPK activation / wound healing / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Z disc / ruffle membrane / G beta:gamma signalling through CDC42 / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / positive regulation of protein phosphorylation / chromosome / actin cytoskeleton organization / protein autophosphorylation / nuclear membrane / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of cell migration / protein phosphorylation / chromatin remodeling / axon / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / centrosome / dendrite / DNA damage response / protein-containing complex / nucleoplasm / ATP binding
類似検索 - 分子機能
p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...p21 activated kinase binding domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine/threonine-protein kinase PAK 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.218 Å
データ登録者Dementiev, A. / Suto, R.K. / Olland, A.M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other private
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2025
タイトル: Identification of a p21-activated kinase 1 (PAK1) inhibitor with 10-fold selectivity against PAK2.
著者: Johns, D.M. / Olejniczak, J. / Babbar, A. / Boone, C.D. / Cakici, O. / Cheng, M. / Cheng, Q.Q. / Dementiev, A. / Eick, M. / Ferdyan, N. / Fontano, E. / Forman, A. / Kozlowski, R. / Lee, S.W. ...著者: Johns, D.M. / Olejniczak, J. / Babbar, A. / Boone, C.D. / Cakici, O. / Cheng, M. / Cheng, Q.Q. / Dementiev, A. / Eick, M. / Ferdyan, N. / Fontano, E. / Forman, A. / Kozlowski, R. / Lee, S.W. / Mehta, S. / Mowery, K. / Murray, B. / Nguyen, V. / Olland, A. / Phan, K. / Rivera, L. / Sabat, M. / Sprengeler, P. / Srinivasan, K. / Sun, Z. / Suto, R.K. / Wilkinson, T. / Wang, C. / Yu, N. / Xu, M. / Goel, V. / Hirst, G. / Reich, S.
履歴
登録2024年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年6月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3174
ポリマ－66,5732
非ポリマー7452
水55831
1
A: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6592
ポリマ－33,2861
非ポリマー3721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Serine/threonine-protein kinase PAK 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6592
ポリマ－33,2861
非ポリマー3721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.792, 81.432, 65.622
Angle α, β, γ (deg.)90, 106.555, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase PAK 1 / Alpha-PAK / p21-activated kinase 1 / PAK-1 / p65-PAK


分子量: 33286.270 Da / 分子数: 2 / 変異: D389N, T423E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PAK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q13153, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-A1A2Q / N~2~-{[(1s,4s)-4-aminocyclohexyl]methyl}-N~4~-[5-(trifluoromethyl)-1,3-thiazol-2-yl]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 372.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H19F3N6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 0.1 M Na-malonate buffer, pH 6.6 , 0.15 M DL-malic acid, 4% propanediol, and 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.218→29.677 Å / Num. obs: 30467 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.6 % / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.218→2.27 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1292 / CC1/2: 0.763

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.218→29.677 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 17.884 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 1478 4.854 %
Rwork0.1807 28971 -
all0.183 --
obs-30449 96.636 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 69.541 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.799 Å2-0 Å2-0.451 Å2
2--0.676 Å2-0 Å2
3---0.332 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.218→29.677 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4383 0 50 31 4464
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0124515
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7411.8426137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5761.7439775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6995575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg6.7520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.15410766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg14.87810186
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2712
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0080.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025264
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02942
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2979
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2030.23922
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.22308
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.22491
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2105
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0690.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.0890.24
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1770.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.0440.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.8386.192303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.8396.192303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.3511.1022874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.35111.1032875
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.256.7132212
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.2336.712185
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it10.75812.0693262
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.75312.0633225
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it13.04656.3455007
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other13.05356.24978
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.218-2.2750.364690.34512390.34623170.90.90756.45230.305
2.275-2.3370.3531110.31221730.31422840.9120.9311000.266
2.337-2.4050.3281200.27520260.27821470.930.9599.95340.229
2.405-2.4780.269940.24320250.24421190.9550.9611000.201
2.478-2.5590.271990.22419600.22620590.9520.9671000.185
2.559-2.6480.244920.21218900.21419820.9580.9721000.181
2.648-2.7470.282880.20118570.20419460.9490.97599.94860.171
2.747-2.8580.288790.19517970.19918760.950.9771000.173
2.858-2.9840.235860.19616690.19817550.9650.9771000.178
2.984-3.1280.2741000.19816030.20317040.9530.97699.94130.186
3.128-3.2950.295930.19915400.20516330.9470.9751000.192
3.295-3.4920.226820.18414560.18715390.9580.97899.9350.184
3.492-3.730.228800.17413570.17714390.9660.98299.8610.183
3.73-4.0230.211640.15412830.15713500.9730.98699.77780.169
4.023-4.3990.202640.14611730.14912390.9750.98899.83860.169
4.399-4.9050.234470.14610900.14911400.970.98799.73680.172
4.905-5.6380.167240.1669720.16610010.9870.98599.50050.202
5.638-6.8440.188400.1618130.1638630.9790.98598.84120.202
6.844-9.4310.16320.1476510.1476860.9890.98999.56270.184
9.431-29.6770.203140.1963970.1974130.980.98499.51570.245
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5199-0.1637-0.5730.23120.30671.0476-0.0279-0.0494-0.05740.014-0.0130.0257-0.00890.04160.04090.05050.0160.00260.01470.00190.015623.6344-5.460716.3574
20.32730.29020.09230.32940.26440.5369-0.01540.01320.0050.040.00590.01630.0803-0.02270.00950.08640.01260.03570.00650.00480.048410.52390.1567-16.3898
精密化 TLSグループSelection: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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